رژیم بعثی عراق در ابتدای آغاز جنگ تحمیلی حملات خود را به شهرهای مرزی آغاز کرد که در این میان خرمشهر با وجود ایستادگی نیروهای مردمی و رزمندگان اسلام در نهایت در 4 آبان 59، پس از 34 روز مقاومت به اشغال نیروهای رژیم بعث درآمد.در سقوط خرمشهر نمی‌توان از نقش بنی‌صدر چشم‌پوشی کرد٬ زیرا اقدامات وی در به ثمر رسیدن اهداف رژیم بعثی عراق در اشغال خرمشهر مؤثر واقع شد. اما پس از اشغال خرمشهر توسط رژیم پعث٬ حضرت آیت‌الله خامنه‌ای برای آزادسازی خرمشهر به میدان مبارزه آمدند و تاریخ می‌تواند نقش بی‌بدیل ایشان در آزادسازی خرمشهر را شهادت دهد. در همان روزها که خرمشهر در اشغال نیروهای بعثی بود، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای نامه‌ای به بنی‌صدر نوشته و فرمودند که با اتخاذ تدابیر نظامی صحیح می‌توان از اشغال خرمشهر جلوگیری کرد. ایشان همچنین در این نامه هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد.
با آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران در شهریور 59، رژیم بعثی حملات خود را به شهرهای مرزی این استان آغاز کرد که در این میان خرمشهر با وجود ایستادگی نیروهای مردمی و رزمندگان اسلام در نهایت در 4 آبان 59، پس از 34 روز مقاومت به اشغال نیروهای رژیم بعث درآمد. در سقوط خرمشهر نمی‌توان از نقش بنی‌صدر چشم‌پوشی کرد٬ زیرا اقدامات وی در به ثمر رسیدن اهداف رژیم بعثی عراق در اشغال خرمشهر مؤثر واقع شد.
*** نقش ابوالحسن بنی‌صدر در سقوط خرمشهر ***
عوامل مهمی در سقوط خرمشهر دخیل بود که از مهم‌ترین آن می‌توان به تعلل رئیس جمهور وقت یعنی ابوالحسن بنی‌صدر در تجهیز نیروهای مستقر در شهر اشاره کرد.
با شروع جنگ بنی‌صدر گفت که "ما زمین می‌دهیم و زمان می‌گیریم." به خاطر اعتقاد به این روش جنگی و تعلل و وقت‌کشی، دشمن متجاوز توانست از فرصت پیش آمده استفاده کند و برخی از نقاط کشورمان را به تصرف درآورد. بنی‌صدر هم این رویه را تاکتیک رزم خود قلمداد می‌کرد و مانع از دخالت نیروهای مردمی در جنگ می‌شد تا اینکه این تئوری بنی صدر در نهایت به سقوط خرمشهر انجامید.
"آیت‌الله عبدالله محمدی"، امام جمعه وقت خرمشهر، در کتاب خاطرات خود در مورد خیانت‌های بنی‌صدر که به سقوط خرمشهر انجامید می‌گوید: کم‌کم محاصره خرمشهر توسط نیروهای رژیم بعثی تنگ‌تر می‌شد و نیروهای ما در داخل شهر در حال دفاع از خرمشهر بودند و در بیرون از شهر حضور نداشتند. ما در این مدت هرچه تقاضای کمک و نیرو می‌کردیم تا نیروهای ما تقویت شوند خبری از کمک نبود. در آن زمان بنی‌صدر به اهواز آمده بود؛ ما دو نفر را مامور کردیم تا به اهواز بروند و با بنی‌صدر دیدار کنند و بگویند که حداقل چند گلوله توپ و خمپاره به ما بدهد. بنی‌صدر هم جواب داده بود که گلوله توپ و خمپاره مگر نقل و نبات است که به شما بدهیم؟! دوستان ما هم دست خالی برگشتند.
وی ادامه می‌دهد: از طرف دیگر توپخانه اصفهان برای دفاع از خرمشهر و جلوگیری از سقوط آن عازم خرمشهر شده بود اما این توپخانه در 60 کیلومتری خرمشهر متوقف شده بود. به آنها گفته بودند که صلاح نیست جلوتر بروید. ما رفتیم و با فرمانده توپخانه صحبت کردیم و گفتیم پس چرا به خرمشهر نمی‌آیید؟ خرمشهر در محاصره است و در معرض سقوط است. گفتند چه کنیم که به ما اجازه نمی‌دهند. می‌ترسیدند که بگویند بنی‌صدر اجازه نداده است.... خیانت از طرف بنی‌صدر بود که باعث شده بود نیروها خودشان را ضعیف می‌شمردند و می‌گفتند ما در مقابل دشمن که این همه تجهیزات و امکانات دارد، چه کار می‌توانیم بکنیم.
*** واکنش آیت‌الله خامنه‌ای به تعلل بنی‌صدر در حفظ خرمشهر ***
آیت‌الله خامنه‌ای در اردیبهشت ماه 1359 طی حکمی از سوی امام خمینی به همراه مصطفی چمران به عنوان نمایندگان ایشان در شورای عالی دفاع ملی تعیین شدند. از اقدامات مهم و مؤثر ایشان در ستاد جنگ‌های نامنظم، کمک به شکل‌گیری و اقدامات نظامی نیروهای نظامی مردمی از جمله سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج بود. ایشان همچنین در این دوران بر خلاف رویه بنی‌صدر کمک زیادی به مردمی شدن جنگ کردند.
در همان روزها که خرمشهر در اشغال نیروهای بعثی بود، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای نامه‌ای به بنی‌صدر نوشته و فرمودند که با اتخاذ تدابیر نظامی صحیح می‌توان از اشغال خرمشهر جلوگیری کرد. ایشان همچنین در این نامه هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد.
آیت‌الله خامنه‌ای در تاریخ 31 خرداد 60 در جلسه بررسی کفایت سیاسی بنی‌صدر که پس از 209 روز از اشغال خرمشهر برگزار می‌شد، به این مکاتبه اشاره کرده و بی‌کفایتی رئیس‌جمهور وقت را عامل اصلی سقوط این شهر دانسته و فرمودند: در نامه‌ای که این‌جاست و دو سه روز قبل از این حادثه دردناک به ایشان [بنی‌صدر] نوشته‌ام، چنین گفته‌ام: در مورد خرمشهر و آبادان نظر من این بوده و هست که این دو شهر را باید دو گردان پیاده مکانیزه یا یک گردان پیاده و یک گردان زرهی در دو سوی این شهر، یعنی یکی در محور خرمشهر-شلمچه و دیگری در تقاطع خطوط ماهشهر–آبادان و اهواز-آبادان حفاظت کنند. تانک‌ها در سنگر قرار گیرند و از آسیب ضد تانک دشمن محفوظ بمانند و از پیش‌روی دشمن جلوگیری کنند و برای نیروهای ضد تانک ما این فرصت را فراهم کنند که به دشمن دستبرد و آسیب وارد آورد.
همچنین ایشان در مصاحبه‌ای با مجله امید انقلاب در شهریور 1363 در این مورد فرمودند: ما در خرمشهر اگر دو گردان زرهی داشتیم، خرمشهر شکست نمی‌خورد. من در نامه‌ای که همان روزهای در شرف سقوط خرمشهر برای بنی‌صدر نوشتم، در آن نامه تصریح کردم که اگر شما دو گردان زرهی با یک گردان پیاده مکانیزه بدهید، از سقوط خرمشهر جلوگیری می‌شود؛ اما شما در این کار سستی و سهل‌انگاری می‌کنید.
آیت‌الله خامنه‌ای در جلسه بررسی کفایت سیاسی بنی‌صدر درباره پاسخ وی به این نامه فرمودند: آقای بنی‌صدر در پاسخ تلگراف من یک تلگراف خیلی تندی به من زدند که متن تلگراف ایشان هم موجود است و از این سؤالات و اظهارات من به شدت رنجیده و طلب‌کار و ناراحت شدند که چرا چنین تلگرافی زده‌اید. همچنین خطاب به بنی‌صدر می‌فرمایند: شما در تلگراف از من پرسیده‌اید که اگر از نیروی دیگری اطلاع دارم، چرا به شما اطلاع نداده‌ام. مایه تعجب است. نیرویی که من از آن خبر دارم، نیروی ارتش است که شما فرمانده آن هستید، بلکه نیروهای پیاده و زرهی مستقر در دزفول است که به قول خودتان شما هر روز دو بار از آن بازدید می‌کنید. من می‌گویم این نیرو که یک ماه است به تدریج جمع شده و هنوز مورد بهره‌برداری واقع نشده است، می‌توانست بخشی از خود را به این منظور اختصاص دهد.
بدین ترتیب علی‌رغم تلاش آیت‌الله خامنه‌ای و نیروهای انقلابی بنی‌صدر از این قبیل راهنمایی‌ها بهره نگرفت و در نتیجه خرمشهر به دست نیروهای اشغالگر بعثی افتاد. از همین رو بود که آیت‌الله خامنه‌ای سقوط خرمشهر را به خاطر بی‌تدبیری بنی‌صدر دانسته و فرمودند: این به خاطر ضعف تدبیر بنی‌صدر بود که سر کار آمدن و فرماندهی را گرفت و علی‌رغم آن همه تذکر در یک خواب خرگوشی عجیبی فرو رفته بود.
ایشان همچنین نگاه نادرست رئیس‌جمهور وقت به نقش نیروهای مردمی در جنگ را یکی دیگر از علل سقوط خرمشهر دانسته و در خطبه‌های نماز جمعه ۱۴ خرداد ۱۳۶۱ دلیل "خونین‌شهر" شدن خرمشهر را اینگونه تشریح کردند: مسئولان خیانت‌کار، آنهایی که سررشته امور در جنگ صددرصد به دست و تدبیر آنها بود، حاضر نبودند برای نیروهای جنگنده مردمی اعتباری قائل بشوند. سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، این نیروی جان برکف، سال گذشته از طرف آن فراری نگون‌بخت و همکاران و هم‌فکرانش جدی گرفته نمی‌شد. این بود که خود را از یک نیروی عظیم محروم کرده بودند.
آیت‌الله خامنه‌ای در همین رابطه در جای دیگر فرمودند: در قضیه سقوط خرمشهر یک فلسفه‌ای به مغز بنی‌صدر القا کرده بودند که ما زمین می‌دهیم زمان می‌گیریم. غافل از اینکه در آن روز ما هم زمین و هم زمان؛ هر دو را داشتیم از دست می‌دادیم. [5]
اشغال بنی‌صدر ادامه داشت تا اینکه در نهایت پس از عزل بنی‌صدر و در دوران ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای با بهبود اوضاع جنگ، رزمندگان اسلام توانستند خرمشهر را از دست نیروهای بعثی آزاد کنند. در این میان آیت‌الله خامنه‌ای در آزادسازی خرمشهر نقش بسیار مهمی داشتند.
*** توجه ویژه آیت‌الله خامنه‌ای به خرمشهر در دوران اشغال ***
در دو دوره ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ تحمیلی در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور تلقی می‌شد. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود جمهوری اسلامی تغییر یافت که طی آن نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال‌شده بیرون رانده شدند.
ایشان علاوه بر اینکه در مواقع حضور در تهران به مسئله خرمشهر توجه داشتند، به این منطقه نیز سفر می‌کردند تا با بررسی شرایط مناطق اشغال شده، بهترین تصمیم را برای اخراج نیروهای بعثی از خاک ایران اتخاذ کنند.
رهبر معظم انقلاب در 3 خرداد 1384 در دیدار جمعی از ایثارگران و خانواده‌های شهدا، خاطره حضور خود در خرمشهر را اینگونه روایت می‌کنند: بنده در همان دوران غربت - وقتی خرمشهر در اشغال دشمنان بیگانه بود - نزدیک پل خرمشهر رفتم و به چشمِ خودم دیدم وضعیت چگونه است. فضا غم‌آلود و دل‌ها سرشار از غصه بود و دشمن با اتکاء به نیروهای بیگانه که به او کمک می‌کردند - همین امریکا و غربی‌ها و همین مدعیان دروغگو و منافق حقوق بشر - در خرمشهر مستقر شده بود. تانک‌های او، وسایل پیشرفته او، هواپیماهای مدرن او، نیروهای تا دندان مسلح او؛ بچه‌های ما آر.پی.جی هم نداشتند؛ با تفنگ می‌جنگیدند؛ اما با ایمان و با صلابت. همین جوانان، با دست خالی، اما با دل پُر از امید و ایمان به خدا، بدون اینکه ابزار پیشرفته‌ای داشته باشند و بدون اینکه دوره‌های جنگ را دیده باشند، وسط میدان رفتند و بر همه آن عوامل غلبه پیدا کردند.
ایشان همچنین در 11 شهریور 1372 درباره حضور خود در خرمشهر و سخنرانی برای رزمندگان اسلام در این منطقه در روزهایی که این شهر در اشغال نیروهای بعثی بود فرمودند: در مرکزی که متعلّق به بسیج فارس بود، مشغول سخنرانی بودم. شیرازی‌ها بودند و تهرانی‌ها؛ و سخنرانی اوّلِ ورودم به آبادان بود. قبلاً هیچکس نمی‌دانست من به آن‌جا آمده‌ام. چهار، پنج نفر همراه من بودند و همین‌طور گفتیم: "برویم تا بچه‌ها را پیدا کنیم." از طرف جزیره آبادان که وارد شهر آبادان می‌شدیم، رفتیم خرمشهر. آن قسمت اشغال نشده خرمشهر، محلّی بود که جوانان آن‌جا بودند. رفتم برای بسیجی‌ها سخنرانی کردم.
رفت و آمد رئیس جمهور وقت به منطقه جنگی خرمشهر علاوه بر اینکه باعث تقویت روحیه نیروها می‌شد خود عاملی بود تا از نزدیک در جریان جنگ قرار گیرند و بتوانند تصمیم‌های لازم را اتخاذ کنند.
*** اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای برای آزادسازی خرمشهر***
از مهم‌ترین اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوران ریاست جمهوری برای مدیریت جنگ و همچنین آزاد سازی خرمشهر می‌توان به تلاش ایشان به منظور استفاده از ظرفیت نیروهای مردمی در جنگ اشاره کرد به طوری که نیروهای مردمی از مهم‌ترین عوامل آزادسازی خرمشهر بودند.
در همین رابطه، آیت‌الله خامنه‌ای 11 روز پس از فتح خرمشهر در خطبه‌های نماز جمعه تهران، یکی از دلایل آزادسازی خرمشهر را استفاده مسئولان از نیروهای مردمی و انقلابی و حضور آنان در صحنه دانسته‌اند و فرمودند: «امروز ما در مقابل قوی‌ترین قدرت‌های عالم، یعنی در مقابل آمریکا، احساس قدرت می‌کنیم. علت این احساس قدرت این است که شما هستید. یعنی یک نیروی لایزال و تمام نشدنی. اگر شما بی‌تفاوت بودید، اگر به جنگ و صلح و انفاق و آباد کردن و عمران و سازندگی بی‌اعتنا بودید، قطعاً هیچکس نمی‌توانست از مسئولان ادعا کند که در مقابل این تهاجم عظیم همه‌جانبه‌ای که امروز از طرف قدرت‌های بزرگ به ما می‌شود، قابل تحمل است.»
ایجاد هماهنگی بین سپاه، ارتش و نیروهای مردمی در جبهه‌ها یکی دیگر از اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای بود. به طوری که در سال اول ریاست جمهوری ایشان یعنی در سال دوم جنگ (از مهرماه 1360 تا دی‌ماه 61) عملیات پیروزمندانه چهارگانه‌ای (شامل "ثامن الائمه(ع)"، "طریق‌القدس"، "فتح‌المبین" و "بیت‌المقدس") به طور مشترک توسط رزمندگان ارتش و سپاه پاسداران اجرا شد که ازجمله مهم‌ترین آنها می‌توان به آزادسازی خرمشهر اشاره کرد. همکاری‌های ارتش و سپاه و همچنین نیروهای مردمی علاوه بر اجرای عملیات و نیز ارائه آموزش‌های نظامی، شامل ارسال مهمات و ادوات جنگی به یکدیگر نیز می‌شد.
صیاد شیرازی و محسن رضایی دو فرمانده اصلی عملیات بیت‌المقدس بودند که در جریان آزادسازی خرمشهر نقش مهمی داشتند. شهید صیاد شیرازی درباره هماهنگی بین سپاه و ارتش در نبرد آزادسازی خرمشهر می‌گوید: یکی از بزرگترین و والاترین امدادهای خدایی که در زندگی احساس کرده‌ام لطف عجیبی بود که خداوند در این جلسه نصیب ما دو نفر کرد. در بحثی که کردیم نه تنها یک ذره اختلاف نظر در صحبت‌هایمان نبود بلکه همین که شروع به صحبت کردیم ناگهان دیدم هر دو به به یک طرح واحد رسدیم. شهید صیاد در خاطرات خود می‌گوید بعد از جلسه ترس از این داشتم که بچه‌های سپاه با طرح ما مخالفت کنند. طی جلساتی که با نیروهای سپاه داشتیم بعد از تشریح شرایط به توافق رسیدیم.
