سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری درحالی در روز جمعه، 10 مهرماه 1360 برگزار شد که هیچ‌یک از دو رئیس‌جمهور قبل، موفق به اتمام دوره خود در زمان مقرر نشده بودند. رئیس‌جمهور اول، ابوالحسن بنی‌صدر به دلیل عدم کفایت سیاسی از سوی مجلس شورای اسلامی عزل شده بود و دومین رئیس‌جمهور یعنی محمدعلی رجایی نیز در 8 شهریورماه توسط سازمان مجاهدین خلق(منافقین) به شهادت رسیده بود.
در آستانه انتخابات با آنکه اوضاع نسبت به روزهای گذشته اندکی آرام‌تر بود اما هر روز خبرهایی از ترورها، بمب‌گذاری‌ها و ناآرامی‌ها منتشر می‌شد. ترور شهید هاشمی‌نژاد و حمله به مراکز سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و مردم عادی و سقوط هواپیمای فرماندهان نظامی در حوالی تهران خبرهای ناگواری بود که به گوش می‌رسید. علاوه بر این، جنگ وارد دومین سال خود شده بود.
فضای داخلی کشور به دلیل فعالیت‌های تروریستی سازمان منافقین از یک‌سو و بحران ضدانقلاب در مناطق مرزی از سوی دیگر متشنج بود و این تشنج، فضای انتخابات را نیز تهدید می‌کرد. چنانکه هاشمی رفسنجانی در خاطرات روز دهم مهرماه 1360 می‌نویسد: «ضدانقلاب اعلان کرده که در انتخابات آشوب به راه می‌اندازد و شرکت در انتخابات را تحریم کرده است.»
در چنین فضایی، سومین انتخابات ریاست جمهوری برگزار می‌شد. برای اولین‌بار بود که روحانیون نیز کاندیدای ریاست‌جمهوری می‌شدند. هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات 18 شهریور درباره نحوه جلب نظر امام خمینی به کاندیداتوری روحانیون در انتخابات ریاست جمهوری می‌گوید: «قرار شد با امام مذاکره کنیم که بپذیرند رئیس‌جمهور روحانی بتواند باشد. اکثر دوستان با نظر امام موافق نیستند و می‌گویند رئیس جمهور روحانی باشد بهتر است. با احمد آقا صحبت کردم که با امام صحبت کنند...»
هاشمی در خاطرات روز بعد نیز می‌نویسد: «برای ساعت 11 با آقای خامنه‌ای و احمدآقا در دفتر امام به خاطر بحث در موضوع ریاست‌جمهوری آینده قرار گذاشته بودیم. احمد آقا اطلاع داد که امام به طور اصولی با روحانی بودن موافقت کرده‌اند. همراه آقایان خامنه‌ای، خزعلی، شاه‌آبادی و احمدآقا به حضور امام رفتیم. قبل از ما هم آقای [موسوی] اردبیلی رفته بودند و همین مطلب را مطرح کرده بودند. امام صریحا موافقت کردند ولی گفتند چون اضطرار است و افراد دیگر که مطرحند رای طبیعی ندارند می‌پذیرند.»
هاشمی همچنین درباره اینکه چرا آیت‌الله خامنه‌ای و آیت‌الله مهدوی کنی هر دو برای کاندیداتوری ریاست جمهوری ثبت نام کردند نیز می‌گوید: «در همان دفتر امام [در روز 19 شهریور 1360] با احمد آقا و آقای خامنه‌ای درباره رئیس‌جمهور صحبت کردیم. بیشتر آقای خامنه‌ای مطرح بودند ولی کسالت و ضعف ایشان [منظور ضعف بدنی و جسمی است، چرا که تنها حدود دو ماه از ترور ایشان در مسجد ابوذر تهران توسط گروهک فرقان می‌گذشت]، تردیدی ایجاد کرده و آقای مهدوی [کنی] به عنوان فرد دوم مطرح شد. قرار شد فعلا هر دو اسم بنویسند تا بعدا تصمیم بگیریم.»
هاشمی همچنین در خاطرات خود به مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با کاندیداتوری خود اشاره می‌کند و ذیل خاطرات روز 21 شهریور می‌نویسد: «آقای خامنه‌ای بعد از ظهر به دفتر من آمدند. ایشان را برای پذیرفتن ریاست جمهوری قانع کردم. ایشان معتقد نبود که روحانی رئیس‌جمهور شود و از طرفی مریض هم هستند و از یک دست نمی‌توانند استفاده کنند. کاندیدای مناسبی غیر از ایشان نداریم. عصر هم در جلسه شورای مرکزی حزب [روی] همین تصمیم تاکید شد.»
لازم به ذکر است٬ در روزهای پیشین "پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی" بخشی از خاطرات آیت‌الله مهدوی‌کنی را با عنوان "مخالفت‌های آیت‌الله خامنه‌ای برای کاندیداتوری در انتخابات ریاست جمهوری سوم/چرا آیت‌الله مهدوی‌کنی و هیئت دولت استعفا کردند؟ + صوت" منتشر کرد که بنا بر آنچه آیت‌الله مهدوی‌کنی روایت کرده است، آیت‌الله خامنه‌ای با کاندیداتوری خود در انتخابات ریاست جمهوری سوم مخالفت کرده بودند و در نهایت بنا بر اصرارهای مسئولان وقت تصمیم می‌گیرند برای انتخابات کاندیدا شوند.
این انتخابات در روز جمعه، 10 مهرماه برگزار شد و سه روز بعد اعلام شد که از مجموع 16 میلیون و 847 هزار و 717 رای ماخوذه، آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای با کسب 16 میلیون و 8 هزار و 579 رای، یعنی معادل 95 درصد کل آراء به عنوان سومین رئیس‌جمهور ایران انتخاب شدند.
هاشمی‌رفنسجانی در خاطرات روز 11 مهرماه حضور گسترده مردم در انتخابات ریاست جمهوری سوم و انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای را بوتوجهی مردم به تهدیدهای ضدانقلاب عنوان می‌کند و می‌نویسد: «دیروز انتخابات خیلی خوب برگزار شد. نتیجه آراء جالب است. امروز بیشتر حوزه‌ها اعلان شده. رقم آراء از دوره قبل هم بالا زده و شاید 20 درصد بالا باشد و این برای دشمنان یاس‌آور است و راستی این علاقه و حمایت مردم از دولت و امام خیلی جالب است.»
