در جریان کودتای سوم اسفند 1299، عامل نظامی کودتا رضاخان و عامل سیاسی و کارگردان ظاهر و باطن، سید ضیاءالدین طباطبایی بود که با حمایت انگلیس صورت گرفت.
سید ضیاء در نخستین روزهای ورود قوای قزاق به تهران، با احمدشاه ملاقات و فرمان رییس‌الوزرایی خود را با اختیارات کامل دریافت کرد. وی در اولین روز صدارت خویش دست به اقداماتی زد و نزدیک به دویست تن از رجال کشور و روحانیان را بازداشت کرد و طی اعلامیه‌ه‌ای، علل و جهات صدارت خود را به حکّام و والیان سراسر کشور ابلاغ کرد.
نقطه زوال دولت سیدضیاءالدین طباطبایی معروف به دولت سیاه و کابینه صد روزه را باید در اختلاف بین وی و سردار سپه جُست. رضاخان که با سیدضیاء روابط خوبی نداشت، با نزدیک شدن هر چه بیشتر به احمدشاه و اظهار اطاعت و انقیاد، زمینه را برای برکناری سیدضیاء فراهم ساخت. به ویژه که احمدشاه از زمان امضای حکم ریاست وزرایی سیدضیاء، از او دلخوش نبود و اهانت‌‌ها و بی‌‌ادبی‌‌های سید، شاه را به شدت خشمگین ساخته بود. همچنین منتقدین و وابستگان به دربار که عده زیادی از آنان در حبس بودند، تلاش شبانه‌‌روزی خود را برای بر کناری او معمول می‌‌داشتند.
سرانجام در روز اول خرداد 1300، شاه به سیدضیاء، تکلیف استعفا کرد، اما سیدضیاء اطاعت نکرد تا این که احمد شاه وی را در چهارم خرداد برکنار کرد و دولت 93 روزه‌‌اش سقوط کرد. پس از برکناری، در همان روز در حالی که از خزانه دولت مبلغ بیست و پنج هزار تومان به او برای مخارج سفر داده بودند با تنی چند از دوستان و نزدیکان خود از طریق بغداد عازم اروپا شد و بیست و دو سال در اروپا اقامت گزید.
سید ضیا احوال خود را بعد از عزل از نخست‌وزیری و در روزهای اقامت در اروپا این‌گونه بیان می‌کند. «عصبی بودم شب‌ها به آپارتمانم که می‌رفتم، در هوای سرد برلن دوش آب سرد را با فشار باز می‌کردم، زیر آن می‌ایستادم و از شدت سرما دندان‌هایم کلید می‌شد و جیغ می‌زدم و زن صاحبخانه فکر می‌کرد که از تیمارستان آمده‌ام.
یک خروار نامه در انبارم بود که من یک دانه از نامه‌ها را باز نمی‌کردم نامه‌ها را سربه مهر می‌گذاشتم توی طاقچه و هر سه هفته یک بار بدون اینکه نگاه کنم از طرف کی آمده می‌ریختم دور. شده بودم فرش فروش دوره گرد نه جناب میرزا سید ضیاءالدین.»
