آیت‌الله سید محمود هاشمی شاهرودی نایب رئیس مجلس خبرگان رهبری شامگاه پنج‌شنبه سوم تیر 1395 با «آیت الله عیسی قاسم» به صورت تلفنی گفتوگو کرد.
آیت‌الله شاهرودی در این گفتوگو با اشاره به اینکه به جایگاه بزرگ اسلامی و ملی آیت الله عیسی قاسم افتخار می کند، اظهار داشت: آیت الله قاسم نمادی برای مذهب تشیع، اسلام و امت اسلامی است و این مرد برجسته، نقش بزرگی را ایفا می کند.
در ادامه این گفتوگو، آیت الله شاهرودی با محکومیت تعدی به آیت الله عیسی قاسم، اعلام آمادگی کرد که هر کاری را که برای دفاع از آیت الله عیسی قاسم و رفع مظلومیت از وی لازم است، انجام دهد.
آیت‌الله عیسی قاسم، این توجه کریمانه از استادش آیت الله شاهرودی را گرامی داشت و از او درخواست کرد که دعا کند که خداوند بین او و طاعتش، جدایی نیندازد و هر رنجی را که می برد، خداوند در راه خودش قرار بدهد.
همچنین آیت الله عیسی قاسم تاکید کرد که برای مسلمانان چیزی جز خیر نمی‌خواهد و در خصوص حفظ امنیت بحرین و جهان اسلام و وحدت مسلمین حساس است.
آیت‌الله شاهرودی در بخش پایانی این گفتوگو گفت که من به رهبری حکیمانه آیت الله عیسی قاسم بر ملت مومن بحرین افتخار می‌کنم و عقلانیت شیوه ای مناسب برای تدبیر امور در راستای مصلحت کشور و ملت است.
رژیم بحرین چند روز پیش در ادامه رفتارهای عجیب و غیر انسانی خود، تابعیت آیت الله شیخ عیسی قاسم را لغو کرد. اقدامی که اعتراض قشرهای مختلف مردم بحرین، مراجع عظام تقلید و مقامات کشورهای مختلف را به دنبال داشت.
این اقدام خصمانه رژیم بحرین علیه شهروند دانشمند این کشور، چند روز پس از توقیف "جمعیت اسلامی الوفاق" و بستن دفاتر آن صورت می گیرد. آل خلیفه احزاب "التوعیة" و "الرسالة" را هم منحل اعلام کرده است.
