به نقل از آسوشیتدپرس، زمانی که سفارت آمریکا در تهران در 4 نوامبر 1979 تسخیر شد، توماس شافر به عنوان وابسته نظامی در این سفارت کار می‌کرد.
از اولین روز تسخیر، شافر مورد توجه قرار گرفت. او به عنوان افسر ارشد نظامی در سفارت به اداره «لانه جاسوسی» متهم شد.
وی در میان آخرین گروگان‌هایی بود که 20 ژانویه 1981 آزاد شدند. وی دو سال بعد از نیروی هوایی بازنشسته شد.
در سال 1998 شافر گفت: ایالات متحده باید به دلایل استراتژیک روابط خود با ایران را دوباره برقرار کند، اما در سال 2013 با احمقانه خواندن توافق هسته‌ای به تقبیح آن پرداخت.
