مرتضی پورعلی‌گنجی در تمام سال‌های اخیر یکی از مهره‌های ثابت و همیشگی اردوهای تیم ملی در تورنمنت‌های مختلف بوده است. به گونه‌ای که امیر قلعه‌نویی سرمربی فعلی تیم ملی نیز همواره از او در بازی‌های ملی بهره می برد و پورعلی‌گنجی در یکی از همین بازی‌های‌ملی دچار آسیب دیدگی شد.
پورعلی‌گنجی در فصل اول حضورش در پرسپولیس در خط دفاعی نقش یک لیدر و فرمانده را به خوبی ایفا کرد و همراه با گیورگی گولسیانی نقشی پررنگی در دبل قهرمانی سرخ پوشان داشت اما فصل قبل با یک بدشانسی بزرگ مواجه شد و با مصدومیت در یکی از بازی‌های تیم ملی، یک سال از میادین به واسطه مصدومیت رباط صلیبی دور شد. او آخرین بار در هفته پنجم فصل گذشته برای پرسپولیس بازی کرد. مسابقه‌ای که روز ۱۶ مهرماه برگزار شد و برد سرخ‌ها با مصدومیت شدید یاسین سلمانی تلخ شد. بعد از آن پورعلی‌گنجی همراه تیم ملی به تورنمنت اردن رفت و مقابل قطر همانند یاسین مصدوم شد. مصدومیتی که باعث شد این مدافع مدتها دور از تیم ملی و پرسپولیس مشغول مداوای پای مصدوم خود شود.
تا این که در این فصل و در همان بازی اول به عنوان بازیکن ذخیره پا به میدان گذاشت تا مشخص شود قرار است این فصل باز هم به درخشش خود در ترکیب خط دفاعی پرسپولیس ادامه دهد. او پس از دو بازی ابتدایی لیگ، باز هم دچار مصدومیت شد تا چند بازی را از دست بدهد و در ادامه برای بازی با السد در لیگ نخبگان به ترکیب اصلی پرسپولیس بازگشت و ۹۰ دقیقه برای پرسپولیس بازی کرد تا نشان دهد آماده و مهیای بازی است.
پورعلی‌گنجی در بازی‌های اخیرش در ترکیب پرسپولیس عملکرد خوبی داشته و قرار است پس از پایان بازی پرسپولیس و گل گهر باز هم از سوی قلعه‌نویی به اردوی تیم ملی برای فیفادی پیش رو دعوت شود.
از این رو در دو بازی آینده پرسپولیس مقابل کره شمالی و قرقیزستان این احتمال می رود که زوج مرکزی خط دفاع تیم ملی با ترکیب مرتضی پورعلی‌گنجی و حسین کنعانی زادگان شکل بگیرد.
