باشگاه استقلال علاوه بر بدهی به بازیکنان خارجی، با مشکل دیگری نیز روبه‌رو شده که اگر اقدامی برای آنها صورت نگیرد، دچار مشکل خواهد شد. داستان از این قرار است که شماری از بازیکنان پیشین استقلال به دلیل دریافت نشدن مطالبات گذشته به کمیته انضباطی شکایت کرده و برگه‌ای در اختیار دارند که بر اساس آن، باشگاه استقلال باید بدهی آنها را پرداخت کند.
محموع بدهی‌های باشگاه استقلال به بازیکنانی که از کمیته انضباطی حکم گرفته‌اند، حدود 3 میلیارد و 700 میلیون تومان است. این در شرایطی است که باشگاه به بازیکنان خارجی نیز 4 میلیارد تومان بدهی دارد.
نکته قابل توجه، قراردادهایی است که مسئولان نقل‌وانتقالات استقلال با بازیکنان بسته‌اند. به عنوان مثال، مجید غلام‌نژاد نیم فصل‌دوم 93-92 از سایپا به استقلال پیوست و قراردادی 400 میلیونی برای نیم فصل و برای فصل آینده 600 میلیونی بست. این بازیکن با انجام چند بازی پس از پایان نیم فصل از استقلال کنار گذاشته شد.
نمونه بعدی، احمد جمشیدیان است که بدون اینکه خبر داشته باشد، پیش از آغاز فصل 94-93 از لیست استقلال کنار گذاشته شد. این بازیکن نیز به کمیته انضباطی شکایت و این کمیته باشگاه استقلال را به پرداخت مطالبات این بازیکن محکوم کرد.
در این میان، سوالی که پیش می‌آید این است که چرا زمانی که مسئولان استقلال با درخواست کادر فنی آن زمان، تصمیم به کنار گذاشتن جمشیدیان کردند، نامه‌ای به سازمان لیگ نفرستادند که این بازیکن آزاد است و تنها باید غرامت فسخ قرارداد به او پرداخت شود؟ چرا بازیکنی مانند غلام‌نژاد نزدیک به 200 میلیون تومان در یک نیم فصل از استقلال می‌گیرد اما بدون اینکه با او توافقی صورت بگیرد تا بلکه برای پرداخت مطالباتش از او تخفیف گرفته شود، به کمیته انضباطی شکایت کرده و از 3 میلیارد و 700 میلیون بدهی، نزدیک به 804 میلیون تومان آن مربوط به غلام‌نژاد باشد؟
بحث دیگر، به قرارداد برخی از بازیکنان در این سال‌ها بازمی‌گردد که چندین بار مسعود معینی عضو هیئت مدیره استقلال به آنها اشاره کرده است(هر چند که با فشار برخی‌ها، معینی از موضع خود عقب‌نشینی کرد). در قرارداد برخی از بازیکنان بندهای عجیبی وجود دارد، به طوری که بازیکنی بوده که در بند قراردادش قید شده که به ازای هر گلی که می‌زند، پول جداگانه‌ای دریافت خواهد کرد.
به نظر می‌رسد، اعضای کمیته نقل‌وانتقالات در سال‌های اخیر، بدون توجه به بدهی‌های گذشته باشگاه استقلال، قراردادهایی امضا کرده‌اند که بعدها برای استقلال مشکل‌ساز شده و به بدهی‌های گذشته نیز اضافه کرده است.
