پل آلن که یکی از پایونیرهای دنیای رایانه محسوب می‌شد، در دهه 1980 مایکروسافت را ترک کرد و پس از ظهور علائم اولیه سرطان، با توجه به ثروتی که اندوخته بود، سعی کرد با مالکیت بر تیم NFL شهر، سیاتل را در صدر نگه دارد.
وی همراه با بیل گیتس در 7 سال اول تأسیس مایکروسافت، رایانه شخصی را از حالت ابزاری تفننی بیرون برد و آن را به خط اصلی تولید فناوری تبدیل کرد.
آن دو نام مایکروسافت / Micro-Soft یعنی یک کمپانی‌ای که برای رایانه‌های کوچک نرم‌افزار تولید می‌کند، را روی برند خود گذاشتند.
اولین نسخه نرم‌افزاری که ساختند، مبتنی بر برنامه‌نویسی بیسیک بود و بعداً برای رایانه‌های آی بی ام در 1980 سیستم‌عامل ساختند و در سال 1981 آن را رونمایی کردند.
درگذشت مؤسس مایکروسافت در ۶۵ سالگی و واکنش بیل گیتس
نام آن را Microsoft Disk Operating System یا ام اس داس گذاشتند که ویندوز را بعداً از روی آن ساختند و موس و کلیک و گرافیک روی مانیتور را نیز به آن افزودند. سپس ورد و اسپرید شیتس و پاروپوینت و ... را به‌عنوان بسته آفیس راهی بازار کردند.
بعدها ساتیا نادلا، مدیر فعلی مایکروسافت در اظهاراتی گفت: پل آلن دنیا را تغییر داد.
پل آلن و بیل گیتس از بچگی و از زمانی که هر دو باهم به مدرسه خصوصی لیک ساید می‌رفتند، باهم بودند. پل با کسب 1600 امتیاز به دانشگاه ایالتی واشنگتن رفت و دو سال بعد مجبور شد تا به‌عنوان برنامه‌نویس برای Honeywell به بوستون برود، نزدیک جایی که بیل گیتس در آنجا درس می‌خواند.(دانشگاه هاروارد)
وقتی روی جلو مجله Popular Electronics عکسی از میکروکامپیوتر نقش‌بست، آلن بیل را متقاعد کرد تا هاروارد را رها کرده و به آلبوکرک، جایی که استارتاپ MITS بود، بروند. آن‌ها در آلبوکرک با ماشینی بدون سیستم‌عامل مواجه شدند و قول دادند که برای آن سیستم‌عامل بسازند.
آنچه آن‌ها ساختند، Microsoft basic نامیده شد و هرچند هر دو سخت‌کوش بودند، اما بیل گیتس سخت‌کوش‌تر بوده و شروعی بی‌نظیر داشت؛ درحالی‌که آلن نقش مذاکره‌کننده را در تجارت جدید خود داشت.
آن‌ها مایکروسافت را از نیومکزیکو به سیاتل بردند. در اوایل 1980 بود که آلن از وظایف روزمره خود در مایکروسافت دور شد که بخشی از آن به دلیل داشتن روابط نه‌چندان خوب با بیل گیتس بود اما تا سال 2000 در هیئت‌مدیره باقی ماند اما وقتی فهمید اسیر سرطان غدد لنفاوی شده، کمپانی را رها کرد.
در همین زمان بود که تنش با بیل گیتس و همچنین استیو بالمر، معاون بیل زیاد شد و درنهایت بالمر مدیر اجرایی مایکروسافت شد و اختلافات میان آلن و بیل بیشتر از قبل شد. آلن در خاطرات خود در سال 2011 از نقش بالمر در کاهش سهامش در مایکروسافت جملات شکایت‌آمیزی گفت.
بیل گیتس دوشنبه‌شب در اظهاراتی رسمی گفت: چه زمانی که باهم به مدرسه لیک ساید می‌رفتیم تا زمانی که باهم در مایکروسافت شریک شدیم؛ همواره پروژه‌های مشترک زیادی انجام دادیم و پل یک شریک درست و دوشت داشتنی بود و فناوری‌های نرم‌افزاری مرتبط با رایانه‌های شخصی بدون او به وجود نمی‌آمد.
به نوشته بلومبرگ ثروت او به 26.1 میلیارد دلار رسید که بعداً 2 میلیارد دلار آن را به سازمان‌ها و نهادهای علمی، آی تی و آموزشی بخشید. انستیتو تحقیقاتی علوم مغز در سال 2003 و انستیتو هوش مصنوعی را در سال 2014 بنا نهاد.
