سازمان امنیت ملی دولت پیشین افغانستان در تیر ماه ۱۳۹۲ (ژوئن ۲۰۱۳) اعلام کرد که بر اساس اطلاعات موثقی که در اختیار دارد، ملا عمر در اردیبهشت همان سال، در یکی از بیمارستان‌های کراچی پاکستان بستری شده و به شکلی مرموزی مرده است؛ اما سخنگویان گروه طالبان این خبر را تکذیب کردند. آن‌ها تا سال ۲۰۱۵، با انتشار پیام‌هایی به نام ملا عمر در مناسبت‌های مختلف مانند اعیاد اسلامی، گزارش‌های پی‌درپی سازمان امنیت ملی افغانستان در مورد مرگ او را رد می‌کردند؛ اما سرانجام طالبان در مرداد ۱۳۹۴ تایید کرد که ملا عمر دو سال قبل مرده است.
شش سال پس از مرگ ملا عمر، طالبان تاریخ دقیق مرگ او را در مجله حقیقت که ارگان مطبوعاتی این گروه است، آشکار کرد. مجله حقیقت چهارم اردیبهشت ۱۳۹۸ در مطلبی که درباره زندگی ملا عمر نوشت، فاش کرد که او چهارم اردیبهشت ۱۳۹۲ از دنیا رفته است.
این یکشنبه، چهارم اردیبهشت ۱۴۰۱، پیروان ملا عمر که در نبود او بار دیگر بر افغانستان حکم می‌رانند، مراسم ویژه‌ای به مناسب نهمین سالگرد مرگ رهبر خود برگزار کردند. در این مراسم، ملا محمد یعقوب، فرزند ملا عمر و وزیر دفاع حکومت طالبان، و شماری دیگر از سران این گروه در مورد سوابق و زندگی ملا عمر صحبت کردند.
در این برنامه، سران طالبان از جمله ملا عبدالغنی برادر که از دوستان نزدیک ملا عمر بود، بر ادامه راه و مرام او تاکید کرد. با این حال، هیچ یک از سخنرانان به علت و مکان دقیق مرگ ملا عمر اشاره‌ای نکرد. در این میان، ملا یعقوب مجاهد ادعا کرد که پدرش بین سال‌های ۲۰۰۱ تا ۲۰۱۳ به مدت ۱۳ سال در استان زابل و در خانه فردی به نام ملاعبدالجبار زندگی می‌کرد مدعی شد که ملا عمر هیچ‌گاه از افغانستان خارج نشد و تا زمان مرگ در افغانستان بود.
ملا یعقوب گفت که پدرش در آن ۱۳ سال، فقط در دو خانه که از هم جدا بودند زندگی کرد اما مشخص نکرد که پدرش در کدام یک از این خانه‌ها و به چه دلیل فوت کرده است. او در حالی این ادعاها را در مورد زندگی و مرگ ملا عمر مطرح می‌کند که حتی محل دفن او هم مشخص نیست و پیش از این روایت‌های مختلفی از زندگی و مرگ ملا عمر منتشر شده است.
ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی گروه طالبان که از سخنرانان مراسم نهمین سالگرد مرگ ملا عمر بود، گفت که رهبر طالبان در اثر بیماری سل درگذشت.
با این حال، نخستین روایت از مرگ ملا عمر را اداره امنیت ملی دولت پیشین افغانستان دو ماه پس از مرگ او منتشر کرد. رحمت‌الله نبیل که اختر منصور را عامل مرگ ملا عمر می‌داند، معتقد است که مرگ ملا عمر در نتیجه تلاش اختر منصور برای تصاحب رهبری طالبان و با همکاری سازمان اطلاعات نظامی پاکستان اتفاق افتاد.
نبیل در این مورد نوشت: «اختر منصور با آنکه در تحریک طالبان در رده پنجم قرار داشت، به سازمان اطلاعات نظامی پاکستان به‌مراتب نزدیک‌تر و وفادارتر بود و به همین دلیل آی‌اس‌آی بعضی از سران طالبان چون ملا برادر، ملا عبیدالله، استاد یاسر و غیره را که در حد جانشینی ملا عمر بودند، به منظور هموار کردن مسیر برای اختر منصور و جایگزینی او با ملامحمد عمر، به طرق مختلف از سر راه برداشت.»
رئیس سابق امنیت ملی افغانستان افزود: «اختر منصور با استفاده از احکام، فرمان‌ها و پیام‌های جعلی به نام ملا عمر، افراد نزدیک به خود را در مکان‌های درآمدزا به ویژه در خط قاچاق مواد مخدر مستقر کرد و به کمک سازمان اطلاعات نظامی پاکستان، عملا سال‌ها قبل از مرگ ملا عمر، به رهبر مقتدر تحریک طالبان تبدیل شد.»
نبیل در مورد چگونگی افشای مرگ ملا عمر افزود: «مولوی عبدالرئوف خادم [فرمانده سابق طالبان] در سال ۲۰۱۵ در استان هلمند به طور علنی با داعش بیعت کرد. در این زمان، اختر منصور با انتشار یک پیام کتبی جعلی به نام ملاعمر از دارالفتاء طالبان تقاضا کرد فتوای قتل و مهدورالدم دانستن داعشی‌ها را صادر کند. اما اعضای دارالافتاء طالبان به این دلیل که داعش هم یک گروه اسلامی بود و کلمه مبارکه بر بیرقشان نقش بسته بود، درخواست کرد تا برای صدور فتوا، یا حضوری با ملاعمر ملاقات کنند یا دست‌کم پیام صوتی در این رابطه داشته باشند. این مسئله باعث شد برخی سران طالبان از جمله قیوم ذاکر که مترصد فرصت بودند، موضوع نقش آی‌اس‌آی پاکستان در کشته شدن چندین سال قبل ملاعمر را مطرح کنند که در نهایت طالبان را واداشت مرگ او را تایید کند.»
رئیس سابق امنیت ملی افغانستان تصریح کرد که ملا اختر منصور به دلیل نفوذ گسترده بر شبکه‌های کسب درآمد و نیز فرماندهان جنگی طالبان و به کمک سازمان اطلاعات نظامی پاکستان، به رهبری این گروه رسید. اختر منصور مه ۲۰۱۶، در ایالت بلوچستان پاکستان و در حمله هوایی نیروهای آمریکایی، کشته شد.
پس از کشته شدن اختر منصور، ملا هبت‌الله آخوندزاده رهبر طالبان شد اما از آنجا که تاکنون هیچ پیام تصویری از رهبر طالبان منتشر نشده، در مورد مرگ او نیز همواره گمانه‌زنی‌هایی وجود داشته است. در سال‌های ۲۰۲۰ و ۲۰۲۱، چندین گزارش از کشته شدن یا مرگ ملا هبت‌الله در اثر کرونا منتشر شد. بر اساس یکی از این گزارش‌ها، ملا هبت‌الله در انفجاری در کویته پاکستان کشته شده است. در آن انفجار که مرداد ۱۳۹۸ در مسجدی در شهر کویته پاکستان، رخ داد، حافظ احمدالله، برادر ملا هبت‌الله، رهبر طالبان، کشته شد.
طالبان همواره گزارش‌ها در مورد کشته شدن ملا هبت‌الله را رد کرده است. با این حال رحمت‌الله نبیل در یادداشتی که درباره مرگ ملا عمر منتشر کرد، نوشت اینکه طالبان سندی تصویری یا صوتی از ملا هبت‌الله منتشر نمی‌کند، نشان می‌دهد که احتمالا او نیز به سرنوشت ملا عمر دچار شده است.
