این مدافع تبریزی و چپ پا تابستان سال ۱۳۹۹ با یک قرارداد ۲ ساله به پرسپولیس پیوست.
او در شروع کار در پرسپولیس نمایش فوق العاده ای در لیگ قهرمانان داشت و عنوان بهترین مدافع چپ غرب آسیا را از آن خود کرد.
در ادامه هم کمک شایانی به قهرمانی پرسپولیس در لیگ نوزدهم کرد هرچند در لیگ بیستم با بدشانسی دچار ویروس کُرونا شد و مدتی افت کرد.
حالا چند هفته ای می شود که سعید آقایی دوباره به دوران اوج بازگشته است. او با وجود پیشنهاد مالی خوب از سوی باشگاه فولاد خوزستان تصمیم گرفت درپرسپولیس بماند و به ششمین قهرمانی متوالی تیمش کمک کند.
شنیده ها از باشگاه پرسپولیس خبر از آغاز مذاکرات با سعید آقایی برای تمدید قرارداد دارد. مدافع چپ پرسپولیس نیز به صورت تلویحی برای تمدید قرارداد چراغ سبز نشان داده است اما باشگاه اول باید مطالبات او را بپردازد.
