در روز یکشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۶، پس از پایان جلسه رای اعتماد به وزرای پیشنهادی در مجلس شورای اسلامی، نخستین جلسه هیئت دولت دوازدهم در پاستور برگزار شد و کابینه دوازدهم رسما آغاز به کار کرد؛ کابینه‌ای که البته در ابتدای کار کامل نبود، اما رفته رفته اعضای جدیدی با احکامی که رئیس جمهور روحانی صادر کرد به آن افزوده شد.
در گزارش ذیل به احکامی اشاره خواهیم کرد که رئیس جمهور روحانی برای معاونان و مشاوران خود صادر کرده است:
روحانی در روز سه شنبه ۱۷ مرداد در حکمی اسحاق جهانگیری را به عنوان معاول اول رییس جمهور در دولت دوازدهم منصوب کرد. جهانگیری در دولت یازدهم نیز عهده‌دار همین سمت بود؛ وی در دوران سازندگی استاندار اصفهان بود و در ۸ سال دولت اصلاحات نیز متصدی وزارت صنایع و معادن بود.
روز چهارشنبه ۱۸ مرداد، روحانی طی احکام جداگانه‌ای سه زن را به عنوان معاونان خود منصوب کرد؛ رئیس جمهور طی حکمی که برای معصومه ابتکار صادر کرد وی را به سمت معاونت امور زنان و خانواده ریاست جمهوری منصوب کرد؛ بدین ترتیب ابتکار جانشین مولاوردی شد؛ ابتکار در دولت یازدهم رئیس سازمان حفاظت محیط زیست بود. روحانی همچنین در همان روز چهارشنبه طی حکمی لعیا جنیدی را به سمت معاون حقوقی رئیس جمهور منصوب کرد. شهیندخت مولاوردی نیز با حکم حسن روحانی به سمت معاونت حقوق شهروندی رئیس جمهور منصوب شد.
رئیس دولت دوازدهم روز پنجشنبه ۱۹ مرداد، بر اساس اصل یکصد و بیست و چهارم قانون اساسی علی اکبر صالحی را بعنوان «معاون رییس‌جمهور و رییس سازمان انرژی اتمی» منصوب کرد. صالحی در دولت یازدهم نیز عهده دار همین سمت بود؛ وی در دو سال پایانی دولت دهم رئیس دستگاه دیپلماسی کشور بود.
روحانی روز یکشنبه ۲۲ مرداد، در حکمی عیسی کلانتری را به عنوان معاون رییس‌جمهور و رییس سازمان حفاظت محیط زیست منصوب کرد. کلانتری در دولت یازدهم دبیر ستاد احیای دریاچه ارومیه بود و سابقه تصدی وزارت جهاد و کشاورزی را نیز در دوران سازندگی در کارنامه دارد.
رییس جمهور روز یکشنبه ۲۲ مرداد در حکم دیگری علی‌اصغر مونسان را به عنوان «معاون رییس جمهور و رییس سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری» منصوب کرد. مونسان در دولت یازدهم مدیرعامل سازمان منطقه آزاد کیش بود.
رییس جمهور روز چهارشنبه ۲۵ مرداد در شرایطی که جلسات رای اعتماد به ۱۷ وزیر پیشنهادی اش در بهارستان به میانه رسیده بود، طی حکمی به استناد اصل یکصد و بیست و چهارم قانون اساسی، سورنا ستاری را به عنوان «معاون علمی و فناوری رییس جمهور» منصوب کرد.
روحانی در همین روز به استناد اصل یکصد و بیست و چهارم قانون اساسی، در حکمیحجت‌الاسلام والمسلمین سیدمحمدعلی شهیدی را به عنوان «معاون رییس جمهور و رییس بنیاد شهید و امور ایثارگران» منصوب کرد.
رئیس جمهور در همان روز چهارشنبه در حکمی مسعود نیلی را نیز به عنوان «دستیار ویژه رییس جمهور در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی» منصوب کرد.
رئیس جمهور در اولین حکم پس از جلسه رای اعتماد که حوالی ظهر روز یکشنبه ۲۹ مرداد پایان یافت، محمود واعظی را به عنوان «رییس دفتر رییس جمهور و سرپرست نهاد ریاست جمهوری» منصوب شد؛ واعظی در دولت یازدهم وزیر ارتباطات و فناوری اطلاعات بود.
در حکم دوم روحانی که در همان روز یکشنبه ۲۹ مرداد صادر شد، محمد نهاوندیان به عنوان معاون اقتصادی رئیس جمهور منصوب شد؛ نهاوندیان در دولت یازدهم رئیس دفتر رئیس جمهور بود.
حکم سوم روحانی برای جمشید انصاری بود؛ رئیس جمهور او را به عنوان معاون رییس جمهور و رییس سازمان اداری و استخدامی کشور منصوب کرد. وی در دو سال دوم دولت یازدهم نیز همین سمت را داشت. او در ابتدای کار دولت یازدهم، استاندار زنجان بود.
چهارمین حکم رئیس جمهور در روز یکشنبه ۲۹ مرداد ۹۶، برای محمدباقر نوبخت بود؛ رئیس جمهور او را به عنوان معاون رییس جمهور و رییس سازمان برنامه و بودجه کشور منصوب کرد؛ نوبخت در دولت یازدهم نیز علاوه بر این پست، سخنگوی دولت بود.
روحانی در همان روز براساس اصل ۱۳۵ قانون اساسی در احکام جداگانه‌ای، ستار محمودی را به سرپرستی «وزارت نیرو» و سیدضیاء هاشمی را به سرپرستی «وزارت علوم، تحقیقات و فناوری» منصوب کرد.
رئیس جمهور ۷ شهریور در حکمی حسام‌الدین آشنا را به عنوان «مشاور رییس جمهور و رییس مرکز بررسی‌های استراتژیک» منصوب کرد.
رئیس جمهور روز ۱۶ شهریور در حکمی مرتضی بانک را به عنوان «مشاور رئیس جمهور در امور مناطق آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی» منصوب کرد.
در روز ۲۰ شهریور نیز روحانی در حکمی آقایان حسام‌الدین آشنا و علی جنتی را برای یک دوره دو ساله به عنوان «نماینده رئیس جمهور در شورای نظارت بر سازمان صدا و سیما» منصوب کرد.
