حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
رحلت فقیه ربانی آیت‌الله آقای حاج سیدمحمد شاهرودی را که از فقهای برجسته‌ی حوزه‌ی علمیه نجف و در سالهای پس از انقلاب ساکن قم بودند، به حوزه‌های قم و نجف و به عموم ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و بخصوص به آقازادگان و بازماندگان ایشان و وابستگان به بیت شریفِ والد ایشان مرحوم آیت‌الله العظمی شاهرودی از مراجع دوره‌ی قبل در نجف، تسلیت عرض میکنم و علو درجات و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای
۱۸ تیر ۹۸
