نکونام در پیامی که برای "ورزش سه" ارسال کرده است دلایل خداحافظی خود را اعلام کرده است، وی در این پیام آورده است:
به نام خداوند بخشاینده مهربان
بله...جمعه دلگیر است و مخصوصاً عصر جمعه و براى من از این به بعد جمعه ها دلگیرتر خواهد بود.
بچه که بودم وقتى می گفتند کفش هایش را آویخت فکر می کردم باید کفش هایم را از آویزان کنم ولى بعدها فهمیدم که با آویزان کردن کفش خیلى از آرزوهایت هم آویخته خواهد شد.
ساعت از حول و حوش 2 بامداد گذر کرده.... به دور از هیاهوی شهر و تمام سال های حضور روی زمین چمن؛ به این فکر می کنم که قصه فوتبالم قرار است، امروز، 25 تیرماه سال 95 به پایان برسد.
این یک پایان همیشگی نیست. من خیلى زود باید به دنیاى جدیدى در کار حرفه اى پا بگذارم و بازهم به فوتبال بازمی گردم اما خداحافظی هایی هستند که بدون بازگشت هستند و مثل یک درد برای همیشه روی قلب ما باقی می مانند. به گمانم شما هم امروز مثل من، هنوز خداحافظی هادی نوروزی و مهرداد اولادی را باور نکرده اید. شاید شما هم فکر می کنید هنوز خداحافظی ناصرحجازی، احدی، همایون بهزادی، مجید سبزی ،غلامحسین مظلومى و همه آن چهره های به یاد ماندنی، یک دروغ است. دروغی که نمی توانیم آنها را باور کنیم.
اگر بخواهم قصه فوتبالم را بازگو کنم، باید ماهها بنویسم. از نخستین روزی که در لیگ برتر با پاس شروع کردم، هزار و یک قصه و حرف دارم. اگر بخواهم بگویم چه شد و چه گذشت و از چه جاده هایی عبور کردم، حوصله تان سر می رود به همین دلیل ترجیح می دهم از آخر فوتبالم شروع کنم. برای هیچ فوتبالیستی شیرین تر از این نیست که با پیراهن تیم محبوبش خداحافظی کند، ولى افسوس که نگذاشتند...
با تمام احترامی که برای باشگاه سایپا قایلم، دوست نداشتم فوتبالم را در ایران با پیراهنی جز استقلال تمام کنم و سرانجام چیزی که همیشه حدسش را می زدم، رخ داد؛ خداحافظی نکردن با پیراهن آبی. امروز اما از این بابت به هیچ وجه ناراحت و دلخور نیستم چراکه شانس آن را داشتم با بدرقه کودکانی برای همیشه از دنیای بازیگری خداحافظی کنم که پاک ترین دل های دنیا را دارند. همان ها که با دعاهای شان نقشی پررنگ در صعود تیم ملی به جام جهانی برزیل داشتند. این بچه ها حالا عضوی از خانواده من هستند و برای همیشه عضو خانواده ام باقی می مانند.
حالا فیلم دوران فوتبالم با تمام سختی‌ها و خوشی‌هایش از مقابل چشمانم می‌گذرد. دو دوره بازی در جام جهانی و افتخار پوشیدن 151 پیراهن ملی طی هفده سال، عنوان پرسابقه‌ترین بازیکن تاریخ آسیا در لالیگا، گل صعود اوساسونا در جام یوفا، گل به آث رم، لاتزیو، تیم ملی شیلی، تیم ملی سوئد، باز کردن دروازه رئال مادرید در سانتیاگو برنابئو، بستن بازوبند کاپیتانى در لالیگا مقابل بزرگان دنیا و... پروردگار را شکر می‌گویم از اینکه مستطیل سبز، همواره در برابر من و رویاهایم سخاوتمند بوده. باید از تمام هوادارانی که در این سال ها از من حمایت کردند و همیشه یاورم بودند، تشکر ویژه ای کنم چون جواد نکونام بدون آنها، هیچ بود؛ به ویژه استقلالی های عزیز که خود من در کودکی و نوجوانی عضوی از آنها بودم و روی همان سکوها، تیم محبوبم را تشویق می کردم.
باید از پرسپولیسی ها هم تشکر کنم که در تیم ملی سال ها در کنار دیگر هواداران از من حمایت کردند. از تک تک هواداران فوتبال ایران تشکر می کنم. هیچ هواداری در طول فوتبالم به من بی احترامی نکرد و این برایم یک دنیا ارزش دارد. ممنون تبریزی ها، اصفهانی ها، مشهدی ها، شیرازی ها، تهرانی ها و ممنون تمام مردم خوب ایران هستم. اگر چیزی گفتم که ذهن هر یک از آنها را آزرد، ببخشند و حلالم کننند.
در این سالها با جمعى از بهترین مربیان کار کار کرده‌ام و از هر کدام، درس‌های بزرگی فرا گرفته‌ام. از پرویز ابوطالب عزیز نخستین مربی ام گرفته تا دکتر ذوالفقار نسب، محمود خان یاورى، فرهاد کاظمى، همایون شاهرخى، ابراهیم قاسمپور، منصور خان پورحیدرى، مصطفی دنیزلى، برانکو، کارلوس کیروش، على دایى و ....همینطور مربیانی که در خارج از ایران به من چیزهای زیادی آموختند. دست تک تک آنها را می بوسم و امیدوارم شاگرد خوبی برایشان بوده باشم و باعث سربلندى شما عزیزان بوده باشم.
دست یکایک اعضای خانواده‌ام را هم می‌بوسم برای سال ها صبر و حمایت و خون دل، تا جواد نکونام به سلامت از ابتدای مسیر فوتبال به پایان راه برسد.
پدر عزیزم که فوتبالیست شدنم را مدیونش هستم، مادر مهربانم که قبل هر بازى با دعاى او وارد زمین می شدم، برادرانم که مثل کوه پشتم بودند و هستند و همسرم که در همه حال همیشه کنارم بود.
سپاسگذارم از گزارشگران و روزنامه‌نگاران ورزشی فوتبال بدون انتقادها و تمجیدهای آنها قابل تصور نیست. کسانی که در سرما و گرما همیشه کنار فوتبال بوده اند، بدون آنکه چشمداشتی داشته باشند.
برای من هیچ چیز در دنیا قابل قیاس با نشاندن لبخند شادی روی چهره مردم کشورم نیست. به عنوان کسی که با فوتبال، دور جهان چرخیده و فرهنگ‌های مختلف را دیده، حالا که لحظه خداحافظی‌ام فرا رسیده است، بار دیگر صادقانه و صمیمانه می‌گویم: ملتی که من کوچکترین عضو آن هستم، شایسته بهترین‌هاست.
برادر کوچک شما- جواد نکونام
