برخلاف آنچه در رسانه ها و حتی برخی مقامات باشگاه استقلال مبنی بر حضور جواد نکونام به چشم می خورد، شنیده می شود که عملکرد وی مورد تایید مدیران باشگاه نیست. او که با هزینه زیاد و اختیارات کامل نتوانست این تیم را به قهرمانی برسد، در حوزه اخلاقی و رفتاری نیز عملکرد انتقادآمیز و می شود گفت که فاجعه باری داشته است. اکنون، این تحلیل وجود دارد که در تمامی عرصه ها و حوزه ها ناکام بوده و پیش بینی نیز بر تداوم این وضعیت در ادامه راه است.
در دیگر سو، حواشی زیادی درباره فعالیت خانواده نکونام اطراف تیم و حضور برخی افراد بدسابقه در استقلال هست. برخی از این اشخاص حتی نتوانستند تا پایان فصل مجوز رسمی همراهی تیم را پیدا کنند که این مسائل، نگرانی های زیادی را در مورد اتفاقات و روندها در این تیم ایجاد کرده. این موضوع به پاشنه آشیلی تبدیل شده که انتظار می رود با ورود و حتی واکنش برخی نهادها نیز مواجه شود.
در نتیجه، برخلاف فضای رسانهای ایجاد شده که عمدتا کاذب و هدایت شده بوده، حضور جوادنکونام در استقلال نه تنها قطعی نشده که به نظر می رسد تردیدها بیش از آن چیزی است که تصور می شود. آنطور که از شواهد و قراین می توان دریافت، استقلال تا پایان ماه جاری آبستن حوادث دیگری خواهد بود.