ماجرای تکفیر محمدرضا پهلوی توسط آیت‌الله خوئی در سال 42
 آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی از شاگردان برجسته امام خمینی و علامه شهید سید محمدباقر صدر بود که به واسطه این ارتباط، حلقه وصل شهید صدر و امام خمینی لقب گرفت. آیت‌الله شاهرودی در حیات سیاسی اجتماعی خود وقایع مختلفی از نهضت اسلامی، حوادث عراق و ارتباط با مبارزان لبنانی تا مسئولیت‌های متعدد در جمهوری اسلامی ایران را درک کرده است.
 
مبارزه و حضور او در دوران‌های مختلف نهضت اسلامی، مبارزات سیاسی در عراق، هشت سال دفاع مقدس، تشکیل مجلس اعلی عراق و... یادمانده‌های بسیاری از این فقیه عالیقدر و مبارز به جای گذاشته است.
 
آیت‌الله هاشمی شاهرودی در دوران حیات خود طی جلساتی خاطرات تاریخی خود را در گنجینه تاریخ شفاهی مرکز اسناد انقلاب اسلامی به ثبت و ضبط رساند. پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی ضمن تسلیت درگذشت آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی، بخشی از این خاطرات را برای نخستین بار منتشر می‌کند.
 
 
 
*** حمایت آیت‌الله خوئی از امام خمینی در سال 1342 ***
 
آیت‌الله هاشمی شاهرودی که در کوران حوادث دهه چهل در نجف حضور داشت در خاطرات خود درباره اقدامات آیت‌الله خوئی در حمایت از امام خمینی می‌گوید: «بحث بازداشت امام در 15 خرداد [1342] و آن جریاناتی که شکل گرفت در نجف هم یک حالت خاصی پیدا کرد. یکی از کسانی که خیلی حرکت امام را از نظر مقابله با شاه قبول داشت و تحت‌تأثیر این حرکت امام قرار گرفت، آقای خویی بود.
 
آن زمان آقای خویی مرجع نبود و در حد یک مدرس بود، چون آقای حکیم زنده بود و ایشان در آن دوران در حد رساله داشت ولی مرجعیتی نداشت. او خودش تحت‌تأثیر این حرکت امام قرار گرفت. تا جایی که نه در حد مبارزه بلکه در تکفیر شاه، یک رساله داد به نام تصریحات خطیره؛ یعنی پیام‌های مهم و خطرناک. 
 
ما نوجوان بودیم 15ـ 14 ساله بودیم [که] این [رساله تصریحات الخطیره] به دست ما هم رسید. در حقیقت [آیت‌الله خویی] با این تصریحات خطیره شاه را محکوم به انحرافی در حد ارتداد می‌کرد و خیلی شدیدتر از بیانات خود امام بود که همان وقت گفته شد ایشان با این رساله شاه را تکفیر کرده است.
 
یکی از کارهایی که باز همان زمان انجام شد، این بود که آقای خویی آمدند منزل آیت‌الله العظمی شاهرودی و ایشان را بردند کوفه پیش آقای حکیم، که سریع آن نامه مرجعیت امام را بنویسند تا مصونیت امام حفظ بشود. آن وقت آقای خوئی نقش خوبی داشت، هیچ کس دوروبرش نبودند. فکر آقای خویی فکرهای جدیدی بود. بیرون از ایران هم بود راحت می‌توانست این حرف‌ها را بزند.»
 
 
 
***واکنش آیت‌الله سید محمدباقر صدر به مباحث ولایت‌فقیه امام خمینی***
 
مرحوم آیت‌الله هاشمی شاهرودی در بخش دیگری از یادمانده‌های خود به شروع بحث ولایت‌فقیه توسط امام خمینی در نجف و واکنش علامه سیدمحمدباقر صدر اشاره کرده و می‌گوید: «به نظر من از همه مهم‌تر در آن مقطع این فکر فقه حکومتی بود که امام این را توانست در نجف مطرح کند. اولین بار این بحث را ایشان در نجف مطرح کردند که مثل توپ در حوزه صدا کرد ، که ولایت فقیه را کسی آن هم به این شکل بحث کند. غیر از یک بحث ولایت که در مکاسب مختصر هست ایشان به بحث کلان حکومت اسلامی‌ بکشاند و تحت عنوان حکومت اسلامی ‌و ولایت فقیه، یعنی حکومت اسلامی ‌این را بحث کرد. خیلی این ارزنده بود و یک تحولی در دید فقهی نجف بود، یعنی آن عمق فقهی و تحقیقات و تلفیقات عمیق فقهی توأم شد با این دید حکومتی و این دید جدید و پویا و این مسئله جدید که مسئله‌ای بسیار اساسی هم هست مبنای آن نظریه سیاسی امام بود.
 
من یادم هست که درس ایشان می‌رفتم. هر روز که این درس بحث می‌شد ایشان یک فراز جدیدی را می‌گفت. این‌ها چند روز بعد از نوار پیاده می‌شد و به شکل جزوه تنظیم می‌شد. من روزهای اول یک نسخه را خدمت آقای صدر بردم و گفتم: امام در بحث به ولایت صغار رسیده و وارد ولایت فقیه شده و به این تفسیر رسیده‌اند. 
 
آقای صدر خیلی خوششان آمد، اولین بار بود که درس امام را می‌دید. یادم هست که آقای صدر در درس خود، عین این تعبیر را گفت: «برای اولین‌بار یک فقیه که در حد یک مرجع تقلید است بحث حکومت اسلامی ‌را به این شکل مطرح می‌کند.» خیلی ایشان تعریف کرد. شاید نصف وقت درس را ایشان راجع به همین مسئله شرح داد که چه کار بزرگی شده و چه تحولی در حرکت تاریخ فقه ماست. بعد گفت بر همه شما لازم هست این [جزوه ولایت فقیه امام] را بگیرید و مطالعه کنید.»
 
 
 
*** تمجید امام از آیت‌الله هاشمی شاهرودی ***
 
آیت‌الله هاشمی شاهرودی درباره محبت امام خمینی نسبت به خود می‌گوید: «هم خود امام خیلی برای تدریس زحمت می‌کشیدند و هم واقعاً شاگردان خیلی لذت می‌بردند و استفاده می‌کردند. بنده هم درس امام حاضر می‌شدم. ایشان هم با همان روشی که داشت در درس خیلی مبسوط وارد می‌شد، نظرات خود و دیگران را یکی یکی می‌گفت و اجازه هم می‌دادند به طلبه‌های فاضل که در درس اشکال کنند. من آنجا هم در درس از ایشان سؤال می‌کردم و هم بعد خدمتشان می‌رفتم. ایشان هم خیلی لذت می‌بردند از شاگردهایی که می‌دیدند مشغول تحصیل هستند و خیلی پیگیری می‌کنند و دنبال می‌کنند؛ هم خیلی خوششان می‌آمد و هم تعریف می‌کردند.
 
آقای اشراقی (داماد امام) یک سفر آمدند عراق؛ من ایشان را ندیده بودم. در بیت امام در نجف جلوس داشت. به دیدنشان رفتم. کسی آنجا ایستاده بود و گفت ایشان فلانی هست. آقای اشراقی گفت دیروز امام در رابطه ایشان با من صحبت کرد. طلبه فاضلی هست و دومرتبه با من معانقه کرد. از آنجا فهمیدم که امام برای اشخاصی که خوشش می‌آید و تشخیص‌شان می‌دهد حمایت می‌کند و ارزش برایشان قائل است.»
 
این عنایت امام به فعالیت‌های علمی آیت‌الله هاشمی شاهرودی تا دوران پس از پیروزی انقلاب اسلامی هم ادامه داشت تا جایی که در دیدار با اعضای مؤسس مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق به این موضوع اشاره می‌کنند. آیت‌الله هاشمی شاهرودی این دیدار را چنین شرح می‌دهد: «اول تأسیس مجلس اعلی - که رسماً دوره اول و دوم رئیس مجلس بودم -  با آقای حکیم و دیگران خدمت امام رفتیم. وقتی جلسه معرفی تمام شد، ایشان تبریک گفتند؛ بعد فوری به من فرمودند: شما در حوزه درس هم می‌دهید؟ گفتم یک درس. گفتند: حوزه قم را ول نکن. برو آنجا هم درس بده.»
 
 
 
*** پیش‌بینی امام موسی صدر از آینده نهضت امام خمینی***
 
آیت‌الله هاشمی شاهرودی که مورد وثوق و اطمینان امام خمینی و خاندان صدر بود، نقش بسزایی در اتصال جریانات مبارز ایران و لبنان ایفا می‌کرد. وی درباره تحلیل و پیشبینی امام موسی صدر از آینده نهضت اسلامی می‌گوید: «آقا موسی صدر دو سه تا نامه نوشت من بردم خدمت امام نامه را دادم. به امام  گفتم ممکن است بعضی از اطرافیان نگذارند پاسخ این نامه را بدهید. گفتند: «نه! من خودم تصمیم می‌گیرم. من مشاوره می‌کنم، مشورت می‌گیرم ولی خودم تصمیم می‌گیرم. نگران نباش، من این نامه را جواب می‌دهم.» 
 
امام جواب خیلی خوبی هم داده بودند. ایشان به امام موسی صدر اجازه داده بودند. این اجازه در رابطه با دادن سهم امام به فلسطینی‌ها بود. امام موسی صدر هم آدم بسیار تیزبینی بود. من یادم هست یک نامه برای آقای سید محمدباقر صدر نوشت. نوشته بود که من آینده ایران را از آنِ این جریان [نهضت امام خمینی] می‌بینم...»
 
 
 
*** نامه علامه محمدباقر صدر به امام پس از فرار محمدرضا پهلوی ***
 
آیت‌الله هاشمی شاهرودی، رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام در فراز دیگری از خاطرات خود به رابطه تنگاتنگ امام خمینی و علامه سید محمدباقر صدر اشاره کرده و می‌گوید: «من یادم هست وقتی شاه [از ایران] فرار کرد، آقای سید محمدباقر صدر هم که همه این مسائل را دنبال می‌کرد، یک نامه خیلی جالبی برای امام نوشت و توسط یکی از وکلایش در لبنان برای امام [در نوفل لوشاتو] فرستاد. 
 
[این نامه] مثل یک منشور انقلاب است که در آن خیلی آقای صدر با عظمت از امام یاد می‌کند که شما چه کار بزرگی دارید می‌کنید و ان‌شاء‌الله آن زمانِ اصلی دارد نزدیک می‌شود. اهداف این انقلاب چی هست، فرق این انقلاب با انقلاب‌های دیگر و خلاصه نامه قشنگی خدمت امام فرستاد و بعد هم به وسیله تماس با سید احمد آقا به ایشان گفت که بالاخره امام هر چه زودتر باید به ایران بیایند.»