براساس این گزارش دی ماه سال 91 بود که موضوع تحقیق و تفحص از سازمان تأمین اجتماعی مشتمل بر بازه زمانی ریاست مرتضوی بر این سازمان، در دستور کار مجلس شورای اسلامی قرار گرفت تا اینکه آذرماه سال 92، کمیته تحقیق و تفحص از سازمان تأمین اجتماعی، گزارش خود را در صحن علنی مجلس قرائت کرد.
21 دی ماه سال 92 دادستانی تهران در اطلاعیه‌ای از رسیدگی به گزارش تحقیق و تفحص مجلس شورای اسلامی از سازمان تأمین اجتماعی در دادسرای کارکنان دولت خبر داده بود.
پس از گذشت یک سال از ارجاع این پرونده به دادستانی تهران، 24 دی ماه سال 93 بود که عباس جعفری دولت‌آبادی دادستان عمومی و انقلاب تهران از صدور کیفرخواست در بخشی از پرونده تأمین اجتماعی و ارسال آن به دادگاه کیفری استان خبر داد.
این پرونده شامل 3 بخش (تأمین اجتماعی، شکایت اولیاء دم روح‌الامینی، یکی از فوت‌شدگان حادثه بازداشتگاه کهریزک و بخشی از رأی نقض‌شده پرونده قضات کهریزک در دیوان عالی کشور) بود که برای رسیدگی به شعبه نهم دادگاه کیفری یک استان تهران به‌ریاست قاضی کشکولی ارجاع شد.
در نهایت پس از برگزاری 7 جلسه رسیدگی، قاضی کشکولی در مردادماه سال 94 به این پرونده پایان داد و شعبه نهم دادگاه کیفری یک استان تهران، مرتضوی را در ارتباط با شکایت اولیاء دم مرحوم روح‌الامینی به‌اتهام معاونت در قتل عمد و آن بخش از حکم پرونده قضات کهریزک که نقض شده بود، تبرئه کرد. اما دادگاه در ارتباط با پرونده تأمین اجتماعی، مرتضوی را به 6 ماه حبس تعزیری، 6 ماه حبس تعلیقی و رد مال به‌مبلغ 46 میلیون تومان محکوم کرد.
مرتضوی 18 مهرماه 94 به حکم شعبه نهم دادگاه کیفری یک استان تهران اعتراض کرد و پرونده که علاوه بر اعتراض مرتضوی، اعتراض تأمین اجتماعی و اولیاء دم روح‌الامینی را به‌همراه داشت، برای رسیدگی در مرحله تجدیدنظر به شعبه 17 دیوان عالی کشور ارجاع شد، اما 21 اردیبهشت ماه سال 95، محسن افتخاری گفت که دیوان عالی کشور پرونده را در صلاحیت دادگاه تجدیدنظر استان می داند.
اکنون بیشتر از یک سال است که بخش نخست پرونده مرتضوی به شعبه 22 تجدیدنظر استان تهران ارجاع شده، اما هنوز به سرانجام و صدور رأی نهایی نرسیده است.
مرتضوی با شکایت مجدد، سازمان تامین اجتماعی و اولیای دم روح الامینی امروز و فردا در دادگاه حاضر می شود.
