جواد نکونام مثل فرهاد مجیدی تیم استقلال را تبدیل به مدعی عنوان قهرمانی در لیگ برتر ساخته است.
بین عملکرد جواد نکونام و فرهاد مجیدی شباهت ها و تفاوت های قابل توجهی وجود دارد:
شباهت های جواد نکونام و فرهاد مجیدی جواد نکونام و فرهاد مجیدی هر 2 متعلق به نسل جوان مربیگری در فوتبال ایران هستند. فرهاد مجیدی و جواد نکونام در مقاطعی همبازی همدیگر بوده اند. فرهاد مجیدی و جواد نکونام سابقه قهرمانی در فوتبال ایران را دارند، فرهاد مجیدی لیگ فوتبال 21 را با استقلال برده است و جواد نکونام با فولاد قهرمان لیگ و جام حذفی شده است. با این 2 مربی تیم استقلال در همان نیم فصل اول لیگ برتر پیشتازی را به دست آورده است.
تفاوت های جواد نکونام و فرهاد مجیدی فرهاد مجیدی سالهای متمادی در تیم استقلال بازی کرده اما جواد نکونام تنها یک فصل در تیم فوتبال استقلال بازی انجام داده است. فرهاد مجیدی در مسابقات داخلی فوتبال هیچ گاه برابر پرسپولیس به عنوان سرمربی در طول 90 دقیقه برنده نبوده است اما جواد نکونام با تیم فولاد 2 بار برابر تیم فوتبال پرسپولیس برنده شده است (فرهاد مجیدی با استقلال در ضربات پنالتی سابقه برد برابر پرسپولیس را داشته است اما برد در ضربات پنالتی جزو دقایق رسمی و قابل ثبت به عنوان برد محسوب نمی شود) فرهاد مجیدی بیشتر دوران فوتبال خارج از کشور خود را در امارات و جواد نکونام بیشتر دوران فوتبال خود را در اسپانیا گذرانده اند.