در میان مشکلاتی که مالکین خودروهای دوگانه‌سوز با آن مواجه می‌شوند، بدون شک مهم‌ترین مسأله در درازمدت خرابی‌های مکانیکی است که برای موتور خودرو پیش می‌آید. این خرابی‌ها معمولاً به‌صورت دوره‌ای بروز می‌کنند و هزینه تعمیر و نگهداری موتور این خودروها را بالا می‌برند تا جایی که عملاً هزینه تعمیرات و نگهداری خودروها از سود ناشی از اختلاف قیمت گاز طبیعی با بنزین نیز پیشی می‌گیرد. در ادامه مهم‌ترین مشکلاتی که در خودروهای دوگانه‌سوز برای موتور رخ می‌دهد را مرور می‌کنیم:
سایش شدید سیت و سوپاپ
مهم‌ترین دلایل این خرابی را باید در سه عامل فشار و دمای زیاد احتراق، انتقال حرارت زیاد به سرسیلندر و در نهایت خشک بودن گاز دید که درمجموع منجر به آسیب‌های شدید به سوپاپ‌ها می‌شود که به دنبال آن عدم آب‌بندی مناسب موتور و کاهش توان رخ خواهد داد. خوشبختانه راه‌حل‌های رفع این مشکلات عموماً در دسترس هستند و به همین دلیل این مشکل به‌راحتی در خودروهای پایه گازسوز قابل رفع است. فشار و دمای زیاد احتراق گاز نسبت به بنزین را نمی‌توان کاهش داد، اما می‌توان با تقویت سرسیلندر خودرو از آسیب‌دیدگی این قطعه در جریان کارکرد موتور جلوگیری کرد.
برای این منظور راه‌حل پیشنهادی از سوی خودروسازان اضافه کردن عملیات حرارتی بر روی قطعه خام سرسیلندر است تا از این طریق سرسیلندر مستحکم‌تری حاصل شود. برای برطرف کردن مشکل انتقال حرارت زیاد به سرسیلندر، استفاده از جنس‌های سخت‌تر برای سیت پیشنهاد شده است. این راه‌حل هرچند عملی است، اما پیش از این کمتر در خودروهای تولید انبوه بنزینی مورد استفاده قرار گرفته است و به همین دلیل برای خودروسازان کمی ناآشنا است هرچند دستیابی به آن چندان دشوار نیست. درنهایت برای رفع مشکلات سوپاپ‌ها با گاز خشک، استفاده از سامانه هیدرولیکی محرک سوپاپ‌ها پیشنهاد شده است.
سوختن واشر سرسیلندر
این مسأله احتمالاً بزرگ‌ترین گلایه دارندگان خودروهای دوگانه‌سوز است. واشر سرسیلندر بخش واسط میان بلوک سیلندر و سرسیلندر است و وظیفه آب‌بندی این دو بخش را بر عهده دارد. واشر سرسیلندر همواره در معرض دمای بالای احتراق است و به دلیل نقش مهمی که بر عهده دارد هرگونه آسیب به آن در نهایت منجر به کاهش توان و خرابی موتور می‌شود و لزوم تعویض واشر سرسیلندر را به دنبال دارد. دلیل اصلی آسیب بیشتر به واشر سرسیلندر خودروهای دوگانه‌سوز نسبت به خودروهای بنزین‌سوز، در بخش حرارت بیشتر احتراق و انتقال این حرارت به سرسیلندر و واشر سرسیلندر است.
همان‌گونه که عنوان شد نمی‌توان دمای احتراق را کاهش داد، اما می‌توان از انتقال این حرارت به سر سیلندر جلوگیری کرد. برای این منظور، علاوه بر تقویت سرسیلندر آن‌گونه که پیشتر گفتیم، مقوله تقویت سیستم خنک‌کاری خودرو و ارتقای توان سیستم در دفع حرارت در سرسیلندر نیز مطرح می‌شود. برای این منظور باید مجاری آب در سرسیلندر به‌گونه‌ای طراحی شوند که بتوانند حرارت اضافه تولید شده را به‌خوبی جذب کنند تا مانع از گرم شدن سرسیلندر و در نتیجه سوختن واشر سرسیلندر شوند. این تغییر از نظر فنی نیز پیچیدگی خاصی ندارد و می‌توان به‌راحتی بر روی سرسیلندر خودروهای پایه گازسوز آن را اعمال کرد.
خوردگی سرسیلندر
در کنار سوپاپ‌ها، ساختار کلی سرسیلندر نیز در خودروهای دوگانه‌سوز دچار خوردگی می‌شود. علت اصلی این مسأله را باید در حرارت زیاد ناشی از احتراق و انتقال آن به سرسیلندر دید. برای این منظور، استفاده از ضدیخ با افزودنی‌های پایه آلی راه‌حلی است که از سوی خودروسازان پیشنهاد شده است.
