فرشید باقری با حضور در تیم صبای قم خود را به فوتبال ایران شناساند. او که زیر نظر علی دایی روزهای خوبی را در صبا پشت سر گذاشته بود در حالی از این تیم به استقلال پیوست که دایی در موردش گفته بود: "اگر الان بهترین هافبک ایران نباشد در سال‌های آینده بهترین هافبک دفاعی ایران می‌شود."
فرشید باقری که پرسپولیسی ها هم نسبت به جذب او کم تمایل نبودند، شروع چندان موفقی در استقلال نداشت اما با درخشش در هفته های پایانی فصل 96-95 در این تیم ماندنی شد. دومین فصل حضور او در استقلال همزمان با دوران شفر بود؛ دورانی که شاهد اوج گیری هافبک کرمانی استقلال بودیم. او با وجود این که پست اصلی اش هافبک دفاعی بود، در مقاطعی از دو لیگ شانزدهم و هفدهم گل های حساسی برای تیمش به ثمر رساند تا جای خود را در استقلال مستحکم کند.
فرشید باقری در هفته های پایانی لیگ هجدهم با مصدومیت شدید روبرو شد و در آن زمان شایعاتی مطرح شد که این بازیکن باید عمل جراحی کند اما او بدون عمل جراحی و با تمرینات تقویتی به تمرینات برگشت تا بازی‌های این تیم در لیگ نوزدهم را از دست ندهد. با این حال فرشید باقری در دقایق ابتدایی نیمه دوم بازی با فولاد مصدوم و از زمین بازی تعویض شد تا مشخص شود مصدومیت قدیمی این بازیکن دوباره او را اذیت می کند. همین مصدومیت باعث شد تا لیگ نوزدهم برای باقری آن گونه که باید خوب پشت سر گذاشته نشود.
در لیگ بیستم، شاهد حضور ثابت اما کوتاه مدت باقری در ترکیب آبی ها بودیم (او تنها در دو بازی فیکس بود). محمود فکری طی 10 هفته ابتدایی لیگ در 8 بازی به هافبک تیمش میدان داد. او بعد از بازی استقلال و پرسپولیس به کمیته انضباطی باشگاه معرفی شد و شاهد غیبت طولانی مدتش از ترکیب آبی ها بودیم تا اینکه محمود فکری در آخرین بازی که روی نیمکت استقلال حضور داشت، باقری را به ترکیب تیمش اضافه کرد؛ دیداری که با تساوی یک بر یک به پایان رسید و باقری تک گل استقلال را در آن به ثمر رساند.
بعد از قطع همکاری استقلال با محمود فکری و به روی کار آمدن فرهاد مجیدی، فرشید باقری در بازی با فولاد در دقیقه 88 به میدان آمد اما شاهد غیبت او در تمرینات پیش از بازی با ماشین سازی در هفته هجدهم بودیم تا به این ترتیب شایعات در خصوص جدایی این بازیکن قوت بگیرد تا اینکه فرهاد مجیدی هم هافبک تیمش را در لیست مازاد قرار داد.
باقری در نهایت روز چهارشنبه با حضور در باشگاه استقلال و صحبت با مددی قرارداد خود را به صورت توافقی فسخ کرد. او که به شدت از دست استقلالی ها شاکی بود پس از فسخ قرارداد خود گفت: "به نظرم این اتفاق باید خیلی زودتر از اینها می افتاد. خیلی وقت بود که نه من میتوانستم درست و حسابی به استقلال کمک کنم و نه استقلال به من. درست است که یک زنگ هم به من نزدند (بازیکنان استقلال) بعد از اینکه این اتفاقات افتاد اما برای همه آنها آرزوی موفقیت می کنم و برای استقلال هم امیدوارم اتفاقات خوبی بیفتد."
به این ترتیب داستان چهار و نیم ساله فرشید باقری در استقلال با دلخوری شدید این بازیکن به پایان رسید تا او در مسیری جدید قرار بگیرد. او که مدعی شده چند پیشنهاد خوب از تیم های لیگ برتری دارد، باید هر چه سریع تر تیم جدید خود را انتخاب کند. گفته می شود که گل گهر سیرجان جدی ترین مشتری هافبک سابق استقلال است و باید دید که آیا در نهایت باقری به تیم استان خود ملحق می شود یا تصمیم دیگری از سوی وی اتخاذ خواهد شد؟
