اگر چه شورای شهر تهران موظف بود بعد از ۱۰ روز از اعتراض فرمانداری به مصوبه طرح ترافیک سال ۹۷ ورود پیدا کند، اما محسن پورسید آقایی، معاون حمل و نقل و ترافیک شهردار مدعی بود که اعتراضات فرمانداری به برخی از بند‌های مصوبه، مغایرتی با قانون نداشته و فرمانداری بیشتر برای اصلاح سیاست ها، اعتراضاتی را مطرح کرده است.
در نهایت، در جلسه چهل و هشتم شورای شهر تهران، اعتراضات فرمانداری مورد بررسی اعضا قرار گرفت تا در نهایت تغییراتی در طرح ترافیک سال ۹۷ ایجاد شود.
یکی از پر ابهام‌ترین بند‌های به تصویب رسیده در شورای شهر تهران که فرمانداری نیز به آن اعتراضاتی را وارد دانسته بود، اخذ عوارض از خودرو‌هایی بود که با پلاک مغایر در یک روز قصد حضور در محدوده زوج و فرد را داشتند.
در پیشنهاد اولیه شهرداری آمده بود که اگر صاحب خودرو با پلاک زوج بخواهد در روز فرد در محدوده تردد کند می‌تواند با پرداخت عوارض، تردد خود را انجام دهد. فرمانداری نسبت به این موضوع اعتراضاتی را مطرح کرده بود.
اعضای حاضر در شورای شهر تهران پذیرفتند که موضوع اخذ عوارض تردد در محدوده زوج و فرد را به طور کلی منتفی کنند.
همچنین مقرر شد جانبازان ۲۵ درصد به بالا برای دریافت مجوز ورود به محدوده طرح ترافیک مبلغی را پرداخت نکنند.
یکی دیگر از مواردی که مورد اعتراض فرمانداری تهران بود، مبلغ تعیین شده برای اخذ عوارض از وانت بارها، آژانس‌ها و سرویس مدارس بود.
در پیشنهاد اولیه شهرداری تهران آمده بود که رانندگان این خودرو‌ها در صورتی که خواهان دریافت طرح ترافیک هستند می‌توانند طرح ترافیک سال ۹۷ را با تخفیف ۵۰ درصدی دریافت کنند. رقم دریافتی از رانندگان سرویس مدارس، وانت بارها و آژانس‌ها در سال جاری روزانه ۸۶۵ تومان برای ورود به محدوده طرح ترافیک است.
بعد از اعتراض فرمانداری به رقم دریافتی از رانندگان سرویس‌های مدارس، آژانس‌ها و وانت بارها، کمیسیون عمران و حمل و نقل شورای شهر پیشنهاد داد که یک دهم مبلغ کل از سوی رانندگان این خودرو‌ها اخذ شود، اما اعضا با این موضوع موافقت نکردند.
در پیشنهاد کمیسیون، کاهش مبالغ به یک دهم مبلغ به رای گذاشته شد، اما اعضا با این موضوع موافقت نکردند.
پس از بررسی در رابطه با کاهش عوارض خودرو‌های آژانس، سرویس مدارس و وانت بارها؛ موضوع دریافت عوارض برای ورود کامیون‌ها و سایر خودرو‌های سنگین مجاز به محدوده طرح ترافیک مورد بررسی قرار گرفت.
همچنین اخذ ۲ عوارض جهت ورود خودرو‌های سنگین نظیر بونکر‌های سیمان که در ساعاتی غیر از شب با مجوز وارد محدوده شهر می‌شوند در شورای شهر مطرح شد.
در طرح اولیه شورای شهر آمده بود که اگر یک خودرو سنگین با مجوز بخواهد وارد محدوده طرح شود، علاوه بر مجوز اولیه که بابت آن عوارض می‌پردازد، باید عوارض ورود به محدوده طرح ترافیک را نیز بپردازد.
اعضای شورای شهر با حذف عوارض دوم موافقت نکردند به همین خاطر در سال ۹۷، رانندگان خودرو‌های سنگین برای ورود به محدوده طرح ترافیک باید معادل ۲ عوارض پرداخت کنند.
ارائه طرح ترافیک ارزان به بیماران خاص و افراد دارای مشکلات حرکتی یکی دیگر از کاستی‌های طرح ابتدایی شهرداری تهران برای طرح ترافیک سال ۹۷ بود.
طرح ابتدایی پس از اعتراض فرمانداری تهران و بررسی در کمیسیون عمران و حمل و نقل شورای شهر مورد برخی اصلاحات قرار گرفت.
در نهایت مقرر شد بیماران خاص و افراد دارای مشکلات حرکتی بتوانند طرح ترافیک را با تخفیف ۹۰ درصدی دریافت کنند. علاوه بر بیماران خاص، خبرنگاران و عکاسان خبری نیز از جمله گروه‌های دیگری بودند که پس از بررسی طرح اولیه، بند مرتبط با مصوبه طرح ترافیک برای این قشر مورد تغییر قرار گرفت.
در شورای شهر تهران مصوب شد که این گروه بتوانند در سال ۹۷، با تخفیف ۹۰ درصدی طرح ترافیک دریافت کنند ضمن اینکه خبرنگاران فاقد خودرو و یا افرادی که نمی‌خواهند از سهمیه طرح خود استفاده کنند نیز مشمول دریافت کارت بلیت الکترونیکی رایگان شوند.
در صورتی که شورای شهر تهران اعتراضات فرمانداری به طرح ترافیک سال ۹۷ را برطرف نمی‌کرد، طرح به شورای حل اختلاف فرستاده می‌شد تا در این شورا جزئیات مورد بررسی قرار گیرد، اما با تغییرات اعمال شده، این طرح دیگر به شورای حل اختلاف کشیده نمی‌شود.
