طبق اعلام کتاب «آقا روح‌الله» بخشی از یک کلان‌پروژه با عنوان «بررسی منطق رهبری امامین انقلاب» است. این پروژه توسط جمعی از فضلای حوزه علمیه با اعتقاد به اینکه سعادت جامعه ایران در گرو حرکت در امتداد مسیر رهبران انقلاب است، از سال ۱۳۹۰ طراحی و آغاز شد.
در پروژه مذکور، سیره امام‌خمینی رحمهُ‌الله و آیت‌الله خامنه‌ای در سه سطح تحلیل کلان، خُرد و تبیین عملکرد ایشان به نحو جامع با پرداخت کامل به ابعاد مختلف سلوک شخصی و عملکرد‌های سیاسی اجتماعی، مورد پژوهش قرار گرفت و کتاب «آقا روح‌الله» اولین محصول از سطح سوم این کلان‌پروژه است.
در اولین گام، رسیدن به فهم صحیح و کامل از واقعیت خارجی هدف‌گذاری شد؛ چرا که تبیین صحیح و فهم مجتهدانه هر اندیشه و عملکردی متوقف بر فهم و بیان صحیح بستر زمانی و خارجی تحقق آن اندیشه است. در گام بعد در جهت کامل و مدون شدن تحقیقات صورت گرفته با همکاری «پژوهشکده تمدن توحیدی» در قم طرحی پژوهشی تعریف شد که در آن یک دور تاریخ معاصر، ناظر به عواملی که شخصیت رهبران انقلاب و عملکرد و اندیشه‌های آن‌ها را شکل می‌دهد، تدوین شود. برای نیل به این هدف نیز تنها به بررسی رفتار‌ها و حوادثی که مستقیما با رهبران انقلاب مرتبط بود، بسنده ننموده و به فراخور حال، عملکرد سایر بزرگان، اشخاص و نیز شرایط تاریخی حاکم بر محیط نیز پرداخته شد؛ البته این توجه کامل به قرائن متن‌ساز، مشکل مفصل و طولانی شدن مباحث را به دنبال داشت که برای حل آن در کتاب «آقا روح‌الله» مباحث مهم و با ارتباط مستقیم در متن اصلی آمد و مباحث درجه دو در پاورقی و پی‌نوشت‌های کتاب جای‌گذاری شد تا مخاطب در عین اینکه یک دور به صورت مختصر و مفید اصل هر بحثی را دریافت می‌کند از حواشی مهم درجه دو نیز بی‌بهره نباشد.
در این پروژه، زندگی امام با عنوان کلی «حیات روح‌خدا» به چهار بازه اصلی از زندگی ایشان تقسیم شد: «طلبگی»، «استادی»، «قیام و مبارزه» و «رهبری». اولین خروجی کار، یعنی نگارش کتاب «آقا روح‌الله» که دربردارنده اولین بازه است، با نویسندگی حمیدرضا باقری در سال ۱۳۹۴ به پایان رسید. دومین خروجی نیز که مربوط به دوره استادی امام است، در دو مجلد در سال ۱۳۹۷ به قلم همین نویسنده تألیف شد و دیگر مجلدات این پروژه نیز با اضافه شدن دوره‌های مختلف رهبری آیت‌الله خامنه‌ای و همکاری «پژوهشکده باقرالعلوم» به دست طلابِ فاضلِ فعال در این پروژه در حال تدوین است.
در کتاب «آقا روح‌الله» و دیگر مجلداتی که در این پروژه تعریف شده‌اند، سعی بر این بوده که با نگاهی جامع همه ابعاد مختلف خانوادگی، عبادت، تفریح، تحصیل، تجربیات مختلف و ... به صورت هم‌زمان و با حفظ ارتباطات در موقعیت زمانی و محور زمان پرداخته شود و در گزارش‌های تاریخی نیز به همه ابعاد کلان بین‌المللی، داخلی و همچنین جریان‌ها و افراد موثر به نحو مقایسه‌ای و تاثیرات قضایا بر یکدیگر توجه شود.
در این کتاب، در ابتدای هر فصل بخشی با عنوان درآمدی بر فصل آورده شده‌است که در آن خلاصه‌ای از مباحث فصل و هدف از آوردن آن‌ها با نگاه کلان آمده‌است. نوع تاریخ‌نگاری کتاب عمدتاً بر اساس شیوه ترکیبی است و کوشش شده با مراجعه به بیش از ۲۰۰ منبع معتبر تمام مباحث به صورت مستند و با ارجاعات دقیق آورده شود و تا جای ممکن از دخل و تصرف حتی در ادبیات مستندات نیز پرهیز شده‌است.
«آقا روح‌الله» حاوی هفت فصل و یک بخش با عنوان پی‌نوشت است. در فصل اول اوضاع کودکی امام از خانواده پدری، محیط زندگی، خاطرات نوجوانی و عوامل موثر بر روح و شخصیت ایشان تا ورود به طلبگی در حوزه اراک نگاشته شده‌است. در فصل دوم در کنار قضایای مرتبط با تشکیل حوزه علمیه قم در سال ۱۳۰۰ش و هجرت امام به آنجا، به حوادث داخلی کشور نیز از جمله کودتای ۱۲۹۹ ش توسط رضاخان و سیدضیاء پرداخته شده‌است و در این پرداخت، ابعاد کلان تاریخی کودتا و حضور استعمارگران در سرزمین‌های اسلامی و دوره استعمار نو و ارتباط آن با تشکیل حوزۀ علمیۀ قم و عملکرد علما و زعمای شیعه در این بازه از تاریخ مورد توجه بوده‌است.
فصل سوم به احوالات امام در حوزه قم، سیر تحصیل ایشان در محضر اساتید و زیستن در فضای اخلاقی و زاهدانه آن روز، که موجبات رشد و بلوغ شخصیتی و اندیشه‌ای ایشان را مهیا کرد، اختصاص دارد و موضوع فصل چهارم، احوالات شخصی ایشان از جهت عبادت و تفریح و ... است.
در فصل پنجم ماجرا‌های جذاب ازدواج، تولد فرزندان، اجاره‌نشینی، خانه‌دار شدن و مسافرت‌های خانوادگی امام می‌آید. این فصل، فصل برجسته کتاب است.
در فصل ششم و هفتم بستر تاریخی این بازه زمانی بررسی شده‌است؛ از اقدامات رضاخان برای اینکه رضاشاه شود، واکنش علمایی، چون شهید مدرس، اقدامات و مبارزات متعدد صورت‌گرفته در دوره رضاشاه به خصوص توسط آیت‌الله حائری به عنوان زعیم حوزه قم، و تجربیات امام در این فضا، حوادثی است که در این دو فصل مورد بررسی قرار گرفته‌است.
بخش پایانی کتاب نیز با عنوان «پی‌نوشت» در ابتدا به زندگی شخصیت‌های مهم و برجسته از علما و اساتید امام در این بازه زمانی می‌پردازد و پس از آن به چهره‌های تاریخی جریان طاغوت. البته به ماجرا‌های تاریخی مهم این بازه زمانی هم اشاره شده‌است.
«آقا روح‌الله؛ بررسی دوران طلبگی امام‌خمینی در بستر تاریخ»، نوشتۀ حمیدرضا باقری، با همکاری پژوهشکده تبلیغ و مطالعات اسلامی باقر العلوم علیه‌السلام، در ۳۸۴ صفحه، با شمارگان ۱۰۰۰ نسخه، و با قیمت ۹۰ هزار تومان توسط شرکت چاپ و نشر بین‌الملل به‌تازگی روانۀ بازار شده‌است.
