حضرت معصومه(س) یک سال پس از سفر برادر بزرگوارشان امام رضا(ع)، از مدینه به سمت خراسان حرکت کردند، اما از آنجائیکه بنی‌عباس از نشر معارف اهل بیت توسط ایشان احساس خطر می‌نمود، به کاروان ایشان هجوم آورد، و حضرت معصومه(س) پس از تحمل بیماری و به گفته برخی بر اثر مسمومیت، در شهر قم وفات کردند و همانجا مدفون شدند.
در رابطه با سفر ایشان، حسن بن محمد بن حسن قمی می‌نویسد: «وقتی حضرت معصومه(س) و همراهان به شهر ساوه رسیدند، مأموران حکومت عباسی با آن ها درگیر شدند و عده‌ای از آن‌ها را به شهادت رساندند. حضرت معصومه(س) در همانجا بیمار شدند. از همراهان سوال کرد از اینجا تا قم چقدر فاصله است؟ به ایشان عرض شد: «ده فرسخ». حضرت فرمود: «مرا از اینجا به قم منتقل کنید!». اشتهاردی می‌نویسد: «پس از اینکه مأمورین حکومت عباسی در ساوه جلوی کاروان حضرت معصومه(س) را گرفتند حدود 23 نفر از آن ها کشته شدند، گروهی اسیر و گروهی نیز متواری گردیدند. نقل شده که حضرت معصومه را عمال بنی عباس در ساوه مسموم کردند. آن حضرت در حال بیماری قم را اختیار کرد چون قم مرکز شیعیان بود از این رو رهسپار قم شد».
حضرت معصومه(س) در 23 ربیع الاول سال 201 قمرى به شهر قم وارد شده و مورد استقبال عده زیادى از مردم مشتاق و شیفته اهل بیت(س) قرار گرفت. آن بزرگوار بعد از 17 روز اقامت در منزل موسى بن خزرج که به «بیت النور» شهرت یافت، در دهم ربیع الثانى سال 201 هجرى دیده از جهان فرو بسته و در «باغ بابلان» محل فعلى مزار آن حضرت دفن گردید.
شهر قم قبل از ورود حضرت معصومه(س) از آبادانى ظاهرى بى‌بهره بود و اهالى شیعى مذهب آن در اثر بى‌‌توجهى حاکمان مورد آزار و اذیت بودند، اما از لحاظ ایمان و اعتقاد مذهبى، این شهر بهترین فضاى معنوى را داشته و زمینه پذیرش اهل بیت پیامبر(ص) و یاران با وفاى آنان در این منطقه کاملا فراهم بود.
به همین جهت امامان معصوم(س) در مناسبت‌‌هاى مختلف، شهر قم و اهالى آن را مورد عنایت قرار داده و عبارات زیبایى را که حاکى از علاقه‌‌مندى آن بزرگواران به این خطه ایران بود، بیان مى‌‌کردند. حتى گاهى ائمه اطهار با فرستادن تحفه‌‌ها و هدایا اهل قم را مفتخر مى‌‌ساختند. از جمله مى‌‌توان به ابى جریر زکریا بن ادریس و زکریا بن آدم و عیسى بن عبدالله و چند نفر دیگر اشاره نمود که به افتخار اخذ هدایاى ارزشمندى همچون انگشترى و جامه و کفن از دست مبارک ائمه هدى(ع) نائل شدند.
