روزنامه نیویورک‌تایمز می‌گوید سازمان جاسوسی آمریکا در سال 2009 احساس کرد ممکن است جاسوسی‌های شهرام امیری توسط ایران کشف شوند به همین خاطر وی را از کشور خارج کرد.
«در سال 2009، ظاهرا سیا تصمیم گرفته بود که احتمال شناسایی وی زیاد است و پیشنهاد داد که او را از کشور خارج کند. سازمان به وی وعده 5 میلیون دلار پول و یک هویت جدید را داد. آقای امیری معتقد بود که همسرش هرگز ایران را ترک نخواهد کرد و تصمیم گرفت که به تنهایی بدون پسرش برود.»
نیویورک‌تایمز در ادامه می‌گوید: «پس از اینکه وی در واشنگتن مورد مصاحبه قرار گرفته، در نزدیک توسکان و تحت برنامه بازاسکان ملی سیا مستقر شد، این برنامه از جاسوسان خارجی حفاظت می‌کند.»
این روزنامه در سال 2010 نیز در مقاله‌ای با عنوان «آمریکا می‌گوید دانشمند ایرانی پیش از ترک کشور به سیا کمک می‌کرد» نوشته بود: «دانشمند ایرانی که مقامات آمریکایی می‌گویند به آمریکا فرار کرده بود، و روز پنج‌شنبه گذشته به تهران بازگشت، به مدت چندین سال جاسوس سازمان سیا در داخل ایران بوده و درباره برنامه هسته‌ای کشور اطلاعات تهیه می‌کرد.»
«یک مقام [آمریکایی] تأیید کرد شهرام امیری جزئیاتی درباره اینکه چگونه یک دانشگاه در تهران [دانشگاه مالک اشتر] تبدیل به مقر فرماندهی مخفی تلاش‌های هسته‌ای کشور شده، به افسران اطلاعاتی آمریکا ارائه کرد. وی زمانی که هنوز در ایران بود یکی از منابع گزارش سازمان‌های اطلاعاتی آمریکا درباره برنامه تسلحاتی ادعایی ایران بود که در سال 2007 منتشر شد. مقامات آمریکایی می‌گویند امیری برای چندین سال اطلاعاتی دست اول و مهم درباره زوایای پنهان برنامه هسته‌ای ایران ارائه کرده بود.»
حجت الاسلام و المسلمین غلامحسین محسنی اژه‌ای روز گذشته (یکشنبه) با اشاره به اجرای حکم اعدام شهرام امیری به‌دنبال اثبات اتهام جاسوسی وی و تأیید حکم دادگاه بدوی در دیوان عالی کشور اظهار داشت: «این فرد با توجه به دسترسی‌های اطلاعات سری و به‌کلی سری نظام، با دشمن متخاصم و درجه یک ما یعنی آمریکا ارتباط برقرار کرده بود و اطلاعات حیاتی کشور را در اختیار دشمن قرار داده بود. سیستم اطلاعاتی کشور توانست در این پرونده رودست بزرگی به سیستم اطلاعاتی آمریکا بزند و امیدوارم این موفقیت تسریع شود.»
وی ضمن تأیید ارتباط این فرد با سازمان‌های جاسوسی آمریکا پیش از عزیمت به این کشور گفت: «سیستم اطلاعاتی آمریکا به هیچ وجه تصور نمی‌کرد که ایران از ارتباط این فرد با آنها مطلع است و آنها با برنامه خاصی وی را به عربستان بردند و به‌شکل خاص از این کشور خارج کردند غافل از اینکه همه این اتفاقات زیر ذره‌بین سیستم اطلاعاتی کشور رخ داده بود.»
محسنی اژه‌ای با تأکید بر اینکه حکم شهرام امیری طبق مقررات صادر شد، گفت: «این فرد پس از حضور در ایران طبق قانون و حضور وکیلش محاکمه شد و در حکم دادگاه بدوی به اعدام محکوم گشت که پس از اعتراض وی دیوان عالی کشور با وسواس خاصی این پرونده را بررسی و حکم صادره در دادگاه بدوی را تأیید کرد.»
