صندوق نوآوری و شکوفایی 7 مدل خدمات را به شرکت‌های دانش‌بنیان ارائه می‌دهد. این خدمات شامل سرمایه‌گذاری، تسهیلات، توسعه بازار، کمک، توانمندسازی، ضمانت‌نامه و سایر خدمات است.
خدمات صندوق نوآوری و شکوفایی در 4 مرحله به شرکت‌های دانش بنیان ارائه می‌شود.
در مرحله اول فرایند دانش‌بنیان شدن است به این صورت که شرکت‌های متقاضی باید در سایت دانش‌بنیان ثبت‌نام کنند تا از سوی کارگروه ارزیابی شود، سپس شرکت‌ها و مؤسسات تائید شده به صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی می‌شود و صاحبان ایده ابتدا باید شرکت خصوصی یا تعاونی ثبت کنند.
فرایند پذیرش به این صورت است که اطلاعات شرکت دانش‌بنیان از سامانه معاونت معاونت علمی به پایگاه داده صندوق نوآوری و شکوفایی وارد شده و طرح شرکت به صندوق ارائه می‌شود.
پس از اخذ مشاوره از میز پذیرش و تکمیل فرم صفر درخواست شرکت با نظر مشورتی میز پذیرش تطبیق داده شده و طرح به معاونت مرتبط ارجاع می‌شود.
در مرحله سوم فرایند ارزیابی صورت می‌گیرد. به این صورت که کاربرگ اطلاعات تفصیلی طرح به متقاضی ارائه شده و اطلاعات فنی و اقتصادی دریافت می‌شود، سپس طرح از سوی کارشناسان ارزیاب یا کارگزاران ارزیابی شده و گزارش ارزیابی فنی و اقتصادی طرح تهیه می‌شود.سپس گزارش ارزیابی در مراجع تصویب و تصمیم‌گیری نهایی درباره تسهیلات صورت گرفته و مصوبه اعتباری طرح ابلاغ می‌شود.
در مرحله چهارم فرایند نظارت صورت می‌گیرد به این صورت که پیوست‌های نظارتی و عقد قرارداد با شرکت‌های دانش‌بنیان دارای طرح مصوب تکمیل می‌شود و پیشرفت طرح بر اساس پیوست‌های نظارتی و صدور دستور پرداخت متناسب با پیشرفت کار پایش و انجام می‌شود.
در پایان نیز گزارش اختتام فنی طرح تائید شده و دوره تنفس برای بازپرداخت آغاز می‌شود.
