جدایی احتمالی فرشید باقری از استقلال و پیوستن به پرسپولیس برای استقلالی‌ها به یک سوژه داغ بدل شده است. در همین راستا شخصی که خود را مدیر برنامه فرشید باقری معرفی کرده، پیرامون احتمال جدایی این بازیکن و رفتن به پرسپولیس حرف‌هایی به زبان آورده است. او گفته: «در نیم‌فصل تعدادی باشگاه لیگ برتری علاقه‌مند به جذب فرشید باقری بودند که پرسپولیس هم یکی از آنها بود. مذاکرات‌مان را با این باشگاه‌ها انجام دادیم اما باشگاه استقلال رضایتنامه باقری را صادر نکرد. هم‌اکنون شرایط باقری در استقلال خوب است و منصوریان هم از وی رضایت کامل دارد. با توجه به این قضیه دلیل ندارد او بخواهد راهی تیم دیگری شود.»
گفته می‌شود باقری با پرسپولیس قرارداد داخلی هم امضا کرده است. مدیربرنامه‌های وی درباره این موضوع هم توضیحاتی داده است: «باقری یک فصل دیگر با باشگاه استقلال قرارداد دارد و از لحاظ قانونی نمی‌تواند این کار را انجام دهد. ضمن اینکه او اگر بازیکن آزاد هم بود از لحاظ اخلاقی درست نبود با باشگاه دیگری قرارداد امضا کند.»
