در طول تاریخ، معبد شائولین بارها و بارها تخریب و مجدداً بازسازی شده است. یکی از تخریب‌ها در سال ۱۶۴۷ توسط دودمان چینگ صورت گرفت که برای جلوگیری از فعالیت‌های ضدحکومتی، معبد ویران شد. این ویرانی کمک بسیاری به اشاعهٔ هنرهای رزمی راهبان معبد کرد. در سال ۱۹۲۸، فرماندهی به نام "شی یوسان" معبد را به آتش کشید.
وی بسیاری از دست‌نوشته‌ها را از بین برد و سرسرای معبد و همچنین کتابخانهٔ آن را ویران کرد. انقلاب فرهنگی در چین به یک‌باره راهبان و بودا را از این کشور محو کرد و برای سال‌ها، معبد خاموش ماند.سرانجام و به‌دنبال نمایش فیلم معبد شائولینِ جت لی در سال ۱۹۸۲، این معبد توسط دولت چین به‌عنوان یک مکان توریستی رسمی، بازسازی گردید. از آن به بعد، گروه‌های رزمی‌کار در سراسر دنیا شروع به فرستادن کمک‌های نقدی خود جهت حفظ و نگهداری از این معبد قدیمی کردند و خواستار پاسداری از حجاری‌های درِ ورودی معبد شدند.
نهایتاً در آگوست ۱۹۹۹، استاد "شی یونگ ژی" برای به دست‌گیری مقام مدیریت شائولین منصوب شد. او سیزدهمین راهب بودایی موفق در مدیریت شائولین، پس از "ژو تینگ فویو" بوده‌است. در مارس ۲۰۰۶، ولادیمیر پوتین، رئیس‌جمهور روسیه، اولین رهبر خارجی‌ای شد که از معبد بازدید کرده‌است.در سال ۲۰۱۰، در جریان سی‌وچهارمین نشست کمیتهٔ میراث جهانی یونسکو، که در کشور برزیل برگزار شد، این معبد به عنوان میراث جهانی به ثبت رسید. در ادامه تصاویری از این تمرینات سخت و نفس گیر را که در این معبد آموزش داده می شود مشاهده می کنید.
