دوقلوهای او که یک پسر و یک دختر هستند الکساندر و الا نام دارند. کلونی قبل از ازدواج با امل کلونی تاکید کرده بود که هرگز دوست ندارد صاحب فرزند شود. اما اکنون او دو فرزند دوقلو دارد، دوقلوهایی که کلونی اعتراف می کند زندگی او را زیر و رو کرده اند.
کلونی که هنوز هم حاضر نیست عکسی از فرزندانش در اختیار رسانه ها قرار بدهد گفت: «زمانی هرگز حاضر نبودم پدر شوم اما اکنون صاحب فرزندانی دوقلو هستم. دردسرهای آنها آنقدر زیاد است که روزی چهار بار گریه می کنم!»
کلونی و همسرش اخیرا از یک مجله به دلیل چاپ عکسی از فرزندان دوقلویشان شکایت کرده اند و قصد دارند غرامت سنگینی را بگیرند.
