مراسم قرعه کشی مرحله یک شانزدهم جام حذفی ( یادواره آزادسازی خرمشهر) فصل 1400-1399 با حضور 16 تیم لیگ برتری و 16 تیم صعود کرده از مراحل قبلی در سالن روابط عمومی سازمان لیگ فوتبال ایران و در حضور سهیل مهدی مسئول مسابقات فوتبال در سازمان لیگ، ستار همدانی و اسماعیل حلالی دو پیشکسوت استقلال و پرسپولیس، امیرحسین روشنک مسئول جام حذفی و فربرز محمودزاده از ساعت 13:30 آغاز شد.
در این قرعه کشی تیم های لیگ برتری بر اساس قرعه حریفان خود را شناختند و در برخی موارد نیز میزبانی و میهمانی تیم ها بر اساس قرعه انتخاب شد اما تیم هایی که در مرحله قبل میزبان بوده اند در این مرحله میهمان هستند. برخی تیم های لیگ یکی در مرحله قبل از حضور در جام حذفی انصراف داده بودند. به همین دلیل تیم هایی از لیگ دسته دوم نیز به این مرحله صعود کرده اند.
قرار است مسابقات این مرحله در روزهای 21 و 22 اسفند 99 برگزار شود.
تیم ها حریفان خود را بر اساس قرعه به شرح زیر شناختند:
آلومینیوم اراک - هوادار
ذوب آهن - شهرخودرو
نفت آبادان - داماش پارسه تهران
نساجی مازندران - سایپا
ملوان بندرانزلی - ویستاتوربین
پیکان- استقلال
سپاهان- مس رفسنجان
استقلال‌ملاثانی- شاهین بندرعامری
نفت مسجد سلیمان - خیبرخرم آباد
گل گهر سیرجان - مس کرمان
تراکتور- شهرداری ماهشهر
شهرداری برد اسکن- خوشه طلایی ساوه
مس نوین کرمان - پرسپولیس
پارس جنوبی- پاس همدان
اتحاد کامیاران -قشقایی شیراز
ماشین سازی تبریز- فولاد خوزستان
