سابقه ارتباط علنی و آشکار بنی‌صدر به عنوان رئیس‌جمهور وسازمان مجاهدین خلق (منافقین) به نیمه اسفند 1359 بازمی‌گردد؛ جایی که به دنبال سخنرانی جنجال‌برانگیز بنی‌صدر در دانشگاه تهران، طرفداران بنی‌صدر با همدستی منافقین به ضرب و شتم مردم پرداختند. اما همراهی و همکاری این دو جریان طی سال‌های بعد علنی‌تر شد. اولین مرحله از این همکاری، تجهیز نظامی سازمان منافقین با کمک رئیس‌جمهور وقت بود.
تجهیز منافقین توسط بنی‌صدر
یکی از کمک‌های بنی‌صدر به منافقین، تجهیز این گروهک تروریستی بود. به‌طوری‌که سازمان منافقین به دلیل کمک‌های مالی بنی‌صدر توانسته بود مقدار قابل توجهی سلاح از طریق واسطه‌های عراقی از راه کردستان وارد کند.
به گفته حسن غفوری‌فرد، در بهمن 1360 پس از محاصره و پاکسازی یک خانه تیمی در محله زعفرانیه تهران، که طی آن 20 تن از اعضای منافقین از جمله موسی خیابانی و مریم ابریشمچی (همسر رجوی) کشته شدند، تجهیزاتی کشف شد که همه آن تجهیزات را بنی‌صدر در اختیار منافقین گذاشته بود. چنان که غفوری‌فرد می‌گوید: «وقتی که موسی خیابانی کشته شد، وزیر اطلاعات گفت که [منافقین] ماشین‌هایی داشتند که حتی آرپی‌جی7 هم به اینها اثر نمی‌کرد و شیشیه‌هایش نرم می‌شد ولی نمی‌شکست. یعنی بسیاری از وسایلی که آنجا بود با اشاره بنی‌صدر و مجوز او وارد مملکت شده بود.»
همکاری بنی‌صدر و منافقین
اندکی قبل از اعلام علنی مبارزه مسلحانه علیه نظام از سوی سازمان منافقین، بنی‌صدر با مسعود رجوی، سرکرده منافقین دیدار می‌کرد. هاشمی رفسنجانی با اشاره به یکی از این دیدارها، در خاطرات روز سه‌شنبه، 15 اردیبهشت1360 می‌نویسد: «خبر دادند که روز یکشنبه آقای بنی‌صدر در خانه خواهرش دو ساعت با مسعود رجوی ملاقات داشته است. همکاری رئیس‌جمهور با سران گروهی که در صدد مبارزه مسلحانه با جمهوری اند و تحت تعقیب مقاماتند، عجیب و غیر قابل تحمل است. مخصوصا که امام فرموده با آنها درگیر شود.»
پس از اینکه بنی‌صدر با فرمان امام خمینی در 20 خرداد 1360 از فرماندهی کل قوا عزل شد، منافقین با صدور اطلاعیه‌ای حمایت خود را از بنی‌صدر اعلام کرده و خواستار حراست از جان رئیس‌جمهور شدند. در بخشی از این اطلاعیه آمده بود: «مجاهدین خلق ایران با اخطار قاطع انقلابی علیه هرگونه سوء نیت به جان رئیس‌جمهور، از تمامی خلق قهرمان ایران، آمادگی و حضور دائم در صحنه‌ها و مقاومت پیگیر را طلب نموده و در این شرایط حمایت از شخص رئیس‌جمهور و حفاظت از جان او را یک وظیفه مبرم انقلابی در سراسر کشور تلقی می‌کند.» این سازمان همچنین در روزهایی که مسئله کفایت سیاسی بنی‌صدر در مجلس مطرح شده بود، بار دیگر اعلامیه‌ای تهدیدآمیز صادر کرد و طی آن به نمایندگان درباره عواقب عزل بنی‌صدر هشدار داد و نوشت: «سازمان مجاهدین خلق ایران به تمامی نمایندگان که در مجلس حضور می‌یابند، نسبت به کلیه عواقب گسترده عزل رئیس‌جمهور در فضای هیستریک ارتجاعی حاکم، زنهار می‌دهد...»
از این به بعد با ورود سازمان منافقین به فاز نظامی، علاوه بر شهادت مردم بی‌گناه، بسیاری از سران نظام نیز هدف قرار گرفتند. در همان تابستان 60 سه ترور بسیار مهم در مسجد ابوذر، دفتر حزب جمهوری و دفتر نخست‌وزیری با فواصل زمانی نزدیک به هم صورت گرفت که حداقل دو مورد آخر، از طریق نفوذی‌های سازمان منافقین به انجام رسید. اما حلقه مفقوده ترورهای دهه 60، ابوالحسن بنی‌صدر است که شواهد حاکی از این است که وی نیز در ترورهای دهه 60 نقش داشته است.
به منظور پی بردن به نقش بنی‌صدر در ترورهای تابستان سال 60، سیر وقایع را از اواخر خردادماه آن سال پی می‌گیریم.
مدیریت کشتار 31 خرداد توسط وابستگان بنی‌صدر
همکاری نظامی و تروریستی بنی‌صدر و سازمان منافقین از اواخر خردادماه 60 آغاز شد. در 30 خرداد، تنها 2 روز بعد از انتشار بیانیه سیاسی-نظامی شماره 25 سازمان مجاهدین و درست در روزی که مجلس شورای اسلامی طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر را در دست بررسی داشت، سازمان منافقین که براساس گزارش روزنامه جمهوری اسلامی در 31 خرداد 1360، اعضای آن مجهز به سلاح سرد و گرم بودند، اقدام به راه‌اندازی اغتشاش در سطح شهر تهران کرد که طی آن چند تن از مردم عادی و تعدادی از اعضای سپاه پاسداران به شهادت رسیدند و بیش از صد تن دیگر زخمی شدند. براساس شواهد و مدارک موجود، در آن شب همسر بنی‌صدر در یک اتومبیل ضد گلوله به همراه سودابه سدیفی، مشاور بنی‌صدر و چند نفر از نزدیکان رئیس‌جمهور معزول، این درگیری را رهبری می‌کردند.
همراهی بنی‌صدر و منافقین در کشتار مردم از دید حضرت امام خمینی نیز پنهان نماند و ایشان در سخنرانی روز 1تیر، از بنی‌صدر خواستند که موضع خود را روشن کند. ایشان فرمودند: «کرارا من [به بنی‌صدر] گفتم که بیا برو از این گروهک‌های فاسد، از این منافقین تبری کن، حیثیت خودت را از دست نده، بیا برو در ملاعام و اینها را از خود بران. اینها تو را به تباهی می‌کشند... آن آقا [بنی‌صدر] من کرارا به او گفتم که حسابت را از این منافقین جدا کن و اعلام کن به اینکه شماها [منافقین] از اسلام نیستید و شماها به من ارتباط ندارید، نپذیرفت و دید آنچه دید و من امیدوارم که توبه کند...»
نقش بنی‌صدر در انفجار حزب جمهوری و دفتر نخست‌وزیری
پس از رای مجلس مبنی بر عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر، وی مخفی شد و در این مخفی‌گاه ضمن تماس با سران منافقین، تصمیمات نهایی درباره ترور سران نظام گرفته شد. سودابه سدیفی، مشاور و از اعضای دفتر بنی‌صدر درباره نقش وی در ترور سران نظام در دهه 60 به ارتباط بنی‌صدر و رجوی در روزهای اختفای رئیس‌جمهور معزول اشاره می‌کند و می‌گوید: «... بنی‌صدر به وسیله نواب [حسین نواب صفوی] با مجاهدین در ارتباط بود. روزی من و عده‌ای در حضور بنی‌صدر بودیم، نواب در ارتباط با مجاهدین دو پاکت و یک روزنامه، که فکر می‌کنم در آن دفاع از بنی‌صدر مطرح بود، آورد. یکی از نامه‌ها از سازمان مجاهدین خلق بود، نامه دیگر هم اعلامیه چاپی از ناحیه همان سازمان بود. همه را به بنی‌صدر داد. نواب اصرار داشت که بنی‌صدر با یکی از سران مجاهدین تماس حاصل کند. بنی‌صدر پافشاری می‌کرد که با خود رجوی رودررو گفتگو کند. نواب گفت: ترتیب یک تماس تلفنی را با رجوی خواهد داد، ولی بنی‌صدر معتقد بود که تماس تلفنی دردی را دوا نمی‌کند و جز سلام علیک پشت تلفن حرف دیگری نمی‌شود زد و این مثمر ثمر نیست. نواب استدعا کرد که اگر پیامی به رجوی دارد او می‌تواند حامل پیام باشد و بنی‌صدر پیامش را چنین اعلام نمود: باید شروع به زدن راس‌های آنها کرد، چاره دیگری نیست.»
در همین رابطه، حسین نواب صفوی، یکی از رابط های اصلی بنی‌صدر و سازمان منافقین بعد از بازداشت اعتراف کرد که در مذاکرات درونی، بنی‌صدر صریحا اعلام کرده بود که «اگر نتوانیم مردم را بسیج کنیم، باید اینها [نظام] را فلج کرد و باید سران را از بین برد.» بدین ترتیب طی روزهای بعد، همانطور که بنی‌صدر تاکید کرده بود، "زدن راس‌های نظام" در دستور کار قرار گرفت.
حسن غفوری‌فرد نیز با اشاره به نقش بنی‌صدر در ترورهای دهه 60 می‌گوید: «من یقین دارم که بنی‌صدر برنامه‌ریز انفجار و ترورهای 6 تیر [بمب‌گذاری در مسجد ابوذر و ترور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای]، 7 تیر [انفجار دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی و شهادت آیت‌الله بهشتی و 72 تن از یاران امام] و 8 شهریور [انفجار دفتر نخست‌وزیری و شهادت محمدجواد باهنر و محمدعلی رجایی] بوده است... بنی‌صدر دست به دست منافقین داد و آن جنایت‌ها را رقم زدند...»
وی ادامه می‌دهد: «از یک منبع موثق شنیدم که بنی‌صدر گفته بود: «من بالاخره آقای بهشتی و آقای رفسنجانی و ... را می‌کشم.» من نمی‌توانم آن منبع را ذکر کنم ولی صد در صد مطمئنم که بنی‌صدر چنین دیدی نسبت به این افراد داشت و به دنبال حذف فیزیکی آنها بود.»
به گفته علی محمد بشارتی، ترور شهید حسن آیت در 14 مرداد 1360 نیز با دستور بنی‌صدر و توسط منافقین صورت گرفت. وی در این رابطه می‌گوید: «من شنیدم که طرح ترور [شهید آیت] در دفتر بنی‌صدر تهیه شده بود و عمده آنهایی که در تدارک ترور او بودند خودی‌ها بودند، یعنی کسانی که وجود او را بر نمی‌تابیدند. اما چیزی که روشن است و به طور مشخص می‌شود گفت این است که ترور کننده‌ها منافقین بودند و دستور را هم خود بنی‌صدر داده بود. آنها در دفتر روزنامه انقلاب اسلامی [روزنامه بنی‌صدر] پرونده‌هایی علیه مخالفینشان داشتند که برجسته‌ترین آنها آقای آیت بود.»
علاوه بر این شواهد، با واکاوی سخنان سرکرده گروهک منافقین نیز می‌توان به نقش بنی‌صدر در ترورهای سال 60پی برد؛ مسعود رجوی به طور صریح اشاره می‌کند که: «آقای بنی‌صدر به خوبی به یاد دارند که در آن اوایل، رفسنجانی را ... واجب‌القتل دانسته و به تأکید خواستار آن بودند که در ردیف بهشتی که هر دو نفر به اضافه سه نفر دیگر دستشان تا مرفق به خون و جنایت آلوده بود مهدورالدم و شایسته مجازات شناخته شود.»
وی همچنین ادامه می‌دهد: «...آنچه بنی‌صدر از مبارزه مسلحانه مجاهدین انتظار داشت، اساساً چیزی جز دفع شر تعدادی از مهره‌های بالای رژیم نبود...»
بدین ترتیب، با اطمینان می‌توان گفت که بنی‌صدر با تاکید بر ترور مسئولان بلندپایه نظام، با منافقین در ترور سران نظام همراهی می‌کرد.
این نکته که بنی‌صدر و مسعود رجوی در یک روز و همراه با هم از ایران فرار کردند نیز حائز اهمیت است؛ نقشه فرار قطعا یک شبه طراحی نشده بود و طراحی آن مستلزم ارتباط‌های قبلی بوده است.
تمامی موارد فوق حکایت از آن دارد که ابوالحسن بنی‌صدر علاوه بر اینکه در تجهیز منافقین نقش داشت، در ترورهای سال 1360، به خصوص انفجار حزب جمهوری و انفجار دفتر نخست‌وزیری که منجر به شهادت آیت‌الله شهید بهشتی، شهید باهنر و شهید رجایی شد نقش داشته است.
