پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی در گزارشی به نقش فعال گروهک منافقین در روند تشکیل پرونده هستهای ایران پرداخته است. متن این گزارش به شرح ذیل است:
فراز و فرودهای پرونده هستهای ایران در دو دهه اخیر مورد توجه مجامع جهانی و رسانه‌های بین‌المللی و گروههای مختلف سیاسی قرار گرفته است. در این میان گروههای معاند به ویژه منافقین در همکاری متقابل با سرویس‌های اطلاعاتی امریکا و رژیم صهیونیستی در صدد بودند از گذرگاه پرونده هستهای ایران ضرباتی به ایران وارد کنند و با بررسی سیر تاریخی پرونده هستهای، نقش جاسوسی گروهک منافقین همچون دیگر اقدامات آنها علیه مردم ایران به چشم می‌خورد.
در همین راستا یکی از برجسته‌ترین روزنامه‌نگاران آمریکایی فاش کرد که اطلاعات مربوط به فعالیت‌های هستهای ایران ساخته و پرداخته دستگاه‌های اطلاعاتی اسرائیل است که در یک همکاری بین اسرائیل و گروهک منافقین و توسط به اصطلاح شورای مقاومت ملی انتشار یافته است.
کتاب سیر تحولات فناوری هستهای در ایران (1336 - 1386) که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است نیز به بررسی جاسوسی گروهک منافقین در پرونده هستهای ایران می‌پردازد. در این کتاب آمده است: «فعالیت‌های هستهای جمهوری اسلامی ایران از پیروزی انقلاب ادامه داشت و از اوایل دهه 1990 میلادی از نگاه جامعه بین‌المللی پنهان نبود. همچنین از سال‌ها قبل، مراکز مطالعات استراتژیک غرب در خصوص پیشرفت برنامه‌های هستهای ایران هشدارهایی به کشورهای متبوع خود می‌دادند. نکته درخور توجه رابطه این مراکز با سازمان‌های اپوزیسیون ایرانی خارج از کشور، به خصوص گروهک منافقین است.
در اواسط سال 1380(2001 م) مأموران اطلاعاتی آمریکا ادعا کردند ایران جدایی از نیروگاه اتمی بوشهر، که با مشارکت روسیه به منظور تولید برق در حال ساخت است، دارای برنامه و تأسیسات هستهای نظامی است. آنان به خبرنگاران گفتند که تأسیسات هستهای اصلی ایران نظامی است و نه در نیروگاه آب سبک بوشهر، بلکه در «اماکن نظامی» قرار دارد.
در بهمن ماه سال 1380 (ژانویه ی 2002 م)، جورج بوش رئیس جمهور آمریکا چند ماه بعد از حملات یازده سپتامبر 2001 (20 شهریور 1380) سه کشور ایران، عراق و کره‌ی شمالی را «محور شرارت » نامید و مدعی رسالت مذهبی و تاریخی ایالات متحده آمریکا برای برخورد و مقابله با این سه کشور شد.
تا اینکه در 23 مرداد 1381، «علیرضا جعفرزاده»، سخنگوی گروهک منافقین، نتیجه جاسوسی‌های سازمان خود را با ارائه تصاویری از سایت نیروگاه‌های اتمی نطنز و اراک افشا کرد و اعلام شد که جمهوری اسلامی ایران در نطنز و اراک تأسیسات غنی سازی اورانیوم و رآکتور آب سنگین ساخته است.
وی طی نشستی با خبرنگاران رسانه‌های مختلف در «هتل ویلارد واشنگتن که با هدف افشاگری علیه برنامه‌های اتمی جمهوری اسلامی ایران» طراحی شده بود، باعث شد تا سه نام «اصفهان»، «نطنز» و «اراک» در رسانه‌های خبری مطرح شود و پس از آن موج جدیدی از تبلیغات ضدایرانی در رسانه‌های غربی ایجاد شد که به طور مستقیم از طرف رسانه‌های صهیونیستی و خبرگزاری‌های نزدیک به نومحافظه‌کاران آمریکا هدایت می‌شد.
در شهریور 1381 (سپتامبر 2002 م) دولت روسیه، پس از اتمام عملیات سازه‌های نیروگاه بوشهر، مقدمات ساخت رآکتور این نیروگاه را آغاز کرد و وعده داد که این نیروگاه تا آخر سال 1382(2003 م) تکمیل و برق آن وارد مدار شود. اما در آذرماه 1381(دسامبر 2002 م) دولت آمریکا ایران را به تلاش برای تولید تسلیحات اتمی متهم و تصاویری ماهواره‌ای منتشر کرد که تأسیسات اتمی در نطنز و اراک را نشان می‌داد. رسانه‌های آمریکایی ادعا کردند این تأسیسات کاربرد نظامی دارد.
در مقابل، بلافاصله ایران به این تبلیغات پاسخ داد و تأکید کرد که فناوری هستهای ایران صرفاً صلح آمیز و مبتنی بر توانمندی بومی است. تا آن زمان به نظر می رسید که تهران صرفاً به دنبال تکمیل نیروگاه بوشهر و بهره‌مندی از انرژی برق است. اما افشای تأسیسات نطنز گویای این واقعیت بود که ایران خواهان تکمیل چرخه سوخت اتمی و غنی‌سازی اورانیوم است.
البته این ادعا که این برنامه‌ها به صورت مخفیانه دنبال می شد، چندان صحت نداشت و ایران آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را برطبق تعهدات در جریان گذاشته بود؛ اما به هر ترتیب از این مرحله به بعد، پرونده ایران در شورای حکام آژانس بین‌المللی انرژی اتمی گشوده شد و مسئله هستهای ایران به پارادایمی سیاسی و بین‌المللی تبدیل شد.
بلافاصله پس از افشاگری منافقین، شبکه سی، ان. ان در برنامه‌ای خبری، که سر مبنای گزارش مؤسسه‌ی «علم و امنیت بین‌المللی در آمریکا» تنظیم شده بود، چهره‌ای مخوف از فعالیت‌های هستهای ایران به تصویر کشید و با سوق دادن این فعالیت‌ها به سمت تولید تسلیحات اتمی شانتاژ گسترده‌ای به راه انداخت. همان طور که اشاره شد، این مسئله باعث حساسیت و ورود اجرایی آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به فعالیت‌های هستهای ایران شد.
علی‌رغم این «کریستین امانپور» خبرنگار ایرانی‌الاصل شبکه سی. ان. ان بلافاصله در مصاحبه با «محمد البرادعی»، دبیرکل آژانس، به فعالیت‌های هستهای ایران پرداخت. البرادعی در این مصاحبه به اظهارات منافقین اشاره کرد و از ایران خواست به پروتکل الحاقی 2+93 بپیوندد و ضرورت بازرسی از فعالیت‌های هستهای تهران را گوشزد کرد.
دبیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در ادامه تأکید می‌کند که مقامات ایران در شهریور 1381 با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در این باره گفتگو کرده و برای بازدید از این تأسیسات دعوت به عمل آورده‌اند.»
