روز 13 مهرماه 1344، امام خمینی (س) و فرزندش آیت‌الله حاج آقا مصطفی از ترکیه به عراق تبعید شدند.
آنها پس از ورود به عراق و زیارت یک هفته‌ای مشاهد مشرفه در شهرهای کاظمین، سامرا و کربلا به نجف اشرف رفتند و در آن شهر رحل اقامت گزیدند. این هجرت در تبعید 13 سال به طول انجامید و برکات فراوانی برای جهان تشیع و نهضت اسلامی داشت. یکی از اقدامات امام خمینی در نجف اشرف تدریس خارج فقه و اصول و پرداخت شهریه به طلاب حوزه نجف بود.
مرحوم آیت‌الله عبدالله محمدی شاگرد امام خمینی(ره) و نماینده فقید ولی‌فقیه در استان ایلام در کتاب خاطراتش، ماجرای جالبی درباره تقاضای افزایش شهریه فرزند امام خمینی و واکنش ایشان نقل کرده است.
"امام خمینی اجازه نمی‌دادند که هنگام رفت و آمد به حرم مطهر، افرادی به همراه ایشان حضور داشته باشند. معمولا یکی دو نفر که از خواص خودشان بودند، ایشان را همراهی می‌کردند. شنیدم یک بار امام وقتی می‌خواست به حرم برود عده‌ای قصد داشتند ایشان را همراهی کنند، امام می‌ایستند و نگاه می‌کنند و می‌بینند که چندنفری دارند همراهی می‌کنند. سوال می‌کنند شما با ما کاری دارید؟ آنها هم جواب می‌دهند که می‌خواهیم در خدمت شما باشیم. امام می‌فرمایند که شما مستقلا و جداگانه بروید، من همراه نمی‌خواهم اما بعضی از آقایان دوست داشتند همیشه اطرافشان شلوغ باشد.
مرحوم آیت‌الله عبدالله محمدی شاگرد قدیمی امام و نماینده اسبق ولی‌فقیه در ایلام
حضرت امام همیشه ساعت 3 بعد از نیمه شب به حرم مشرف می‌شدند و 3:30 هم برمی‌گشتند. من شنیدم حتی آن روزی که حاج آقا مصطفی فوت کردند، حضرت امام در همان ساعت معین به حرم رفتند و برگشتند. طبق همان نظم و انضباطی که داشتند عمل می‌کردند.
به امام گفته بودند که آقا مصطفی شخص فاضلی است و شاگردان و رفقایی دارد و رفت‌وآمدهایی به منزلشان می‌شود، شما هم مقداری به شهریه ایشان اضافه کنید. امام فرمودند: آقا مصطفی هم مانند طلبه‌های دیگر است، شهریه همان شهریه است، اینکه رفت و آمد دارد به من مربوط نیست.
