مواد شیمیایی موجود در دود سیگار و قلیان ممکن است با داروهایی از دسته اعصاب وروان ، ضد افسردگی ها، آرام بخش ها، ضدبارداری های خوراکی، کورتیکوستروئیدهای استنشاقی و بتابلوکرها تداخل ایجاد نمایند. و به طور کلی می توان گفت از آن جا که استعمال دخانیات فعالیت آنزیمهای کبدی را افزایش می دهد می تواند باعث کاهش اثربخشی این داروها گردد.
استفاده از دخانیات اثر برخی از داروهای اعصاب و روان را کاهش می دهد و در دسته داروهای ضدافسردگی باعث تضعیف اثربخشی و یا بی اثر شدن برخی داروهای این دسته می شود.
از سوی دیگر مصرف سیگار و قلیان موجب افزایش آثار جانبی داروهای ضدبارداری ترکیبی، به ویژ عوارضی همچون شکل گیری لخته خون در ورید، سکته مغزی و قلبی می گردد. از این رو مصرف داروهای ضدبارداری ترکیبی در زنانی که در رده سنی معین بوده و استعمال سیگار در آن ها بیش از سقف مجاز می باشد ممنوع است.
تاثیر داروهای مورد استفاده در حملات آسم مانند کورتیکوستروئیدهای استنشاقی با مصرف دخانیات کاهش می یابد لذا برای کنترل حملات آسم باید دوز دارو توسط پزشک تنظیم شود.
همچنین استعمال دخانیات تاثیر داروهای اختلالات قلبی – بتابلوکرها را که فشار خون و ریتم قلبی را تنظیم می کند کاهش می دهد.
خانواده ها می توانند نقش موثری در پیشگیری از مصرف دخانیات در فرزندان داشته باشد. هم چنین در هنگام مصرف دارو باید پزشک معالج را از این امر مطلع نمود تا انتخاب دارو و تنظیم یا تغییر دوز دارو با آگاهی صورت گیرد.