با شکست استقلال مقابل پدیده و دور شدن از جام قهرمانی، مدیران این باشگاه تصمیم به برکناری سرمربی آلمانی خود گرفتند و فرهاد مجیدی را به عنوان جانشین او انتخاب کردند.
با وجود اخراج شفر، اما نگاهی به کارنامه او در این فصل بخصوص در نیم فصل دوم، می‌توان دریافت که نتایج او هیچ وقت نشان دهندۀ یک تیم بحران زده و ناموفق را ندارد. نکته جالب توجه برتری شفر نسبت به برانکو در نیم فصل دوم است. قبل از دیدار آبی‌پوشان در مشهد مقابل پدیده شفر در 11 بازی در نیم فصل دوم 25 امتیاز کسب کرده بود در حالی که برانکو موفق به کسب 24 امتیاز شده بود. لازم به ذکر است در دوازدهمین مسابقه، تساوی پرسپولیس و شکست استقلال مقابل حریفانشان، عملکرد این دو تیم را در نیم فصل دوم با یکدیگر برابر کرد تا پیرمرد آلمانی یادگاری خوبی را برای هواداران خود به‌جا بگذارد و بعد از سال‌ها آن‌ها را بالاتر از رقیب سنتی‌شان قرار دهد.
