هنگامی که محمد حنیف نژاد؛ سعید محسن و علی‌اصغر بدیع‌زادگان شاکله سازمان مجاهدین خلق را در سال 1344 بنا نهادند شاید گمان نمی بردند که در سال 1354 سازمانی که آنها خشتش را گذاشتند با انتشار بیانیه ای رسما ایدئولوژی اصلی سازمان را به مارکسیستی تغییر دهد. آنچه مشخص است موسسین سازمان در شکل‌گیری آن متاثر از آیت الله طالقانی و مسجد هدایت بودند و ارتباطاتی نیز با مهندس بازرگان داشته‌اند و به قولی باید سازمان را منشعب از شاخه دانشجویی جبهه ملی دوم و نهضت آزادی دانست که با نگاهی انتقادی به عملکرد نهضت مسیر دیگری را انتخاب کردند.
پیش از نخستین عملیات نظامی سازمان که برای مراسم جشن‌های 2500 ساله شاهنشاهی تنظیم شده بود اکثر رهبران و اعضای سازمان در شهریور سال 1350 دستگیر شدند. در این میان تمامی اعضای کمیته مرکزی سازمان به جز مسعود رجوی اعدام شدند. این وضعیت عملاً سرآغاز دوره دوم فعالیت سازمان مجاهدین خلق یعنی بازسازی و تغییر ایدئولوژی آن در خلال سالهای 1354-1350 بود.
با مارکسیست شدن بسیاری از اعضای باقیمانده و تصفیه نیروهای مذهبی، مرکزیت سازمان مجاهدین خلق در بیانیه‌ای در سال 1354 با اعلام ناامیدی خود از ترکیب مارکسیسم و اسلام، «اعلامیه تغییر ایدئولوژی» سازمان را منتشر کردند و مارکسیسم را تنها فلسفه واقعی انقلاب دانستند. در بیانیه اعلام تغییر ایدئولوژی سازمان آمده بود «در آغاز گمان می‌کردیم می‌توانیم مارکسیسم و اسلام را ترکیب دهیم و فلسفه جبر تاریخ را بدون ماتریالیسم و دیالکتیک بپذیریم. اینک دریافتیم که چنین پنداری نا ممکن است... ما مارکسیسم را انتخاب کردیم زیرا راه درست و واقعی برای رها ساختن طیقه کارگر زیر سلطه است»
همراه با اعلامیه تغییر مواضع ایدئولوژیک سال 1354، مجاهدینِ مارکسیست با حفظ آرم سازمان و تغییر علائم و نشان گذشته، حذف آیات قرآن و تاریخ پیدایش سازمان و نیز افزودن مشت گره خورده به نشانه وابستگی به طبقه کارگر آرم جدیدی را برای خود تهیه کردند . با این تغییر ایدئولوژی عملاً گرایش‌های تروریستی سازمان تحت‌تأثیر اندیشه‌های مارکسیستی تقویت شد و به بیش از 40 مورد عملیاتهای نظامی تا 1357 منجر شد. این تغییر مواضع، شکاف عمیقی را میان نیروهای سازمان ایجاد کرد و به گسترش تصفیه درونی و ترور برخی اعضای مذهبی سازمان همچون مجید شریف واقفی، لبافی‌نژاد و مرتضی صمدیه لباف به دست مارکسیست‌های حاکم بر سازمان انجامید.
بنیانگذاران سازمان مجاهدین خلق به حقانیت اسلام و شیعه اذعان داشته اند و سازمان خود را را یک سازمان اسلامی و اعضای خود را به تعبیر قرآن، حزب‌الله می‌نامیدند؛ اما برداشت‌های غلط و التقاطی از دین سبب انحرافاتی در حرکت سازمان شد که هر چه از تولد سازمان می‌گذشت آن را نمایان‌تر و خطرناک‌تر می‌کرد. نگاه تیزبین حضرت امام در سالهای دهه چهل و پنجاه آن انحرافات را تشخیص داده بود وعلی رغم اصرار بسیاری از انقلابیون و چهره های حتی روحانی و دینی(حسینعلی منتظری و اکبر هاشمی رفسنجانی) مبنی بر حمایت و تایید سازمان از سوی ایشان، هیچ وقت این اتفاق عملی نشد.
هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود ضمن اشاره به ارتباطاتش با سازمان مجاهدین خلق قبل از اعلام رسمی تغییر ایدئولوژی به نظر حضرت امام در مورد سازمان اشاره می‌کند که «در ماه‌های اول مواجه شدیم با این که از نجف، امام اینها را تایید نمی‌کند. شاید اوایل سال 52 بود... آقای محمدعلی رجایی رابط من بود با اینها. ایشان خبر آورد که در نجف امام وقتی کتاب‌های اینها را خوانده‌اند به رابطشان فرموده است اینهایی که در این کتاب‌ها است، حرف‌های دکتر تقی ارانی است. دکتر تقی ارانی یکی از ایدئولوگ‌های معروف حزب توده بود که هرچه مطلب فلسفی کمونیست‌ها در ایران دارند -تا مدتی قبل لااقل- بهترینش مال دکتر تقی ارانی است.. امام فرموده بودند اینها که حرف‌های دکتر تقی ارانی است. پس شما مسلمان‌ها چه دارید؟»
حضرت امام نیز سالها بعد به این سفارشات و درخواست‌ها اشاره کرده اند که « بعد هم که آقایان آمدند، از ایران هم براى آنها اشخاصى سفارش کرده بودند که اینها را تایید کنید، اینها مردمِ کذایى هستند، فلان. مع‌ذلک من باور نکردم. حتى از آقایان خیلى محترم تهران سفارش کرده بودند که اینها مردمِ چطور هستند و من باورم نیامده بود. اینهایى که این‌قدر از قرآن و از نهج‌البلاغه و از دیانت زیاد دم مى‌زنند و بعد فقرات قرآن را یک‌جور دیگرى غیر از آنچه باید معنا مى‌کنند و فقرات نهج‌البلاغه را یک‌جورى دیگر غیر از آنچه که باید معنا مى‌کنند، اینها را نمى‌توانیم ما خیلى رویشان اطمینان داشته باشیم.»
تراب حق شناس از اعضای سازمان نسبت به وضعیت ایدئولوژی سازمان و ارتبطاتشان با روحانیت در سالهای 50 تا 54 می گوید:« قبل از شهریور ۱۳۵۰ یعنی پیش از آن که تعداد قابل توجهی از اعضای سازمان ما (در آن زمان مجاهدین خلق) و تقریبا اکثر اعضای رهبری آن به اسارت پلیس شاه خائن بیفتند با برخی از روحانیون که به طور نسبی اندیشه مبارزاتی داشتند و برداشت‌های مترقیانه‌ای را از اسلام ارائه می‌دادند تماس داشتیم و از آنها به منظور «دستیابی به مفاهیم قرآن و نهج‌البلاغه» کمک می‌گرفتیم؛ ولی باید بگویم که در همان زمان ما به این نتیجه رسیده بودیم که به هیچ وجه نمی‌توانیم از آنان انتظار داشته باشیم که به اصطلاح آن روزِ خودمان «تدوین ایدئولوژی انقلابی اسلام» را برای ما به عهده بگیرند. گرایش ما به قبول برخی از اصول مارکسیسم، نقطه افتراق ما و آنان را تشکیل می‌داد.
موضع طبقاتی ما و گرایش ما به سمت حل تضادهای درون جامعه به نفع زحمتکشان (هرچند این گرایش و سمت‌گیری جنبه کاملا علمی نداشت، بلکه شدیدا به ایده‌آلیسم آغشته بود) ما را بر آن می‌داشت تا آنجا پیش رویم که از مبارزه پیگیر علیه امپریالیسم و لغو استثمار سخن بگوییم و ماتریالیسم تاریخی را در تحلیل‌هایمان مبنا قرار دهیم.»
هاشمی رفسنجانی در کتاب «انقلاب یا بعثت جدید» که در دی ماه 60 منتشر شده در بیان خاطرات خود از هم بند بودن با اعضای سازمان به نقل مناظرات و مباحثات اعتقادی مذهبی‌ها و اعضای سازمان می‌پردازد که مجاهدین ایدئولژی خود را این چنین عنوان می کردند که « ما در تحلیل زمینه‌های مبارزه به این نتیجه رسیدیم که در دنیای امروز علم مبارزه مارکسیسم است. بدون این علم مبارزه محال است که هیچ نهضتی و انقلابی پیروز شود. بنابراین ما باید مجهز به علم مبارزه باشیم که مارکسیسم است و از آن طرف در جامعه خودمان مطالعه کردیم، جامعه ما اسلامی است و در جامعه ایران بدون اتکا بر اسلام نمی‌شود مبارزه کرد و مبارزه جان نمی‌گیرد.
بنابراین ما باید پلی بزنیم بین مارکسیسم و اسلام که هم جامعه خودمان را داشته باشیم و هم مارکسیسم جهانی را. هم با علم مبارزه مسلح باشیم و مارکسیسم، هم زمینه اجتماعی که در آنجا باید رشد کنیم که مذهب و جامعه اسلامی است. بنابراین ترکیبی از مارکسیسم و مذهب یا تحلیل مذهب به طوری که با مارکسیسم منافات نداشته باشد می‌تواند این مشکل را حل کند و بعد برادران نشسته‌اند و فکر کرده‌اند و زحمت کشیده‌اند و سالها کار کرده‌اند تا ایدئولوژی سازمان را تدوین کرده‌اند و آن ایدئولوژی این خاصیت را دارد که ما می‌توانیم جمع بین مارکسیسم و اسلام بکنیم.»
لطف الله میثمی از اعضای رده بالای سازمان در کتاب خاطرات خودش نقل کرده است که مسعود احمدزاده از بنیانگذاران و رهبران سازمان مارکسیست چریک های فدایی خلق، پس از آنکه مواضع سازمان مجاهدین خلق را در زندان و از زبان خودشان شنید، خطاب به مهدی ابریشمچی گفت: «شما یک پوسته ایده آلیستی (تعبیر مارکسیستی برای مذهب) دارید و مثل جوجه که رشد می‌کند و پوسته تخم مرغ را می شکند، این پوسته ایده آلیستی در حال شکستن است و بزودی هسته ماتریالیستی آن بیرون می‌زند و نمایان می‌شود.»
اگر این فرض را قبول بکنیم که در سازمان مجاهدین عناصر مذهبی و علاقمند به دین حضور داشته‌اند ولی این امر مشخص است که مسیری که برای حرکت سازمان انتخاب شده بود مسیر امن و مطمئنی نبود که سبب شد در فاصله‌ی چند سال از تاسیس سازمان گذشته؛ رسما تغییر ایدئولوژی خود را اعلام کند. افرادی از جمله مهندس بازرگان، که از نزدیک با این جریان آشنا بود، ایدئولوژی این سازمان را ترکیبی از مارکسیسم و اسلام می‌دانست ولی تراب حق‌شناس و حسین روحانی، دو تن از فعالان سازمان، در خصوص ایدئولوژی حزب می‌گویند: «منظور اصلی ما ترکیب ارزش‌های والای مذهب اسلام با اندیشه‌ی علمی مارکسیسم است، ما معتقدیم که اسلام راستین با تئوری‌های تحول اجتماعی، جبر تاریخ و نبرد طبقاتی سازگاری دارد.»
در واقع باید گفت ایدئولوژی سازمان اگر چه در سال 1354 با بیانیه تقی شهرام و بهرام آرام رسما مارکسیستی شد، ولی در سالهای قبل از آن هم اگر چه رنگی از قرآن و نهج البلاغه داشت در واقع التقاطی از اسلام و مارکسیست بود. حضرت امام در یکی از سخنرانی های خود در سالهای اول پیروزی انقلاب به نقد فکر و رفتار سازمان می پردازند : «مى‌گویند مسلمیم، لکن نه توحیدشان توحید اسلامى است و نه بعثتشان بعثت اسلامى است و نه نبوتشان نبوت اسلامى است و نه امامتشان و نه معادشان. همه‌اش برخلاف اسلام است. نه این که این حال تازه [باشد]؛ یعنى 10 سال، 15 سال است پیدا شده اند. در وقتى که اوایل شاید حوزه علمیه قم بود، بعضى از همین سنخ آدم‌ها که معمم هم بودند، یک روزى آمدند بعضی‌شان پیش من و گفتند که ما این طور فهمیدیم که معاد همین عالم است، جزا هم همین عالم است.
این آدم‌ها بودند. از سابق هم بودند. حالا زیاد شدند. من نجف که بودم، یک آدمى آمد از طرف یک گروهى و بیشتر از 20 روز –بعضی‌ها مى‌گویند 24 روز- آنجا ماند. هر روز هم آمد پیش من. من یک ساعت یا بیشتر به او مهلت دادم صحبت کرد. تمام صحبتش هم از قرآن بود و نهج‌البلاغه. تمام صحبتش. من سوءظن به او پیدا کردم.. در خلال حرف‌هایش مى‌دیدم که روى اعوجاج دارد مسائل را، حرف‌هایى را مى‌زند. من هیچ حرف با او نزدم. فقط گوش کردم که بفهمم چه آدمى است فقط یک کلمه‌‌اى که او گفت که ما مى‌خواهیم قیام مسلحانه بکنیم، گفتم قیام مسلحانه حالا وقتش نیست، براى این که نیروى خودتان را از بین مى‌برید و کارى ازتان نمى‌آید.»
