روز یکشنبه 22 شهریورماه 1360، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، امام جمعه تهران، نماینده مجلس شورای اسلامی و نماینده امام خمینی(ره) در شورای عالی دفاع درحالی برای انتخابات ریاست جمهوری سوم نام‌نویسی کردند که برای اولین بار بود که یک روحانی، کاندیدای ریاست جمهوری می‌شد.
آیت‌الله خامنه‌ای در حال رای دادن در اولین انتخابات ریاست جمهوری
علاوه بر ایشان سه نفر دیگر یعنی "علی‌اکبر پرورش" نماینده وقت اصفهان در مجلس شورای اسلامی، "سیدرضا زواره‌ای" معاون پیشین وزارت کشور و "حسن غفوری‌فرد" وزیر نیروی دولت دوم کاندیدای انتخابات شدند.
18 مرداد1360. مراسم تحلیف آیت الله سیدعلی خامنه ای با حضور رییس دیوان عالی کشور و نمایندگان مردم، درمجلس شورای اسلامی برگزار شد
روز دوشنبه 13 مهرماه،در پی شمارش آرا، نتایج قطعی انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری اعلام شد که براساس آن، از مجموع 16 میلیون و 847 هزار و 717 رای ماخوذه، "آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای" با کسب 16 میلیون و 8 هزار و 579 رای، یعنی معادل 95 درصد کل آراء به عنوان سومین رئیس‌جمهور ایران انتخاب شدند.
17 مرداد 1360. امام خمینی در مراسمی،حکم اولین دوره از ریاست جمهوری آیت الله سیدعلی خامنه ای را در حسینیه جماران تنفیذ کردند.
