طبق اعلام مرکز کنترل و پیشگیری از امراض آمریکا واکنش بدن به مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها، علت یک پنجم از مراجعات بیماران به اورژانس است. از دیگر عوارض جانبی مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
مشکلات گوارشی: از شایع‌ترین عوارض ناشی از مصرف آنتی بیوتیک‌ها می‌توان به مشکلات گوارشی از جمله سوء هاضمه، حالت تهوع، اسهال و استفراغ، نفخ معده و کم اشتهایی اشاره کرد.
عفونت‌های قارچی: تاثیر آنتی‌بیوتیک‌ها در از بین بردن باکتری‌های مضر است. هرچند، در برخی مواقع با مصرف آنتی بیوتیک‌ها باکتری‌های خوب که بدن را در برابر عفونت‌های قارچی حفظ می‌کنند، از بین می‌روند.
تداخل دارویی: مصرف همزمان برخی از دارو‌ها با آنتی‌بیوتیک‌ها تداخل دارند. از جمله این دارو‌ها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: دارو‌های رقیق کننده خون، آنتی هیستامین‌ها، آنتی اسیدها، مولتی ویتامین‌ها و برخی از مکمل‌ها، دارو‌های غیر استروئیدی ضد التهابی، دارو‌های پسوریازیس و دارو‌های دیابت.
حساسیت به نور: به افراد توصیه می‌شود در زمان مصرف آنتی بیوتیک‌هایی که پوست را در برابر نور حساس می‌کنند، از کرم‌های ضد آفتاب استفاده کنند.
تغییر رنگ دندان‌ها: بررسی‌ها نشان می‌دهد سه تا شش درصد از افرادی که از تتراسایکلین مصرف می‌کنند با عارضه تیرگی رنگ دندان‌ها مواجه می‌شوند. این مشکل در افراد بزرگسال غیر قابل بازگشت است، زیرا دندان‌های آن‌ها مجدد رشد نخواهد داشت.
