هاشمی رفسنجانی در سخنرانی سال 1362 در جمع فرماندهان و مسوولان دایره سیاسی و عقیدتی نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران درباره احتمال خیانت به انقلاب از سوی هر کس حتی روحانیون سرشناس بیان می دارد:
"... ما در روحانیت خودمان هم چنین اعتمادی نداریم. روحانیون سرشناس ما هم ممکن است چنین خیانتی بکنند که دیدید از این ها هست، تا چه رسد به اقشار دیگری که از مرکز این انقلاب فاصله دارند.
بنابر این یک چیز قابل قبولی برای ملت ماست که از هر جناحی از دانشگاهی و از اداری و از سیاسی از اقتصادی و از نظامی از هر جا عناصری باشند که با انقلاب سازگار نباشند..."[1]
هاشمی رفسنجانی همچنین روزگاری از رفتارهای منتظری و خوراک سازی او برای رسانه‌های خارجی و ضد انقلاب انتقاد می‌کرد، مسیری که امروز خودش در آن حرکت می‌کند.
هاشمی در مقدمه خاطرات سال 1365 خود در انتقاد از عملکرد آقای منتظری می‌نویسد:
"... ایشان (آقای منتظری) در اظهارات خودشان صریحا از دولت مجلس قوه قضائیه و جنگ انتقاد می‌نمودند و رسانه‌های داخلی و خارجی مواضع ایشان را بزرگنمایی می‌کردند. چیزی که با توجه به شرایط مورد رضایت شخص امام و مسوولان کشور نبود."
ایراد دیگری که هاشمی به آقای منتظری وارد می‌داند اعتماد بی‌حد و حصر منتظری به سید مهدی هاشمی است.
او در این باره می‌نویسد: "... سید مهدی هاشمی که سخت مورد اعتماد آقای منتظری بود اقدمات و اظهارات و مواضع غیر منطبق با مواضع نظام بروز می داد و مسوولان امنیتی و اطلاعاتی کشور آنها را مخالف امنیت نظام می‌دیدند و مشروح به اطلاع امام و سران نظام می‌رساندند.
او (مهدی هاشمی) در بیت آقای منتظری از طریق برادرش (سید هادی هاشمی) _ داماد ایشان _ نفوذ داشت و امام نظر مساعدی به وضع بیت ایشان و اطرافیان نداشتند و نگرانی خودشان را صریحا در جلسات ملاقات با سران قوا ابراز می‌داشتند و از ما می‌خواستند برای نجات نظام و شخص آقای منتظری اقدام کنیم و جلسات مکرر ما با ایشان در قم و تهران و مذاکرات مفصل و تکراری هم مشکل را حل نمی‌کرد...
