مارکار آقاجانیان دستیار مورد اعتماد کارلوس کی روش در دوران حضور در فوتبال ایران بود. آقاجانیان اما بعد از اتفاقات تیم ملی در دربی از سوی کی روش مانند دیگر اعضای ایرانی کادرفنی کنار گذاشته شد در دیدارهای گذشته تیم ملی در اردو و مسابقات شاگردان کی روش حضور نداشت.
با این وجود اما با شروع لیگ مارکار به همراه اوسیانو کروز برای تماشای بازی های لیگ برتر در ورزشگاه حاضر شدند تا گمانه زنی ها درباره بازگشت او به تیم ملی قوت بگیرد.
بعد از جلسات متعدد کی روش با تاج و ساکت برای تشکیل تیم های B و C فوتبال ایران، مارکار آقاجانیان به عنوان محور تشکیل تیم B ایران برای بازیکنان در رده سنی 19 تا 23 سال معرفی شد. انتخابی که مطمئنا کارلوس کی روش در آن نقش پر رنگی داشته و بازگشت این مربی سابق تیم ملی در سمتی جدید در جریان برنامه های کارلوس کی روش نشان می دهد که برخی از هماکاران سابق کی روش رفته رفته در حال بازگشت به تیم ملی هستند. پیش از این آرین قاسمی مترجم کی روش و دن گاسپار نیز که از تیم ملی کنار گذاشته شده بودند، به کادرفنی تیم ملی اضافه شدند.
البته تکلیف مارکار آقاجانیان هنوز در کادرفنی تیم ملی مشخص نیست اما حضور او در تیم دوم ایران نشان می دهد سرمربی تیم ملی اختلافات با او را کنار گذاشته است.
