روز‌های امام پس از پذیرش قطعنامه را غمگین روایت کرده‌اند، دیدار‌هایش تا زمان رحلتش بسیار کم بود و تنها دوبار در دیدار‌های سال پایان عمرش سخنرانی کوتاهی داشت.
7 آبان 1368 به مسئولین دفتر نوشت: « توجه داشته باشید باید دور سخن گفتن مرا ولو یک جمله دعا خط بکشید. مجاری تنفسی من بیمار است و حالا هم جنگ در کار نیست. زحمت به من ندهید. از اینکه مثلا خانواده شهدا و امثال آن بیایند و من دستی تکان دهم. مضایقه ندارم.» آن ایام کسالت داشت و تمام دیدار‌ها را لغو کرد اما پس از آن مصمم بود که دیگر سخنرانی نکند و حتی یک بار هاشمی رفسنجانی به اصرار خواسته بود که آن روز را سخنرانی کند گفته بود قسم خورده‌ام امروز سخنرانی نکنم. شنیده شده بود در این ایم به مناسبتب گفته بود تمام عالم را بگردید خسته تر ایز من پیدا نمی‌کنید. گویا پیرمرد آماده رفتن است.
در آخرین سال عمرش پیام‌های مهمی نوشت و تصمیم‌های مهمی گرفت.که مشکلات دوران نبودنش را کم کرد.
سومین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی
سومین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی در فروردین و اردیبهشت 1367 در شرایطی برگزار شد که گروه‌های رقیب در قالب دسته‌های مختلف اسلامی به رقابت پرداختند.
کرسی‌های نمایندگی مجلس سوم به نیرو های موسوم به چپ رسید. مجمع روحانیون تازه تاسیس پیروز اصلی انتخابات بود. آن‌ها توانستند خودشان را پیرو واقعی امام نشان دهند و بر جناح راست پیروز شدند. بسیاری احساس می‌کردند. امام نیز به جناح چپ تمایل دارد؛ اما احمد خمینی می‌گوید امام مصالح بزرگ‌تری را در نظر می‌گرفته و تمایلی به گروه خاص نداشته است.
برخورد فراجناحی
شکست آیت‌الله یزدی از سران جناح راست در انتخابات مجلس سوم پر سر و صدا بود. حتی تعدادی از نیروهای انقلابی سخنرانی او را به دلیل آنچه مخالفت با خط امام می‌نامیدند در مسجد ارگ برهم زدند. اما پس از شکست، امام او را به عنوان عضو فقهای شوورای نگهبان منصوب کرد. دوستان چپی احمد گله می‌کردند چرا به امام چیزی نگفتی که این انتصاب انجام نشود، گفته بود امام مربوط به یک گروهخ خاص نیست.
منشور برادری
اختلاف‌های جامعه روحانیت مبارز و روحانیون مبارز هر روز بیشتر می شد عده‌ای نگران بودند و عده‌ای از جمله احمد خمینی سعی داشتند میان جامعه روحانیت و روحانیون تفاهم ایجاد کنند. وزیر اطلاعات وقت حجت‌الاسلام ری‌شهری هم از امام خواست به هر دو گروه دستور دهدۀ امام گفته بود« نه،همینطور باشد خوب است.».
همچنین آقای انصاری از بیت امام نامه نوشته بود که بهتر است روحانیت و روحانیون با هم یکی شوند تا اختلاف کم شود.
امام مخالفت کرد پیامی داد که به منشور برادری معروف شد. امام به سابقه اختلاف‌های فقهی و علمی در تاریخ روحانیت اشاره کرده بود و شرح داده بود که اینگونه اختلاف نگرانی ندارد. بعد نوشته بود: « باید توجه داشته باشید تا زمانی که اختلاف و موضعگیری‌‌ها در حریم مسائل مذکور است، تهدیدی متوجه انقلاب نیست. اختلاف اگر زیربنایی و اصولی شد، موجب سستی نظام می‌شود.»
