در حالی که تصور می‌شد استقلال با حضور وینفرد شفر در فصل آینده بتواند یکی از مدعیان باشد، اما ظاهرا استقلال درگیر حواشی شده است. از وقتی که شفر به ایران بازگشته و تمرینات شروع شده، وضعیت تمدید قرارداد بازیکنانی چون وریا غفوری، فرشید باقری، امید ابراهیمی، سرور جپاروف، تیام و ... مشخص نشده بود و تنها شب گذشت باقری قراردادش را تمدید کرد. در این بین، کادر پزشکی استقلال هم به دلیل عدم شرکت بازیکنان جدید در تست‌های پزشکی به حالت قهر در تمرینات شرکت نمی‌کنند.
نکته بعدی، تهیه لباس تمرینات دقیقه نود بود. با این وضعیت، شفر به شدت عصبانی شده و در جلسه با مدیران استقلال به آنها گفته که چرا هیچ چیزی سر جایش نیست. او همچنین به کنایه به مدیران باشگاه گفته که چرا وقتی در ایران نبوده، هیچ کاری انجام نشده است؟
