اگرچه تُن ماهی، منبع فوق‌العاده‌ای از پروتئین غذایی، اسیدهای چرب امگا ۳، یُد، آهن و ویتامین‌های خانواده B است، اما زیاده‌روی در خوردن آن می‌تواند برای سلامتی افراد، خصوصا زنان باردار، زنان شیرده و کودکان، خطرات مختلفی داشته باشد. البته تُن ماهی سرشار است از مواد مغذی ضروری و نباید آن را از رژیم غذایی کنار گذاشت، بلکه باید در مصرف آن دقت کرد.
تُن ماهی حاوی مقادیر مختلفی از متیل جیوه است که به‌عنوان سم (نوروتوکسین) شناخته می‌شود. اگرچه بدن انسان به‌مرور زمان جیوه را دفع می‌کند، اما مصرف بیش از حد آن باعث تجمع جیوه در بافت‌های بدن از جمله مغز و کلیه‌ها می‌گردد. قرار گرفتن در معرض جیوه با علائم مختلفی همراه است: بی‌حسی در پوست، لرزش و رعشه، مشکل در راه رفتن، مشکلات بینایی، مشکلات حافظه‌ای، تشنج و آسیب مغزی جنین در دوران بارداری.
بیس‌فنول A که با نام BPA هم شناخته می‌شود، نوعی ماده شیمیایی در تُن ماهی است که می‌تواند از قوطی کنسرو به خود تُن ماهی نفوذ کند. براساس گزارش سازمان غذا و داروی آمریکا، بیس‌فنول A اثرات منفی و مخربی بر روی رفتار، مغز و غده پروستات نوزادان، جنین‌ها و کودکان خُردسال باقی می‌گذارد.
یکی از مطالعات سال ۲۰۱۴ میلادی در Journal of Exposure Science and Environmental Epidemiology، نشان می‌دهد که اگرچه مصرف ناهار در مدرسه، خوردن غذاهای آماده بیرون از خانه و نوشیدن نوشابه‌های گازدار باعث افزایش بیس‌فنول A در ادرار می‌شود، اما خوردن تُن ماهی مستقیما با افزایش سطح بیس‌فنول A در ادرار مرتبط نیست.
