بعد از انتشار خبر فوت امام خمینی، اعضای مجلس خبرگان رهبری که وظیفه انتخاب رهبر را دارند به تهران فراخوانده می‌شوند. در جلسه صبح وصیت‌نامه امام که به خبرگان امانت سپرده شده بود توسط آیت‌الله خامنه‌ای قرائت می‌شود و در جلسه عصر صحبت بر سر انتخاب یک نفر برای رهبری است.
** انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای در خرداد و تابستان 68
انتخاب رهبر آینده بعد از ارتحال امام باید براساس قانون اساسی توسط اعضای خبرگان صورت می‌گرفت. در قانون اساسی مصوب سال 1358، در اصل پنجم آمده بود "در زمان غیبت حضرت ولی عصر (عجّل الله تعالی فرجه)، در جمهوری اسلامی ایران ولایت امر و امامت امت برعهده فقیه عادل و باتقوی، آگاه به زمان، شجاع، مدیر و مدبر است، که اکثریت مردم او را به رهبری شناخته و پذیرفته باشند و در صورتی که هیچ فقیهی دارای چنین اکثریتی نباشد رهبر یا شورای رهبری مرکب از فقهای واجد شرایط بالا طبق اصل یکصد و هفتم عهده‌‌دار آن می‌گردد".
با این‌حال در بازنگری قانون اساسی در سال 68، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله مشکینی رئیس فقید مجلس خبرگان فرموده بودند "ما که نمی‌توانیم نظام اسلامی‌مان را بدون سرپرست رها کنیم. باید فردى را انتخاب کنیم که از حیثیت اسلامی‌مان در جهان سیاست و نیرنگ دفاع کند. من از ابتدا معتقد بودم و اصرار داشتم که شرط «مرجعیت» لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور کفایت می‌کند. اگر مردم به خبرگان رأى دادند تا مجتهد عادلى را براى رهبرى حکومتشان تعیین کنند، وقتى آنها هم فردى را تعیین کردند تا رهبرى را به‌عهده بگیرد، قهرى او مورد قبول مردم است."
لذا شرط مرجعیت در بازنگری برداشته شد و به «فقیه عادل و باتقوی» تغییر کرد.
بااین‌حال در زمان رحلت امام، قانون اساسی در حال بازنگری بود و انتخاب رهبر غیرمرجع، در جلسه تاریخی خبرگان موقتی بود. علت انتخاب مجتهد نیز این بود که امام در نامه به مرحوم مشکینی بر انتخاب مجتهد به‌جای مرجع تقلید نظر می‌دهد لذا انتخاب آیت‌الله خامنه ای در خرداد 68 موقتا بود تا قانون اساسی به تصویب برسد و در تابستان همان سال دوباره رای‌گیری انجام شد و ایشان به‌عنوان رهبر دائم نظام اسلامی انتخاب شدند.
** مسئله شورایی یا فردی بودن رهبر آینده
در جلسه 14 خرداد 68، با توجه به اینکه در قانون اساسی "شورای رهبری یا فردی" ذکر شده بود، ابتدا قبل از نام بردن از مصادیق درباره شکل رهبری بحث شد که شورایی باشد یا فردی. آیت‌الله فیض گیلانی بود که در جلسه تاریخی خبرگان حضور داشت در گفتگویی که چندی پیش با تسنیم داشته درباره جزئیات جلسه تاریخی خبرگان می‌گوید "آقای هاشمی شورای رهبری را مطرح کرد و موافق و مخالف صحبت کردند. بعد رأی گرفتیم و شورای رهبری رأی نیاورد چون باید نصف به‌علاوه یک به شورا رأی می‌دادند. قرار بود بعد از رأی آوردن رهبری شورایی، دنبال 3 یا 4 نفر برویم ولی چون شورا رأی نیاورد دیگر اسامی هم گفته نشد".
آیت‌الله سید علی اکبر قریشی نماینده آذربایجان غربی در خبرگان درباره نامزدهای رهبری شورایی در گفتگویی می‌گوید "آیت‌الله خامنه‌ای، آیت‌الله موسوی اردبیلی و آقای هاشمی رفسنجانی. بعد قرار شد شورا متشکل از پنج نفر باشد و به این جمع مرحوم آسید احمد خمینی و فرد دیگری که اسمش یادم نیست اضافه شود". آیت‌الله سید ابراهیم امینی عضو ارشد جامعه مدرسین هم درباره ترکیب شورایی گفته بود "آقایان خامنه‌ای، مشکینی، موسوی اردبیلی و هاشمی رفسنجانی و سید احمد خمینی و از آقایان محمد فاضل لنکرانی و جوادی آملی هم ذکری به‌میان آمد".
با رای‌گیری درباره شکل رهبری، شورایی بودن منتفی می‌شود و نوبت به انتخاب رهبری واحد رسید. از آنجا که در قانون اساسی شرط رهبری مرجعیت بود و امام خمینی نیز مرجع به‌شمار می‌رفت، در ذهن بسیاری از اشخاص این بود که رهبر آینده نیز حتماً مرجع است.
آیت‌الله فیض گیلانی در گفت‌وگو با تسنیم درباره اسامی مراجعی که در جلسه خبرگان نامشان به‌میان آمد به تسنیم چنین گفته بود "اسم آیت‌الله گلپایگانی به‌میان آمد. موافقان صحبت کردند اما مخالفی نداشت چون کسی حاضر نشد برود پشت میز و بگوید آقای گلپایگانی اشکال دارد و صلاح هم نبود. بعد به کفایت مذاکرات رأی گرفتیم و آقای گلپایگانی رأی نیاورد... بعد یک نفر نام آیت‌الله اراکی را مطرح کرد و راجع به آقای اراکی صحبت کرد و مخالفی هم نداشت که به کفایت مذاکرات رأی گرفتند و مرحوم اراکی هم رأی نیاورد".
هرچند مراجع آن زمان همچون آیات گلپایگانی، اراکی و آیت‌الله خویی از همراهان قدیمی نهضت امام به‌شمار می‌رفتند و از لحاظ طهارت نفس در بالاترین رتبه قرار داشتند اما بلاشک باید رهبری انتخاب می‌شد که از نظر جسمی نیز توان اداره کشور را داشته باشد چراکه هرکدام این افراد تا 1 الی 2 سال بعد از دنیا رفتند.
** نظر امام درباره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای چه بود؟
با منتفی شدن انتخاب رهبر مرجع تقلید، نظرها به‌سمت انتخاب مجتهد می‌رود. آیت‌الله سید جعفر کریمی که هم‌اکنون تنها وصی شرعی زنده امام است و عضو اولین مجلس خبرگان بوده است، در مصاحبه‌ای درباره انتخاب رهبری می‌گوید "بنده شخصاً معتقد به اجتماع تمام شرایط شرعی و قانونی ولایت‌امر و رهبری در آقا بودم چرا که مراتب علمی و اجتهاد مطلق ایشان برای من محرز بود. به عده‌ای از اعضای خبرگان که در اطراف من نشسته بودند اطلاع دادم اگر پیشنهاد رهبری شخص دیگری و یا شورای رهبری مطرح شد اشکالات خود را مستدل و منطقی بیان می‌کنم اما اگر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شود، از ایشان دفاع خواهم کرد. طرح شورایی که به جایی نرسید تا اینکه طرح ولایت امر آیت‌الله خامنه‌ای به هیئت رئیسه مجلس پیشنهاد شد و مرحوم هاشمی رفسنجانی این پیشنهاد را از تریبون مجلس اعلام کرد و بحمدالله رهبری ایشان با اکثریت قاطع به تصویب رسید".
علاوه بر اینکه در ذهن بسیاری به‌دلیل آمدن نام آیت‌الله خامنه‌ای در ترکیب شورایی، ایشان به‌عنوان رهبر مطرح بود اما بیان خاطره‌ای از امام توسط مرحوم هاشمی رفسنجانی بی‌تأثیر نبود. آیت‌الله فیض گیلانی این خاطره را چنین نقل می‌کند "بعد آقای هاشمی گفت آقای خامنه‌ای. به آقای هاشمی گفتند «شما که ایشان را پیشنهاد کردی چه‌دلیلی داری؟» آقای هاشمی هم آن خاطره معروف را از امام گفت. زمانی که آیت‌الله خامنه‌ای برای سفری به کره شمالی رفتند و در مجالس آن کشور سخنرانی کردند، ترتیبی هم داده شده بود که سخنرانی ایشان از رادیو و تلویزیون پخش شود و ما می‌دیدیم که مستمعین با علاقه خاصی به صحبت‌های ایشان گوش می‌دهند. امام بعد از دیدن این صحنه‌ها به حاج احمدآقا می‌گوید «این سید (آقای خامنه‌ای) برازنده رهبری است».
علاوه بر خاطره سفر رهبری به کره شمالی، مرحوم هاشمی روایتی هم از امام نقل می‌کند که در جلسه سران قوا، امام آیت‌الله خامنه‌ای را به رهبری تأیید کرده بودند.
** مخالف اساسی انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای!
با این‌حال انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای یک مخالف اساسی داشت و آن هم مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با رهبری خودشان بود، اقدامی که ناشی از تواضع ایشان است که نشان دادن صحنه‌هایی از این تواضع از برکات فیلمی بود که سال گذشته در خارج از کشور از جلسه مجلس خبرگان پخش شد. در این فیلم ایشان می‌گوید "اولاً باید خون گریست بر جامعه اسلامی که حتی احتمال کسی مثل بنده در آن مطرح شود... من حقیقتاً لایق این مقام نیستم".
البته مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با انتخاب خودشان پیشتر نیز در بیان برخی اعضای خبرگان آمده بود. آیت‌الله امینی در مصاحبه‌ای در این باره گفته بود "آقای خامنه‌ای که خود از طرفداران شورای رهبری بودند اجازه گرفتند که در مخالفت با رهبری خودشان و نه مخالفت با اصل انتخاب رهبر فردی صحبت کنند. ایشان پشت تریبون قرار گرفتند و مخالفت خود را اعلام کردند اما خبرگان قبول نکردند".
آیت‌الله مجتهد شبستری نماینده آذربایجان شرقی در خبرگان رهبری و از شاگردان امام راحل درباره اکراه رهبر انقلاب از پذیرش مسئولیت می‌گوید "خاطرم هست آقا پیش از رأی‌گیری پشت تریبون رفتند و فرمودند «من آمادگی ندارم و قبول نمی‌کنم» و کمی هم از اینکه برخلاف میل ایشان این چنین مسئولیت سنگینی را به دوششان قرار می‌دهیم ناراحت بودند".
بااین‌همه رهبر انقلاب خود نیز در سخنرانی در دیدار اقشار مختلف مردم درباره اکراه از پذیرش رهبری نظام چنین می‌گویند. "یک نکته را لازم است عرض کنم. از برادران و خواهران عزیز خواهش می‌کنم این مطلب را بدون احساسات گوش کنند. آن روزی که در مجلس خبرگان، بعد از رحلت امام رضوان‌اللَّه‌علیه ــ آن روزِ اوّل که بنده هم عضو مجلس خبرگان بودم ــ بحث کردند چه‌کسی را انتخاب کنیم و بالاخره اسم این بنده حقیر به‌میان آمد و اتّفاق کردند بر اینکه این موجود حقیر ضعیف را به این منصب خطیر انتخاب کنند، من مخالفت کردم.
مخالفت جدّی کردم. نه اینکه می‌خواستم تعارف کنم؛ نه. او خودش می‌داند که در آن لحظات در دل من چه می‌گذشت. رفتم آنجا ایستادم و گفتم «آقایان! صبر کنید، اجازه بدهید». اینها هم ضبط شده، موجود است، هم تصویرش هست، هم صدایش هست. شروع کردم به استدلال کردن که «مرا برای این مقام انتخاب نکنید». گفتم «نکنید»؛ هرچه اصرار کردم، قبول نکردند. هرچه من استدلال کردم، آقایان، مجتهدین و فضلایی که آنجا بودند، جواب دادند. من قاطع بودم که قبول نکنم ولی بعد دیدم چاره‌ای نیست. چرا چاره‌ای نیست؟ زیرا به‌گفته افرادی که من به آنها اطمینان دارم، این «واجب» در من «متعیّن» شده است، یعنی اگر من این بار را برندارم، این بار بر زمین خواهد ماند.
این‌جا بود که گفتم قبول می‌کنم. چرا؟ چون دیدم بار بر زمین می‌ماند. برای اینکه بار بر زمین نماند، آن را برداشتم. اگر کس دیگری آنجا بود، یا من می‌شناختم که ممکن بود این بار را بردارد و دیگران هم او را قبول می‌کردند، یقیناً من قبول نمی‌کردم. 23آذر1373"
رهبر معظم انقلاب در 12 تیرماه 68 در بیعت ائمه جمعه سراسر کشور با معظم‌له درباره حضور و عزمش در جایگاه رهبری چنین فرمودند "...اما حالا که این بار را روی دوش من گذاشتند، با قوت خواهم گرفت؛ آن‌چنان که خدای متعال به پیامبرانش توصیه فرمود: «خذها بقوة» برای این مسئولیت از خدا استمداد کردم و باز هم استمداد می‌کنم و هر لحظه و هر آن، در حال استمداد از پروردگار هستم، تا بتوانم این مسئولیت را در حد وسع خودم ــ که تکلیف هم بیش از وسع نیست ــ با قوت و قدرت و حفظ شأن والای این مقام، حفظ کنم و انجام بدهم. این تکلیف من است که امیدوارم ان شاء الله مشمول لطف و ترحم الهی و دعای ولی عصر(عج) و مؤمنین صالح باشم".
آیت‌الله خامنه‌ای در جلسه انتخاب مجلس خبرگان در 14 خرداد 68، با رای حدود شصت نفر از 74 عضو حاضر در خبرگان به رهبری انتخاب شدند و اکنون قریب 30 سال از آن روز می‌گذرد. روزی که به تعبیر مرحوم آیت‌الله باریک‌بین نماینده قزوین در مجلس خبرگان "برای ما ثابت شد که این رای ما آن روز اگر یک احتمال می‌دادیم که ایشان نتواند اداره کند، الحمدالله خوش درخشید و خوب عمل کرد و امروز هم بیدار و آگاه و هوشیار و شاجع است."
