پس از این‌که حبیب کاشانی با زلاتکو کرانچار به بن‌بست خورد، سراغ علی دایی رفت و اسطوره فوتبال کشورمان را مجاب کرد به دوره خانه‌نشینی خود خاتمه داده و دوباره به فوتبال بازگردد. این‌گونه شد که دایی دی ماه سال ۸۸ جانشین کرانچار شد و هدایت پرسپولیس در ادامه نهمین دوره لیگ برتر را بر عهده گرفت.
دایی در مصاحبه بلندی که روز هشتم دی ماه سال ۸۸ منتشر شد، با تاکید بر این‌که پیرامون مسائل مالی همه‌چیز را بر عهده حبیب کاشانی گذاشت و با پرسپولیس قرارداد امضا کرد، مدعی شد با توجه به فاصله ۱۰ امتیازی پرسپولیس با صدر جدول، پیرامون قهرمانی این تیم در لیگ نهم هیچ قولی نمی‌دهد اما نهایت تلاش خودش را به کار می‌بندد تا شرایط این تیم بهتر شود.
اسطوره پرسپولیس همچنین در واکنش به شایعه اختلاف خودش با محمود خوردبین نیز تصریح کرد هیچ مشکلی با این پیشکسوت بزرگ پرسپولیس ندارد.
پرسپولیس در نهایت با علی دایی قهرمان لیگ نهم نشد اما توانست جام حذفی را به دست آورد.
