باشگاه نفت تهران به دلیل بدهی‌های مالیاتی با مشکلاتی مواجه است. مشکلاتی که شاید انحلال این باشگاه را هم به دنبال داشته باشد و سازمان امور مالیاتی کشور اعلام کرده تا زمان «ارائه مفاصا حساب مالیاتی» از سوی باشگاه نفت تهران، پروانه فعالیت این باشگاه تمدید نمی‌شود. این تذکر جدی به اداره کل ورزش و جوانان استان تهران، باشگاه نفت و فدراسیون فوتبال ارسال شده بود. هرچند مسئولان باشگاه نفت به این گزارش واکنش‌های جالبی نشان دادند و انحلال این باشگاه یا گرفته شدن سهمیه آسیایی‌شان را رد کرده و جدی نگرفتند.
با این حال سازمان لیگ فوتبال ایران در نامه‌ای که دوشنبه، 8 خردادماه به گلرخسار، مدیرعامل شرکت بهنام پیشرو کیش و مالک باشگاه نفت تهران ارسال کرده، تذکری جدی داده که در صورت عدم ارائه مستندات از جمله پروانه فعالیت حرفه‌ای سهمیه لیگ قهرمانان آسیا به این باشگاه تخصیص داده نمی‌شود. نفتی‌ها با این نامه سازمان لیگ که به امضای حیدر بهاروند، رئیس سازمان لیگ رسیده فقط یک هفته (تا 15 خردادماه) فرصت دارند که مستندات و الزامات قانونی خود را به سازمان لیگ ارائه کنند. در غیر این صورت ابتدا سهمیه آسیایی آنها حذف خواهد شد و به تیم دیگری داده می‌شود و پس از آن حتی احتمال انحلال این باشگاه نیز وجود دارد.
رونوشت این نامه به مهدی تاج، رئیس فدراسیون فوتبال، رضا گل‌محمدی، مدیرکل ورزش و جوانان استان تهران، عماد حسینی، رئیس هیئت امنا باشگاه نفت تهران و حسین آل‌اسحاق، بازرس قانونی این باشگاه ارسال شده است. بر این اساس شرکت نفت هم که سال گذشته امتیاز این باشگاه را به گلرخسار واگذار کرد و البته انتقال حقوقی هنوز صورت نگرفته، ملزم به بررسی این موضوع است تا از انحلال باشگاه نفت جلوگیری کند. در حال حاضر نفتی‌ها باید تلاش کنند با ارائه مفاصا حساب مالیاتی نسبت به تمدید پروانه فعالیت خود اقدام کند و پس از ارائه مستندات به سازمان لیگ، از عدم تخصیص سهمیه آسیایی به این باشگاه جلوگیری کند.
