یکی از دلایلی که سازمان لیگ و فدراسیون فوتبال به سمت تدوین دستورالعمل سقف بودجه و نظارت بر قراردادها رفت، ناتوانی ۱۰ باشگاه از ۱۶ باشگاه لیگ برتری در اخذ مجوز حرفه‌ای بود. پارسال تنها ۶ باشگاه سپاهان، گل‌گهر، تراکتور، پرسپولیس، نساجی و فولاد توانستند مجوز حرفه‌ای بگیرند و باقی باشگاه‌ها در این امر ناکام بودند.
با گذشت یک سال از اعمال قوانین جدید و اجرای نسبی آنها، تعداد باشگاه‌هایی که مجوز حرفه‌ای AFC و ملی اخذ کردند به ۱۱ تیم افزایش پیدا کرد و تنها ۵ باشگاه استقلال خوزستان، ذوب آهن اصفهان، صنعت نفت آبادان، مس رفسنجان و ملوان بندر انزلی مجوز حرفه‌ای نگرفتند تا تعداد باشگاه‌های بدون مجوز حرفه‌ای نصف شود.
با وجود پیشرفت فوتبال ایران در این زمینه، خطر بزرگی در کمین ۳ باشگاه از ۵ باشگاه لیگ برتری است که مجوز حرفه‌ای نگرفته‌اند. ماجرا از این قرار است که طی دو سال گذشته مدیران فدراسیون فوتبال چندین بار عنوان کردند که باشگاه‌هایی که سه دوره پیاپی نتوانند مجوز ملی را اخذ کنند، به احتمال زیاد از لیگ برتر حذف می‌شوند.
به عنوان مثال سال گذشته منصور قنبرزاده، نایب رئیس دوم فدراسیون فوتبال گفته بود: «AFC هر سال با توجه به اینکه لیگ برتر ایران حرفه‌ای است، معیارهای سخت‌تری اعمال می‌کند. برای مثال اگر باشگاهی سه دوره نتواند مجوز ملی بگیرد، قاعدتا نباید در لیگ برتر فعالیت کند. قانون تجارت هم همین را می‌گوید. ماده ۱۴۱ قانون تجارت می‌گوید که اگر شرکتی در سه دوره مستمر زیان‌ده باشد، هر یک از سهام‌داران می‌توانند تقاضای انحلال کنند. این منطق تجاری ماجراست و باشگاه‌ها هم در قالب یک شرکت تجاری فعالیت می‌کنند.»
در همین راستا در بین ۵ باشگاهی که مجوز نگرفته‌اند، با کنار گذاشتن استقلال خوزستان که یک دوره مجوز حرفه‌ای نگرفته و صنعت نفت آبادان که سقوط کرده، سه باشگاه ذوب‌آهن، مس رفسنجان و ملوان در خطر نگرفتن مجوز ملی برای سومین سال پیاپی قرار دارند. با این اوصاف این سه باشگاه در صورتی که در لیگ بیست و چهارم هم نتوانند مجوز حرفه‌ای بگیرند، باید منتظر جرائم سنگین و حذف از بیست و پنجمین دوره لیگ برتر باشند. البته در این روزها باتوجه به پرونده فساد در فوتبال در باشگاه مس رفسنجان، ممکن است این باشگاه به سقوط به لیگ دسته یک محکوم شود.
