شهید رجایی یکی از مبارزین انقلابی بود که شکنجه‌های زیادی را در زندان‌های طاغوت تحمل کرد و زندانیان سیاسی خاطرات زیادی را از شکنجه‌های ایشان نقل می‌کنند.
محسن رفیق‌دوست در این باره می‌نویسد:
اولین بار سال ۱۳۴۲ بود که با شهید رجایی آشنا شدم. یک روز در آن سال، ما در خانة فتوت، در خیابان پامنار جلسه داشتیم. آن روزها شهید رجایی هم به جلسات مؤتلفه می‌آمد.
آن روز، شهید بزرگوار به جلسه ما آمد و در کنار من نشست. در آنجا من ایشان را شناختم و فهمیدم که فرهنگی هستند. بعد وقتی مدرسه رفاه ساخته شد، من هم جز فعالان مدرسه رفاه بودم و شهید رجایی هم معلم مدرسه رفاه شد و به این ترتیب همکاری ما بیشتر شد. هر دو در جلسات تفسیر قرآن شهید بهشتی که در سال‌ها ۱۳۵۱-۱۳۵۲ برگزار می‌شد، شرکت می‌کردیم و در همین جلسات بود که شهید رجایی را دستگیر کردند. هم شهید رجایی و هم من با مجاهدین خلق همکاری داشتیم، ولی به همدیگر نمی‌گفتیم تا اینکه من به زندان افتادم و در زندان معلوم شد که هر دو ما با مجاهدین خلق در ارتباط هستیم.
وقتی به زندان افتادیم تنها شهید رجایی از هویت واقعی من آگاه بود. یکی از خاطراتی که از شهید رجایی داردم مربوط به یکی از بازجوها بود. وقتی که بازجو حسینی معروف، وارد سلول ما شد، بِرّوبر رجایی را نگاه کرد و گفت که همه از زدن من خسته شده‌اند و من از زدن این خسته شده ام. وقتی او از اتاق ما رفت ما از رجایی پرسیدیم که ماجرا چیست؟
او گفت: «راست می‌گوید. بازجوها آنقدر مرا زده بودند که کف پایم به شلاق عادت کرده بود. اگر یک روز مرا نمی‌بردند تا بزنند کف پایم می‌خارید.» شاید شدیدترین شکنجه‌ها را در میان بچه‌های مذهبی شهید رجایی تحمل کرد که یک سال و نیم در زندان انفرادی بود و بعد از آن هم همیشه او را اذیت می‌کردند.
خاطرات محسن رفیق دوست، تدوین داوود قاسم پور، مرکز اسناد، ۱۳۸۳، صص ۱۰۹-۱۱۰.
