مدافع میانی پرسپولیس که از مدت‌ها قبل مورد توجه برانکو ایوانکوویچ قرار داشت، در نهایت در فصل هفدهم پیراهن این تیم را برتن کرد. سرمربی کروات سرخپوشان در اولین فصل استارت کارش با این در لیگ پانزدهم به دنبال جذب این مدافع میانی بود که البته با توجه به حضور شجاع در تراکتورسازی برای پشت سر گذاشتن دوران سربازی این اتفاق رخ نداد. شجاع در فصل بعدی نیز با توجه به قراردادش با سپاهان به اصفهان بازگشت تا پروسه حضورش در پرسپولیس به لیگ هفدهم کشانده شود.
شجاع خلیل زاده در لیگ هفدهم به ترکیب پرسپولیس بازگشت و توانست خلا حضور یک مدافع میانی که در لیگ شانزدهم برانکو ایوانکوویچ با بکارگیری محمد انصاری آن را برطرف کرده بود، را بپوشاند. حضور شجاع در این تیم و تشکیل زوج دفاعی در کنار سیدجلال حسینی بزرگترین پتانسیل برای تکرار عنوان برترین خط دفاعی را شکل داد.
مدافع شمالی پرسپولیس که اولین حضور رسمی خود در این تیم را با گلزنی در سوپرکاپ و جشن قهرمانی آغاز کرد، در پایان فصل نیز با قهرمانی لیگ برتر به کار خود خاتمه داد. شجاع که با قراردادی یکساله پیراهن شماره 3 پرسپولیس را از آن خود کرده، در اتفاقی قابل توجه و در شرایطی که تیم با مشکل محرومیت از پنجره نقل و انتقالات مواجه است قراردادش را بدون هیچ شرطی تمدید کرد تا سردمدار این اتفاق در تیم باشد. اتفاقی که با نزدیک شدن به روزهای پراسترس پایان فصل و اتمام قرارداد برخی چهره‌ها لزوم تکرار آن از سوی دیگر ستاره‌ها یکی از الزاماتی است که تا این لحظه بی پاسخ باقی مانده است. با این حال شجاع خلیل زاده که قادر بود از این فرصت برای رسیدن به منافع بیشتری سود ببرد، قرارداد خود را به همان شکل فصل گذشته تمدید کرد.
شجاع خلیل زاده در بازی پایانی مرحله گروهی یکی از بهترین نمایش‌های خود طی سال‌های اخیر را مقابل ژاوی و دیگر ستاره‌های السد به نمایش گذاشت. مدافعی که در روزهای ابتدایی حضورش در این تیم نیز با گلزنی برابر الاهلی عربستان زمینه ساز صعود تیم را شکل داده بود و در هر دو بازی رفت و برگشت مقابل نماینده عربستان نمایش موفقی داشت. مدعی برترین سرزن فوتبال ایران در جدال مقابل ژاوی بارها ستاره سابق بارسلونا را عصبی کرد تا او نتواند عملکرد همیشگی خود را اجرا کند.
با تمام این اما مدافع شمالی پرسپولیس باید در چند مورد نیز به اصلاح عملکرد خود بپردازد تا ضمن دستیابی به هدف بزرگ خود برای بازگشت به اردوگاه کی‌روش، در ترکیب پرسپولیس نیز شماره یک لقب گیرد. خلیل زاده گاها با تصمیمات عجولانه خود در عقب زمین و استفاده بیش از حد از پاس‌های بلند – در تیمی که اصرار به بازی روی زمین دارد- شکل تاکتیکی تیم را با بی‌نظمی مواجه می‌کند و دیگر خصوصیت منفی او را نیز می‌توان به اصرار و اعتمادبنفس‌اش برای دریبلینگ در مناطق پرخطر و عقب زمین اشاره کرد. مساله‌ای که در بین مدافعان مطرح فوتبال دنیا کمتر دیده می‌شود تا از ریسک برای خطر افتادن منافع تیم جلوگیری کنند.
خلیل زاده اما در ترکیب تیمی که با عملکرد دفاعی ضعیف خود قهرمانی در فصل پانزدهم را از دست داده بود، توانسته با زوج سیدجلال حسینی یکی از مستحکم‌ترین دیواره‌ی دفاعی فوتبال ایران را شکل دهد. مدافعی که در صورت تکرار عملکرد و ادامه روندی که در جدال با السد قطر از خود به جا گذاشت، می‌تواند به حضور در تیم ملی نیز امیدوار شود.
