دولت وقت ایران، سریع به این ماجرا واکنش نشان داد و دو روز پس از حادثه در نامه‌ای به رئیس شورای امنیت سازمان ملل متحد، خواستار تشکیل جلسه فوری برای رسیدگی به این ماجرا شد. شورای امنیت در ٢٩ تیر ١٣٦٧ پس از شنیدن سخنان «علی‌اکبر ولایتی»، وزیر خارجه وقت ایران و «جورج بوش»، معاون رئیس‌جمهور ایالات متحده آمریکا مبادرت به صدور قطع‌نامه شماره ٦١٦ می‌کند. این شورا در این قطع‌نامه پنج‌بندی ضمن ابراز تأسف از سقوط هواپیمای غیرنظامی به وسیله یک ناو جنگی و اعلام همدردی با خانواده قربانیان و نیز حمایت از تصمیم سازمان بین‌المللی هواپیمایی کشوری مبنی بر تشکیل کمیته تحقیق؛ در پایان بر لزوم اجرای قطع‌نامه ٥٩٨ شورای امنیت مبنی بر تعیین شورای امنیت به‌عنوان تنها مرجع حل عادلانه و پایدار منازعه میان ایران و عراق پافشاری می‌کند! متن این قطع‌نامه که با ۱۵ رأی موافق و بدون مخالف یا ممتنع تصویب شد؛ به این شرح است: «شورای امنیت، با بررسی نامه مورخه 5 ژوئیه ۱۹۸۸ جانشین نماینده دائم جمهوری اسلامی ایران خطاب به رئیس شورای امنیت و با استماع بیانات نماینده جمهوری اسلامی ایران و سخنان نماینده ایالات متحده آمریکا با ابراز تأسف عمیق از اینکه یک هواپیمای غیرنظامی ایران ایر در پرواز برنامه‌ریزی‌شده بین‌المللی ۶۵۵، در پرواز بر فراز تنگه هرمز به وسیله موشک شلیک‌شده از ناو جنگی ایالات متحده آمریکا (وینسنس) منهدم شده است، بر ضرورت تبیین حقایق سانحه با بازرسی بی‌طرفانه در منطقه خلیج [فارس] تأکید داشته و اظهارات خود را به شرح زیر اعلام کرد:
۱- تأسف عمیق خود را از ساقط‌کردن هواپیمای غیرنظامی ایران به وسیله موشکی که از یک ناو جنگی آمریکا شلیک شده و تسلیت عمیق خود را به خاطر ازدست‌رفتن غم‌انگیز جان انسان‌های بی‌گناه ابراز می‌دارد.
۲- همدردی صمیمانه خود را به خانواده‌های قربانیان سانحه غم‌انگیز و دولت‌ها و کشورهای آنان اعلام می‌دارد.
۳- از تصمیم سازمان بین‌المللی هواپیمایی کشوری در پاسخ به درخواست جمهوری اسلامی ایران مبنی بر ایجاد گروه تحقیق برای بررسی تمام حقایق موجود همچنین از اعلام ایالات متحده آمریکا و جمهوری اسلامی ایران مبنی بر تصمیم‌شان برای همکاری با بررسی سازمان هواپیمایی کشوری استقبال می‌کند.
۴- از تمامی اعضای کنوانسیون ۱۹۴۴ شیکاگو، درخواست می‌کند که در همه شرایط، مقررات و رویه‌های سلامت هوانوردی کشوری به‌ویژه ضمائم آن کنوانسیون به منظور جلوگیری از چنین پیشامدهایی را دقیقا مراعات کنند.
۵- لزوم اجرای فوری و کامل قطع‌نامه ۵۹۸ شورای امنیت، شورا را به عنوان تنها مبنای حل جامع، عادلانه، شرافتمندانه و پایدار، منازعه میان ایران و عراق ابراز و پشتیبانی خود را از دبیر کل برای اجرای این قطع‌نامه اعلام و خود را ملزم به همکاری با دبیرکل برای تسریع در اجرای طرح اجرائی او می‌نماید.»
هر چند قطع‌نامه ٦١٦ خواسته‌های ایران را برآورده نکرد، اما محکومیت عمل ناو جنگی آمریکایی از سوی شورای امنیت که مؤثرترین رکن سازمان ملل متحد را دارا است و وظیفه ایجاد امنیت در صحنه جهانی را بر عهده دارد، نمی‌توانست بی‌ارتباط با حضور اتباعی از کشورهای فرانسه که عضو دائم شورای امنیت است و ایتالیا و یوگسلاوی که هر دو در آن زمان اعضای غیردائم شورا بودند، در میان قربانیان باشد.
از آنجایی که ایران و آمریکا هر دو عضو مؤسس سازمان بین‌المللی هواپیمایی کشوری «ایکائو» (سازمانی بین‌المللی در زمینه هوانوردی فراملی که از سال ١٩٤٧ شروع به کار کرده و به عنوان نهادی وابسته به سازمان ملل فعال است) هستند؛ جمهوری اسلامی بر مبنای معاهده شیکاگو که مهم‌ترین کنوانسیون مربوط به هوانوردی و حقوق هوایی است، موضوع را در شورای ایکائو طرح کرد. در آن زمان جورج بوش به عنوان معاون رئیس‌جمهوری آمریکا در اجلاس ایکائو حاضر شد و ضمن ابراز تأسف از حادثه اعلام کرد دولت آمریکا حاضر است مبلغ قابل توجهی را به عنوان مساعدت به خانواده قربانیان پرداخت کند، اما مسئولیت را متوجه ناخدای ناو نمی‌داند؛ زیرا او قصد دفاع از خود را داشته است.
این شورا نیز پس از تشکیل جلساتی در سال‌های ١٣٦٧ و ١٣٦٨ در نهایت موضوع را حادثه‌ای غیرعمدی در نتیجه اشتباه در شناسایی هواپیما دانست. همین باعث شد که ایران نیز به تصمیم ایکائو به دیوان دادگستری بین‌المللی اعتراض کند. به دنبال اعتراض ایران به این تصمیم، دیوان بین‌المللی دادگستری روز ١٢ سپتامبر ١٩٩٤ (٢١ شهریور ١٣٧٣) را برای رسیدگی به دعوی تعیین کرد. اما یک ماه پیش از برگزاری جلسه، با موافقت ایران و آمریکا رسیدگی به تعویق افتاد. بعد از انجام مذاکراتی میان طرفین، در نهایت در ٢٢ فوریه ١٩٩٦ (٣ اسفند ١٣٧٤) مصالحه حاصل شد و دعوی از دستور کار دیوان بین‌المللی دادگستری خارج شد. در این توافق دولت آمریکا از پذیرش مسئولیت خودداری کرد، اما پذیرفت مبلغی (٥٥ میلیون دلار) به‌عنوان خسارت به خانواده قربانیان و نیز غرامتی (٤٠ میلیون دلار) به دولت ایران بابت انهدام هواپیمای متعلق به شرکت هواپیمایی دولتی (ایران‌ایر) پرداخت کند.
اصل ١٣٩ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران بیان می‌دارد: «صلح دعاوی راجع به اموال عمومی و دولتی یا ارجاع آن به داوری در هر مورد موکول به تصویب هیئت وزیران است و باید به اطلاع مجلس برسد. در مواردی که طرف دعوی خارجی باشد و در موارد مهم داخلی باید به تصویب مجلس نیز برسد. موارد مهم را قانون تعیین می‌کند». پس از آنجایی که هواپیمای سرنگون‌شده متعلق به دولت ایران و طرف دعوی نیز خارجی بوده است؛ لزوم تصویب مجلس بدیهی به نظر می‌رسید، اما این توافق بدون تصویب در مجلس شورای اسلامی عملیاتی شد.
همین باعث شد تا در اردیبهشت ماه سال ١٣٧٥ دکتر سیدمحمود کاشانی، از استادان برجسته حقوق، در نامه‌ای به علی‌اکبر ناطق‌نوری، رئیس وقت در دوره چهارم مجلس، نسبت به مصالحه میان ایران و آمریکا درخصوص پرونده سرنگونی هواپیمای ایرباس از منظر حقوق داخلی و بین‌المللی اعتراض کند. در این نامه هفت پرسش و نکته بنیادین مطرح شد که خلاصه آن به این شرح است: اول، در شرایطی که آمریکا ایران را در حادثه انفجار مرکز فرهنگی یهودیان در بوینس‌آیرس متهم می‌سازد، چرا دولت ایران نسبت به رسیدگی به پرونده ایرباس در دیوان لاهه درخواست توقف رسیدگی کرده است؟
دوم، چرا سرپرست دفتر خدمات حقوقی بین‌المللی جمهوری اسلامی ایران (تشکیلاتی زیرمجموعه نهاد ریاست‌جمهوری که پیگیر مسائل حقوقی بین‌المللی کشور است) برخلاف شواهد ادعا می‌کند دولت آمریکا تسلیم خواسته‌های ایران شده است؟ سوم، چرا دولت به تصمیم ناعادلانه سازمان بین‌المللی هواپیمایی کشوری رضایت داده است؟ چهارم، دلیل مصالحه با آمریکا بدون رعایت اصل ١٣٩ قانون اساسی (تصویب مجلس) چیست؟ پنجم، استرداد دعوی موجه، قوی و دنیاپسند ایران از دیوان، جو منفی علیه آمریکا را از بین می‌برد؛ ششم، دولت آمریکا با بیان عدم اعتماد به دولت ایران، خواستار پرداخت مستقیم غرامت به قربانیان شده است؛ هفتم، پذیرش واریز غرامت به یک حساب بانکی تضمینی، ممکن است موجب توقیف آن توسط شاکیان آمریکایی با ادعاهای واهی علیه دولت ایران شود.
٢٩ سال از حادثه سرنگونی هواپیمای «ایران‌ایر» و شش سال از اوراق‌شدن رزم‌ناو آمریکایی «وینسنس» که در سال ١٩٨٤ به آب انداخته شده بود، می‌گذرد؛ اما آن مصالحه صورت‌گرفته مانع از تشکیل جلسه و صدور رأی در زمینه یکی از مهم‌ترین مخاطرات هوایی قرن شد که می‌توانست جدای از احقاق حقوق حقه ایران، در صنعت هوانوردی جهان نیز رویه‌ساز باشد. آیا روزی «جعبه سیاه» آن مصالحه و اتفاقات پیرامونی آن کشف خواهد شد؟
