بعد از برکناری ابوالحسن بنی صدر از ریاست جمهوری و انتخاب شهید محمدعلی رجایی به عنوان رئیس جمهور، شهید باهنر به پیشنهاد رئیس جمهور وقت در سال ۱۳۶۰ به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی شد و رای اعتماد گرفت. او پس از شهادت شهید بهشتی در بمب گذاری دفتر حزب جمهوری اسلامی به عنوان دبیر کل حزب انتخاب شده بود.
اما محمدجواد باهنر در هشتم شهریور ماه سال ۱۳۶۰ در بمب گذاری در دفتر نخست وزیری به همراه شهید رجایی به درجه شهادت نائل آمد.
