برخوردهای کریم باقری تا به حال در بزنگاه‌های زیادی باعث حفظ آرامش تیم شده و عجیب این که در اغلب موارد هم به ثبت نتایج مطلوب انجامیده است. شاید برخورد قهری و فیزیکی با بازیکنان مغرور و سرشناس فوتبال چندان به صلاح نباشد و چه‌بسا منجر به درگیری دو طرفه شود اما کریم باقری چنان کاریزمایی دارد که کسی توی چشم او نمی‌تواند نگاه کند.
پرسپولیس در یک بازی دشوار و نزدیک، با هر درد سری که بود توانست ۲ بر یک فولاد خوزستان را شکست بدهد و بعد از حدود ۵۰ روز طعم پیروزی در لیگ برتر را بچشد. در این بازی داور مسابقه به اشتباه برخورد توپ به شانه محمدحسین کنعانی‌زادگان را پنالتی تشخیص داد که این مساله اعتراض شدید مدافع پرسپولیس را به همراه آورد. کنعانی به‌شدت خشمگین بود و به داور اعتراض می‌کرد.
به همین دلیل هم یک کارت زرد گرفت اما دست از کارش برنداشت و نزدیک بود با دریافت کارت قرمز، مشکلات تیمش را دوچندان کند. اینجا بود که کریم باقری به عنوان مربی پرسپولیس وارد گود شد و به سبک خودش کنعانی را مهار کرد. او به ناچار به برخورد فیزیکی با کنعانی متوسل شد و صحنه‌های عجیبی را رقم زد. با این حال به نظر می‌رسد چاره‌ای جز این برای فرونشاندن خشم این بازیکن و جلوگیری از زیان بیشتر نداشت. این قبیل برخوردهای باقری تا به حال در بزنگاه‌های زیادی باعث حفظ آرامش تیم شده و عجیب این که در اغلب موارد هم به ثبت نتایج مطلوب انجامیده است. شاید برخورد قهری و فیزیکی با بازیکنان مغرور و سرشناس فوتبال چندان به صلاح نباشد و چه‌بسا منجر به درگیری دو طرفه شود اما کریم باقری چنان کاریزمایی دارد که کسی توی چشم او نمی‌تواند نگاه کند.
ماجرای شیث و حقیقی و ورود آقا کریم
روز ۱۶ بهمن ۸۸ پرسپولیس و استقلال داربی برگشت لیگ نهم را برگزار کردند. در جریان نیمه دوم این مسابقه بر سر دفع یک توپ بین علیرضا حقیقی و شیث رضایی درگیری به وجود آمد. طرفین در مقابل صد هزار هوادار رخ به رخ هم ایستادند و به درگیری لفظی ادامه دادند. کار داشت بیخ پیدا می‌کرد که باقری به عنوان کاپیتان پرسپولیس به صحنه آمد و کاملا به سبک خودش(!) هر دو بازیکن را آرام کرد. جالب این که در دقایق پایانی این بازی پرسپولیس روی شوت فراموش‌نشدنی باقری گل برتری را زد و بازی را ۲ بر یک برد. این پایانی بر سریال شش تساوی پی‌درپی داربی تهران با نتیجه یک - یک بود.
تنبیه پیام صادقیان توسط کریم باقری
پیام صادقیان طی دوران حضورش در پرسپولیس در چندین نوبت حاشیه‌ساز شد؛ تا جایی که سرانجام اوایل دوران حضور برانکو عذرش را خواستند و کار برای پیام تمام شد. اردیبهشت سال ۹۴ در جریان بازی پرسپولیس برابر سایپا، پیام صادقیان بعد از انجام سومین تعویض تیم و اطمینان از این که دیگر شانسی برای حضور در زمین ندارد، از روی نیمکت بلند شد و به محوطه فنی و محل حضور مربیان رفت. کریم باقری هم بعد از چند تذکر آرام به او از کوره در رفت و صادقیان را به شکلی خشن سر جایش برگرداند. با مشورت باقری بود که صادقیان پیش از آغاز لیگ پانزدهم از پرسپولیس کنار گذاشته شد. بعدها هم سر ماجرای اخراج رامین رضاییان از پرسپولیس، باقری همین نقش انضباطی سختگیرانه را ایفا کرد.
میانجیگری کریم باقری در داربی
در جریان داربی رفت لیگ نوزدهم، در دقایق پایانی درگیری عجیبی بین بازیکنان دو تیم پیش آمد که شمار زیادی از نفرات حاضر در زمین وارد آن شدند. اینجا هم کریم باقری به عنوان میانجی به قلب معرکه زد و غائله را پایان داد. او بیشتر انرژی‌اش را صرف مهار شجاع خلیل‌زاده کرد و با فریادهای پیاپی بازیکنان را به زمین برگرداند. باقری می‌دانست که جوان‌ترها شاید جلوی تماشاگران به اصطلاح جوگیر شوند و کارهایی انجام بدهند که برای خودشان و تیم‌های‌شان هزینه داشته باشد. جالب این که این بازی هم با گل دیرهنگام مهدی عبدی به سود پرسپولیس به پایان رسید.
